剩下的六科廊房與通政司，六科廊房既然已經臭的不能再臭了，幹脆就扔掉，但通政司必須拿起來，而且給予更大的職能權力。
萬曆要想推行新政，依靠現有的這一套官僚係統是絕難成事的，但短時間內找到如此多的人才進行更換，根本就不可能。這就需要一套全新的行政係統，它既處在現有的係統之中，又能獨立行事，並且是能統觀全局，除了軍隊之外，六部各事都受其節製的一個小朝廷，人數不用太多，但都得是幹事的人，萬曆想要推行任何政事，就可從中派人前往督辦，加以落實。
這就與通政司原先的職能差不多了，隻是多了更大的行政權力，而不單單是一個監督機構。隻要將通政司升格為通政院，其地位與六部同等，同樣也處在內閣監管之下，這樣可以使現有的官僚係統更容易接受通政院的升格，也可使通政院處於內閣的監督之下。
實際上這與現在派往各地監軍和礦監等的性質差不多，但太監去往各地都建有監軍府或礦監衙門，是屬於一種長駐機構，而通政院是衝著事去的，事辦完人即走，少了地方保護主義，隻以辦事為目的，事辦好後就可將相關材料交給督察院備案，一來讓督察院對所辦之事有個了解並對辦事過程形成監督，二來，可由督察院對事後的落實情況繼續監察，以免人走茶涼的情況出現，使得政策具有延續性。
但通政院權力過大也會帶來一些問題，如派出去辦事的人，好的可以造福一方，壞的就會反正事不關已高高掛起，隻求辦成事邀功請賞，而不擇手段，事雖辦成，卻遺害後世，甚或再刮上一筆不義之財。
內閣做為唯一一個對通政院具有管理權力的機構，如果其成員構成涉及的覆蓋麵不夠全麵的話，通政司完全有可能在萬曆自己有意無意的偏頗之下，變成新的“太監”。這是值得警惕的一點，因此萬曆還決定增加內閣成員數量，內閣除去首輔與次輔各一名外，六部及通政院主官七人一並入閣，組成九人製內閣。不管通政院經辦的是關於哪一部職權範圍內的事，在內閣裏都有一張直接做出監督的嘴，同時，通政院又可以通過內閣提出自己的意見，除了互為監督外，內閣也就成了一個交流的平台。
這樣的安排萬曆沒準備去跟誰商量，現在他在官員心中的“威嚴”已經有了，做為皇帝他本來就有安排各部的權力，現在他完全可以放開手腳來做這種權力分配遊戲的主導。隻需下一道諭旨，將通政院升格及增加內閣成員一事通告各方，再將各部主官都升到二品，侍朗從正四品升到三品，其餘人等官職品級暫時不變，一來可以用這種升級堵住幾位權官的嘴，二來現在的各省巡撫也是領著三品銜，同為三品別人幹嗎要聽你的呢？就是聽了，發號施令的人也不得不有所顧慮。天高皇帝遠，萬曆是管不著巡撫的，但卻可以管得著尚書，這就使得權力更加集中到自己身上。