第五節 細菌的分類與命名
1.細菌分類地位
1.1 分類地位：原核生物界
1.2 分類單元：
①細菌分類的層次與其他生物相同，也是界、門、綱、目、科、屬、種。
②在細菌種，常用屬和種。
1.2.1
屬：
①生物學性狀相近、關係密切的若幹菌種組成一個菌屬。
②具有共性的若幹種的組合，應與其他屬有明顯的差異。
③不同屬之間的 16S rRNA 序列有較大的差異，但目前尚無量化標準。
1.2.2
種：
①細菌分類的基本單位。生物學性狀基本相同的細菌群體構成一個菌種。
②同一菌種的各個細菌，雖性狀基本相同，但在某些方麵仍有一定差異。
③亞種：同一菌種各個細菌，某些方麵仍有一定的差異，可再分成亞種。
型：
①“型”常用於亞種以下的細分。
②是同種之間在某些特殊性質上有區別的細菌。它們之間的區別不像亞種那樣顯著。
③按抗原結構的不同，可將細菌分成多種不同的血清型。
1.2.3 菌株：
①人們把不同地區或不同實驗室分離到的具體菌種稱為菌株。
②一旦菌株發生變異，均應標上新的菌株名稱。
③當進行菌種保藏，篩選或科學研究時，在進行學術交流或發表論文時，在利用菌種進行生產時，都必須同時表明該菌種及菌株名稱。如：DH5a 菌株、BL21（DE3）菌株等。
2.細菌的命名
①命名原則：據國際細菌的命名法規，采用拉丁文雙名法。
②每個菌名由兩個拉丁字組成。前一字為屬名，用名詞，第一個字母大寫後一字為種名，形容詞，第一個字母小寫。
③一般屬名表示細菌的形態或發現或有貢獻者，種名表明細菌的性狀特征、寄居部位或所致疾病等。
④整個屬名和種名在出版物中應排成斜體。
⑤中文的命名次序與拉丁文相反，是種名在前，屬名在後
eg： Staphylococcus aureus（屬名 種名）
金黃色葡萄 球菌（種名 屬名）
Escherichia coli（屬名 種名）
大腸埃希菌（種名 屬名）
3.細菌分類鑒定的標準
①按表型特征分類法（陳舊培養基會使性狀發生改變）。
②種係發生關係鑒定
（1）測定 DNA 中（G+C）mol%
（2）核酸雜交法
（3）16s RNA 寡聚核苷酸序列
4.細菌的分類方法：
①條目分類法
②數值分類法
5.細菌的分類體係
①《伯吉氏係統學手冊》
②《原核生物》
③國際係統與進化微生物學雜誌（IJSEM）。
④國際著名的菌種保藏機構。
6.細菌的鑒定
①先獲得細菌純培養物，明確其是否具有致病性，若是致病菌及時做藥物敏感試驗。
②鑒定一般采用形態學觀察作初步鑒定，含革蘭染色，莢膜，鞭毛，運動性觀察等。
③然後進行生化試驗、血清學試驗作進一步鑒定。
④也可進行 16S rRNA 序列擴增測序，將測到的序列與 GenBank 中已知的細菌序列相比較，根據親緣關係遠近最終確定種屬。一般來說，90%以上的同源性就可確定到屬，確定到種的可能性很小。
病料采集 （塗片、染色、鏡檢）
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分離培養（觀察培養特征、塗片、染色、鏡檢）