雖然大明也設過總督宣大、山西諸鎮軍務兼理糧餉的大員，不過那些職位曆來都是文人官員擔任，很多還是加有大學士銜的六部大員，如果黃來福的任命成真，那他將成為明末第一個以武人身居如此顯赫高位者。
如果說僅僅讓黃來福總督兩鎮軍務，而不兼理糧餉的話，或許文官們的內心還會好受些，但萬曆皇帝讓黃來福總督兩鎮軍務的同時，還兼理兩鎮的糧餉，這就由不得他們強烈不滿了。
眼下的大明，文官地位之所以遠遠居於武官之上，其中一個最重要的原因就是，他們控製著地方各鎮衛所武將們的命脈——糧餉財政。如果如明初一樣，大明的武將們在糧餉上大體都能自足，文官們自然沒什麼能實質控製武將的地方。
不可否認的，文官們的嗅覺是靈敏的，在萬曆皇帝詔擬黃來福總督兩鎮的消息一放出來，他們就想到了那可怕的前景，如果此例一開，武將們都能主理各鎮軍務與糧餉的話，那他們的權勢將大大增強，到時各鎮文官們怎麼辦？
一想到那個暗淡的前景，眾人是不寒而栗。一時間，反對這個任命的人潮絡繹不絕，甚至很多人還喊出極為誅心的言論：“此例一開，唐季武人禍國，藩鎮割據就在眼前！”
在這種反對的浪潮下，內閣與兵部的官員們都表現出了自己的骨氣，不願意在萬曆皇帝發下來的聖旨上副署。這讓萬曆皇帝大怒，他是個極為堅持的人，而且有一個脾氣，如果看誰順眼的話，便會自始至終地維護他。
當年李如鬆人稱武將中囂張跋扈第一人，幾十年中，百官彈劾他的奏疏超過一千份，不過萬曆皇帝始終袒護他。不論李如鬆在活著還是死去，他都享盡了哀榮，眼下萬曆皇帝對李如鬆這種維護又轉到了黃來福身上了，他非常相信黃來福對自己的忠誠是不會改變的。
萬曆皇帝放出話來，如果各部還是不肯副署自己任命旨意的話，他將利用中旨的形式直接下令，而且那六百萬兩日本人賠款也將考慮遲些轉交給戶部百官。
在萬曆皇帝這種威脅下，各部官員屈服了。他們現在不想與皇帝鬧得這麼僵，他們互相安慰道：“事情還不是那麼糟，黃來福隻是個異端人物，不代表整個大明武將都是這種人物！他是第一個，也是最後一個，對於他，以後有的是方法應對。”
六月十日，內閣與兵部官員副署了萬曆皇帝的聖旨，任命黃來福為總督山西大同兩鎮軍務糧餉，並兼領山西鎮總兵之職，還兼顧塞外屯田等事等。
這天中，兵部還發給黃來福到任勘合，還有一些禦製到任須知等。
在眼下的大明，凡除授官員，都要給於到任勘合，天下各軍鎮，各布政司等，都編一字為號。山西是午字號。此外還有官員們的到任須知，這是明太祖時就親自敕諭的，好讓上任的百官明白一些為官之道及到任所知的。
黃來福匆匆翻了一下，光授職文冊上的須知目錄，就有數十條之多，到了地方上需要盤點掌控的政務，更達百條之多。顯見做官這個東西，說簡單也簡單，說起複雜來，也是非常複雜的。
木已成舟，黃來福身為兩鎮總督己成事實，百官們退而求其次，就等著看黃來福的好戲了。以一武人總督兩鎮軍務，還要兼理兩鎮的糧餉，這可不是個簡單的事。
山西，大同這兩鎮中，都設有巡撫，還有各鎮內各道的兵備們，緊緊地控製著地方上的軍隊，糧餉，倉堡，屯田等物，以往以黃來福之能，山西鎮總兵之貴，也隻能影響五寨堡，寧武關，神池堡等區區數堡之地，眼下兩鎮數百個城池堡壘，無數的文官們刁難，他忙得過來了嗎？
對於黃來福，萬曆皇帝是寄於厚望的，放在以往時，黃來福鎮守過的軍堡地帶，慢慢都能自給自足，不但不再需要國家撥款不說，有時還可以向上麵交納大批的稅銀，萬曆皇帝希望黃來福鎮守大同鎮與山西鎮後，也同樣能如此。
雖說眼下黃來福帶回來了首批千萬兩的倭人賠款，然而大明庫貯匱乏的情形並沒有得到根本性的扭轉，這筆錢並用不了多長時間。眼下大明九邊軍隊共有八十餘萬人，他們一年的額餉就超過四百萬兩白銀，還有大批的民運糧、各種草等，這是國家的一個沉重的負擔，有生生將大明拖垮的趨勢。
加上現在很多邊地文官武將以空名冒支軍餉，而對部下軍民多加克減，致使邊民多次發生嘩變，萬曆皇帝很擔憂將來的局勢，他希望邊鎮之事，改變能從黃來福開始。
不過萬曆皇帝也明白黃來福將來麵對局勢的困難，他賞賜了黃來福尚方寶劍與禦賜金令箭，就是下麵的巡撫、兵備，還有總兵，副將之等人，如果不聽從他的調令，他也可以將他們先行免官收押，然後專折稟奏萬曆皇帝，這是個巨大的權力。