小智等人乘船來到伊呂波三島，在這裏意外遇到前來調查珍珠貝為何在特定島上，隻會進化成獵斑魚或櫻花魚的謎題的小田卷博士！
根據博士的研究，解開進化的秘密的關鍵，在於深海之牙與深海之鱗上。於是小智等人為了解開海底謎題，與島上的觀念不同，卻又相互喜歡對立進化型的奈美子小妹妹和菊間小弟弟一起前往古老傳說中的洞窟探索！
最終在兩座島嶼上，分別找到了深海之鱗與深海之牙，奈美子的珍珠貝進化成她喜歡的櫻花魚，菊間的珍珠貝進化成他喜歡的獵斑魚！成功化解了呂島與波島的矛盾！
告別小田卷博士，小智等人離開了伊呂波三島來到了剛迦島，在這裏小智與岩清水來了場雙打比賽，以過動猿與美納斯組合輕鬆打敗了岩清水，美納斯成功進階普通頂峰。
在這裏還碰到了，不知道發什麼瘋要鍛煉肌肉的火箭隊，因為他們沒有搗亂小智也就沒管他們！
可是他們前往綠嶺市時，卻搭上了火箭隊的船，讓小智直呼大意了，好久沒見火箭隊使他竟然放鬆了警惕，被抓住的皮卡丘在兩隊爭奪，皮卡丘煩的直接一發十萬伏特，火箭隊飛天，小智等人落海！
現在小智一行人正在抱著一塊浮板，漂泊在海上，小智一直在發動全力波導之力，希望能找到船隻，他們就可以獲救了！
這時，小智的波導之力發現了一個熟悉的波導向他們靠近，小智嘴角一抽，突然不想被救了，因為這個熟悉的波導，小智沒記錯的話好像是火村！
真是怕什麼來什麼，就在這時，海麵一陣顫動，從小智等人下方升上來一隻紅色的潛水艇！
小遙驚喜道：“太棒了！是潛水艇！”
“說不定，我們可以請這些人救救我們。”
小智連忙阻止道：“等一下，這個潛水艇不出意外的話是火岩隊的！大家快躲起來！”
“火岩隊！”x3，連忙跟著小智藏了起來。
果然火岩隊的隊員正在眺望塔上觀察，小智等人便潛伏在潛水艇上，一路來到了火岩隊的海上基地！
“報告，第三行動隊，巡邏任務已經執行完畢。”其中一名火岩隊隊員向著一位紅頭發的大叔報告著，而旁邊站著的正是小智的老相識火村！
不過那個大叔也是有些本事，竟然發現了隱藏的小智等人，既然被發現了，小智幹脆大大方方領著眾人走了出來，有烈空坐與代歐奇希斯在小智絲毫不慫他！
“是你！”火村見到小智，當即怒視的看著小智，他還沒去找小智麻煩，先被小智摸到基地來！
小智沒有理會他，反而認真的打量著紅發大叔道：“你應該就是火岩隊的老大——赤焰鬆吧！”
而幾隻大狼犬正怒視著小智等人，隻要他們有什麼異常就會立刻發動進攻！
赤焰鬆絲毫瞧不起小智等人，雖然打敗了火村，但還能與自然之力與神對峙？！不過是幾個少年少女而已：“雖然你多次妨礙火村行動，但我們無意加害你們，隻是我們現在非常忙碌，在這一場作戰計劃結束之前，請你們在這一艘艦上乖一點！”
就在赤焰鬆的注意全都被小智等人吸引時，一個身穿火岩隊隊服的女人趁機跳出潛艇，向著基地跑去！
而在小智手上吃過不少虧的火村，還想提醒一個老大赤焰鬆，反而被赤焰鬆毫不在意的打斷道：“水艦隊那邊的狀況如何？”