對麥格斯動力係統的討論暫時告一段落，畫麵再次來到夜間的城市街頭，新城和大古正駕駛著德拉姆巡邏車巡邏，這時，在車的前方，一具機械人正橫穿過馬路。新城大古立刻下車警戒，機械人無視新城的警告，轉身向新城他們走來，在大古確認對方無生命反應後，新城開槍將機械人擊倒。然而，令他們驚訝的是，這具機械人的內部居然空空如也，儼然就是一具空殼。
在這天晚上，各地的城市都陸續收集了很多這些機械人的軀體，它們被運往TPC遠東基地進行分析。
在基地內，機械人的肢體堆積如山，在運輸機械人軀體的時候，基地內又傳來了進行麥格斯係統測試的通知，身旁的工作人員向大古抱怨最近頻繁進行的動力實驗幹擾到了他們的作息。
大古仍沒有停止對麥格斯動力係統的興趣，他又找到了麗娜進一步詢問有關麥格斯係統的事情，這次，麗娜向他詳細講解的麥格斯動力係統的奧秘。非科班出身的大古聽的一臉懵逼，然後被麗娜戳到了痛處，念書的時候居然物理沒及格。。。
兩人正聊得火熱的時候，司令室傳來通訊，原來之前麗娜看到的島嶼是真實存在的，新城駕駛勝利飛燕一號率先前往島嶼，新城發現這個島嶼居然是人造的，此時島嶼正在太空向地麵發動猛烈攻擊，新城不顧宗方指揮的勸阻向機械島展開了攻擊，但勝利飛燕號的攻擊毫無作用，機械島釋放出一個假麵人向新城反擊，新城被迫放棄了座機，乘坐逃生艙返回基地。
TPC迅速做出反應，他們決定動用新旗艦亞特迪斯號去摧毀機械島。但在這時，原先收集到基地內的機械人的殘骸居然又重組成一個個機器人，它們正在對基地進行瘋狂的攻擊。另一邊，機械島對地麵的攻擊正愈演愈烈，為了盡早登上亞特迪斯號，大古決定由自己拖住機械人的攻勢，宗方率領其他人登上了亞特蒂斯號，開始向宇宙進發。
亞特蒂斯號以恢弘的氣勢飛向宇宙，準備迎戰機械島。基地內，所有機械人衝破了基地的牆壁飛入了海中，並集合成一個巨大的單體，準備破壞TPC基地。
大古變成迪迦準備阻止機械人，但機械人似乎並不戀戰，它無視了迪迦繼續向基地逼近，迪迦衝上前與機械人扭打在一起。另一邊，宗方率領眾人來到了機械島附近，並對機械島發起了猛烈的進攻。在海底，迪迦也切換成強力型壓製了機械人。
但反轉也來得非常突然，無心戀戰的機械人突然抱住了迪迦，企圖發動自爆與迪迦和基地同歸於盡，另一邊，對機械島發動了一輪進攻的宗方等人驚訝地發現機械島居然毫發無損。形勢急轉直下，地球和TPC遭遇了前所未有的危機。