豈料，摩拳擦掌的曹錕、吳佩孚早就想化通電戰為槍炮戰了。於是，民國九年（1920年）7月，直皖戰爭爆發。吳佩孚一馬當先，率直軍主力大打閃電戰，隻四天即擊潰比自己更為強大的皖軍，俘獲其前線司令官，早年保定陸軍學堂的老師曲同豐將軍，並差一點直搗京郊南苑的團城生擒昔日的段校長。
皖軍從此一蹶不振。
段總理不得不下令雙方停戰，並立馬辭職回到天津租界當他的寓公去了。連帶被迫辭職的還有大總統徐世昌老先生。像換防一樣，寓居津門的黎元洪被曹、吳擁回中南海，二度成為國家元首。
如日中天的吳佩孚，一躍成了國內外矚目的第一人。他雖僅是直係的一員主將，但人人皆知：那個繼馮國璋之後任直係統帥的布販子出身的曹錕並無治國之才，蓬萊秀才吳子玉才是出麵收拾江山的真正人物。
被簇擁著進了京城的勝利者，已不再單是一個百戰不殆的傑出軍事家，倒更顯示出一個政治家的見地。報紙上刊登了吳氏的“心得體會”：
此次興師討賊，原為民意所驅策，即戰勝結果，亦全國民意戰勝，非直軍戰勝也。
此次戰勝逆黨，謬蒙各界讚揚，實則非軍隊之力，全勝於民意。
咳！這樣一個明白人，怎麼就不能再往前走一步呢？
我想說的是，吳佩孚為何不留在北京出任陸軍總長的要職？新政府的所有內閣成員，都是與他商量後任命的，隻要他願意，陸軍總長的位子沒有別人敢坐！哪怕他執意不願待在北京也可以，隻需在洛陽的“直魯豫巡閱副使公署”裏遙領此銜即可。誰都知道，內閣裏若有了吳佩孚，則直係內閣就有了真正的靈魂。
吳佩孚卻讓人們大失所望，他竟然倡言要召開國民大會，由國民來決定國家大事，而不是由本軍首領曹錕和同盟軍張作霖等軍政要人們切割利益的蛋糕，這就必然遭到了軍頭們的一致反對。無奈，他隻在北京落了落腳，拂了拂征塵，回到了洛陽。
一位在中國多年的日本軍部間諜望著“孚威將軍”的背影佩服得五體投地！那個叫鈴木貞一的大特務寫過：
我認為吳佩孚是個很了不起的人物，因為在一般情況下，獲勝的中國將軍都是進入北京大逞威風，但吳佩孚卻不聲不響徑自領兵回到河南洛陽。
一個封建思想哺育的軍人，能在眾望所歸之際戰勝自己的權力欲，舍名利而不取，實在不易！北洋時代，這樣的人絕無僅有；即使漫漫數千年中國史，又有幾位勝利者能舍棄近在眼前的權力巔峰而不登？
倒不是吳佩孚隻會打仗不曉政治，這位初登政壇的軍人的政治主張博得了廣泛喝彩：他的政治設計是——今後所有國事，悉由國民大會定奪！國民大會的代表由農、工、商、學四界組成，自下而上推選，由省至中央，這便是國家最高權力機構。
吳氏的“國民大會說”贏得了在野政治勢力的熱烈讚同，從前任的大總統黎元洪，到南方的國民黨領袖孫中山，都公開表示擁護“國民大會”的召開。吳佩孚的“治國策”既像西方的民選製度，又頗具中國特色，按說該大得人心並大行其道呀！
書生氣的吳秀才沒有料到，被封建大水淹了幾千年的中華湖底，從來就不是一塊淨土，而是一灣深不可測的泥淖，所有的理想化的東西陷進去都要變樣，每每還使立誌澄清其汙者不能自拔，隻好共同齷齪，否則便遭滅頂之災。
他的政治綱領即遭到了包括直係軍人在內的各路大小軍閥的非議：國民說了算，他們都得“下課”；若讓他們“下課”，豈不過於天真？所以，吳佩孚就落寞，就沒法兒留在京城。
很快，他對之忠心不貳的老上司曹錕被勝利衝昏了頭，非要坐到大總統的寶座上過過癮。盡管吳佩孚極力反對，但老曹還是通過馮玉祥等在京的將領們用下三濫的辦法（如停水斷電、掐斷電話、撤除守衛等）逼大總統黎元洪辭了職，並如願當選為北洋政府第五任大總統。遠在洛陽的吳大帥忍看剛有新氣象的北京政壇再度衰敗下去，卻一籌莫展。
20世紀初的吳佩孚沒有主宰中國政壇，多病的北洋政府亦因這個人的謙讓而未能增壽。
他雖遠避豫西，但卻又讓人不得不仰其鼻息，北京政府從對內對外的國策到內閣成員的人事安排，無不頻繁請教於他。這當然引起了處心積慮欲操縱中國的蘇聯人對他的青睞，中國共產黨人就曾奉“遠方”（中共對蘇聯政府和共產國際的代稱）之命與他聯絡——李大釗教授就充任過使者。正因此，“勞工神聖”的旗幟才得以堂而皇之地遊走在直係軍隊控製下的京漢、隴海鐵路沿線的要埠大街上。若不是“二七慘案”的發生，吳秀才還一直被革命黨引以為同盟呢！