不過對於黃來福來說，不論是為國為己，自己都不許可土司製在播州一帶死灰複燃，改土歸流是為必然。他並不介意接下來播州之地會有什麼反複，如當地土人再鬧事，他不介意用長槍與火銃讓他們明白什麼叫安靜與守秩序。有可能的話，他還會建議萬曆帝慢慢在西南與大明各地撤銷所有的土司與羈勒州。
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對於黃來福的改土歸流意向，四川巡撫李化龍，貴州巡撫郭子章，湖廣巡撫支大可都有些異議，雖說播州之地能改土歸流，對於他們也是大功一件，不過他們卻是擔心別處土司官們的反應，還不如保持現狀為好。眼下播州剛定，可別又有什麼事出來，對眼下大明來說，多一事，不如少一事不是？
不過黃來福卻是決心己定，很快，他的報捷奏疏快馬送入京師，上麵還有自己對於播州當地的處理建議，希望在當地改土歸流，並將俘虜的十餘萬土兵及眷屬送到塞外去做苦力，一方麵作為他們的懲罰，一方麵也為當地減少不穩定因素，免得官兵走後，這些人又反了。同時間的，楊應龍屍體，還有他的兒子楊朝棟、楊兆龍等叛將百餘人一起被裝入囚車，械送京師。此外還有一部分的繳獲一起送入京城內。
在等待京師回應的同時，黃來福也不閑著，在播州各地回來清理，俘虜中的土人軍官頭目，楊應龍親信，當地投靠楊應龍的土人豪族等，盡數殺了，並抄沒了他們的土地財產，他們的族人也盡數抓入重慶，等著送到塞外去開農場。楊氏家族經營播州數百年，在當地的勢力盤根錯節，不過在黃來福的嚴厲打擊下，楊氏在當地勢力一掃而空，沒有任何再死灰複燃的機會。
黃來福的手段強烈震懾住了附近的土司們，這些人其實與塞外的胡人一樣，都是畏威而不懷德之輩，見到楊應龍及家族如此下場，心寒之下，也不敢再生出什麼異心，否則將來自己及族人就是這樣的下場。黃來福的手段，讓他們心下畏懼的同時也產生了另一個效果，就是曆史上的奢安之亂沒有再出現，這對大明與奢崇明、安邦彥等人來說，都是好事。
在黃來福清理下，播州的楊應龍及土人豪強勢力一掃而空，大批手持平播債券的商民湧入播州，還有許多周邊漢民也紛紛移民播州之地，到處一片喧囂的新氣象。
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播州大捷傳入京師後，朝中歡騰，萬曆皇帝也是大喜，這黃愛卿果真是國之福將，才幾個月時間，就平定了播州楊逆之亂，為自己去了一個心病。他歡喜之下，率領群臣去祭告郊廟，大臣們也是紛紛上表稱賀。
一係列慶祝活動後，萬曆皇帝下令碎楊應龍屍，楊應龍兒子楊朝棟、楊兆龍二人被淩遲於市，餘者叛將百餘人被斬首，並宣告天下。楊氏自唐代入播州八百餘年，自此而絕。
幹完這些事後，就是論功行賞。黃來福身為平播總督，當然為首功，可惜他年紀太輕，官位太高，賞無可賞，隻得傳旨嘉獎，賞賜金錢財貨若幹，不過對於其手下的報功，卻是無一不準，楊小驢升為副將，顧大刀升為遊擊，跟隨黃來福來播的兩個姐夫一樣升官，種種厚恩，讓百官嫉妒。除此外，李化龍，郭子章，支大可等人皆有封賞。總兵吳廣、劉綎、麻錦等人也是一樣的論功行賞。
不算黃來福的平播債券費銀支出，此次播州之役前後費銀二、三百萬兩，還有將士賞賜死傷都需要撫恤獎勵，讓國庫又是一空，不過從播州及海龍囤中繳獲的楊應龍積蓄足有數百萬兩之多，其中上交朝廷的銀兩就達到二百多萬兩之多，大大補充了國庫的需求，讓萬曆皇帝大喜，這黃愛卿每次出兵的軍費都有著落，真是好啊。心喜之下，對於黃來福在播州一帶為了他平播債券的所作所為，便是睜一隻眼，閉一隻眼了。
當然了，黃來福在奏疏中對播州當地改土歸流的建議也讓朝中爭成一片，一股聲音是對黃來福身為武人卻妄議地方政務頗為不滿，顯然這是文官們的事。當然也有一部分人讚成黃來福的意見，在播州實行改土歸流的好處大家都看得見，可以大大增加朝廷的戶口與稅收。
也有一部分人表示擔憂與反對，言道西南各地幾百年實行土司製度，雖有弊端，大體還是好的，大戰之後，還是實行懷柔政策比較好，免得周邊的土司們兔死狐悲，起了異心，對於黃來福的將被俘土兵及土人遣送到塞外幹活更是大力抨擊，言道這是不行仁政。
最後還是萬曆皇帝拍板決定，十一月初，他發出旨意，在播州之地實行改土歸流，並將播州分為兩府，一府叫平越府，劃歸貴州省。一府叫遵義府，繼續隸屬四川省。同時他還同意了黃來福將十餘萬被俘土兵及眷屬押運塞外服役的做法。
十一月下，黃來福率兩鎮軍隊離開因大規模建設而顯得喧騰一片的播州，回轉自己的五寨堡。