九月五日。
來福營及五寨營，鎮虜營一部將士進攻飛龍關。飛龍關比飛虎關更為險峻，更為重要，在城門上首，還有楊應龍親筆手書飛龍關三個大字。雖然明軍的攻擊讓海龍囤上下膽寒，不過在楊應龍的嚴令下，而且楊應龍也放出風聲，如明軍攻破海龍囤，將會對守關兩萬土兵，囤內十萬隨軍眷屬及播民展開報複，這種恐懼也讓海龍囤餘者幾關守軍沒有了退路。
殘酷的撕殺圍繞飛龍關前狹窄的通道山梁，還有關上關下展開。在關前的山梁一處，明軍費了九牛二虎之力運送上來的十數門火炮對飛龍關的城門展開猛轟，另有數十門虎蹲炮也就近對攻關將士展開支援。猛烈的炮火鐵丸將飛龍關上的石牆砸開數道缺口。
雙方在關上關下反複爭奪，雖然飛龍關地勢反而比飛虎關更為險峻，不過依飛龍關的地形，這裏滾木擂石反而所用不多，雙方依靠的反而更多是短兵相接的肉博勇氣。
這種肉博，反而是來福營諸將士所擅長的，不說他們的燧發火銃讓守關土兵傷亡重多，無可抵擋，就是在雙方的肉博戰中，不論是來福營等將士中的刀盾兵還是火銃手，論戰力與裝備，都是播州土兵們遠遠不如的，他們因恐懼而爆發出來的血勇，遠遠不能抺平雙方實力的差距。
飛龍關這種地勢不利於攻方兵力展開，從雲梯上爬上飛龍關城牆的來福營將士麵對的情況都是敵眾我寡，不過在這些身披鐵甲，膀大腰圓的職業戰士麵前，就算是四、五個播州土兵麵對一個來福營戰士也討不了好去。雖然艱難與殘酷，但是飛龍關的缺口還是一步步被打開，越來越多的來福營戰士爬上城牆，敵我雙方肉搏攪混成一團，在關內各處展開拉據爭奪，特別是城門一帶，作戰更為慘烈。
最後當飛龍關聯接石門的石軸被緩緩推開時，驚天動地的“萬勝”聲響起，密密麻麻手持閃亮刺刀的明軍戰士從城門處湧入關內，飛龍關的攻占成為事實！
……
飛龍關的占領讓楊應龍等人感覺到了末日的來臨，如此險關都阻擋不了明軍的步伐，餘下兩關又有辦法嗎？海龍囤上下人心更加渙散起來，恐慌之情彌漫各地，更有一些土兵悄悄下山向明軍投降，情況對明軍來說似乎一片大好，海龍囤平定就在眼前。
不過此時在黃來福這邊，他情況卻好不過哪去，就算黃來福征戰多年，其心似鐵，這些天下來，也為部下的慘重傷亡而心驚。自己家丁及嫡係軍士四千餘人，攻占了飛虎及飛龍關後，傷亡竟高達七百餘人，自己領軍參加萬曆三大征，多年來傷亡以此為最。要知道，這些都是隨自己征戰多年最精銳的士兵。
而在黃來福麵前，還有朝天關與飛鳳關，這屬於海龍囤的核心內城，單單朝天關的石牆就高達十五米，連雲梯的架設都非常困難。圍繞這兩關內外的，還有眾多的月牆、土牆、敵樓等，形成一係列非常牢固的防禦體係。黃來福相信自己的軍隊可以攻下這兩關，不過也可以想象到時的傷亡情況，難道自己要將跟隨自己多年的部下都在這裏打光嗎？
他將目光瞄向了海龍囤的後山之地。後山有三關，分別為萬安關、西關、後關，三關關口內都建有耳室與甕城，其城牆的高度厚度都不次於八達嶺長城，不過後山地勢還是比前山要緩一些，黃來福決定從前山與後山同時入手。
九月七日，黃來福調總兵馬孔英與吳廣攻取後山三關，大批的明軍集於後山大板水地方，準備從該地攻關。
馬孔英頗有急智，知道硬要攻取關口會傷亡慘重，便想出一計謀，命軍士每晚趕一大群羊衝向三關之地，以為麻痹山上土軍，土軍誤以為明軍攻關，便匆忙應戰，結果第二天起來發現關前成群的死羊。每晚如此，幾日下來，三關守軍疲憊不堪。
而在十日晚，經過幾日平靜後，黃來福親將楊小驢親自率領兩百敢死將士，趁夜爬上了朝天關的城牆，古時夜戰稀少，因為當時軍士大多營養不良，很多人都患有夜盲症，晚上不能視物，不過對於營養良好的黃來福麾下親兵家丁來說這些卻不是問題。
朝天關守軍沒想到這一點，加上四更時間眾人大多鼾睡，楊小驢領軍輕易爬上城牆，斬殺了城牆上的眾多土人守軍，打開城門，樹幟鳴炮，城門下大批的來福營將士湧入關內，關上守軍大驚潰散。飛鳳關內的楊應龍從夢中驚醒，顧不得飛鳳關下大批哀求的朝天關敗兵，下令緊閉關門，防止明軍趁機襲取，並在四周點起了大批的火把，將飛鳳關一帶照得燈火通明。
不過到了這個時候，楊應龍也知道自己滅亡就在當日，十二日清晨，海龍囤下明軍全線發起攻擊，很快，後山的萬安關與西關被攻破，中午時分，楊小驢身先士卒，親自領軍攻打飛鳳關，此時播州土兵己經沒有了背水一戰的銳氣，關城似乎隨時可破。
當晚楊應龍散發重金希望招募數千勇士出關偷襲明軍，但山上數萬土兵卻都是臉色慘白，沒有一個人敢出聲應和。楊應龍心灰意懶，親自提刀巡壘，看四麵火光燭天，不由傍徨長歎，回宮後摟著自己兩個愛妾隻是流淚。
十三日，明軍又大舉攻城，中午時分，在一片的“萬勝”聲中，楊小驢領軍攻破了飛鳳關，而在此時，後山的總兵馬孔英與吳廣也攻陷了後關，兩路大軍浩浩蕩蕩進入海龍囤內，依次占領飛鳳關內的養馬城、老王宮、新王宮、總管廳、軍營、校場、金銀庫、火藥池等地，並生獲楊應龍兒子楊朝棟、楊兆龍等叛將百餘人。
楊應龍跌跌撞撞回到他的宮殿，倉皇同兩個愛妾自縊，並放火自焚，總兵吳廣從火焰中將其屍體搶出。
十四日，黃來福發下軍令，阻止了將士對海龍囤內的報複性殺戮，除了清點所獲物質外，還將被俘的海龍囤土兵及播民十餘萬押往重慶府，等候進一步的處理。