隨著妙蛙種子的加入，小智等人的隊伍又擴大了。小智因為手中滿了六隻寶可夢，妙蛙種子的精靈球便被隔空傳送到了大木研究所。
小智看到心心念念的妙蛙種子又消失不見了，大為沮喪。還沒和妙蛙種子打招呼呢就被傳回進大木研究所，他趕緊通過手環上的電話功能給大木博士致電
收到致電的大木博士接通了，大木博士的投影出現在了小智的手環上，小智向大木博士介紹了旅行新加入的小剛，小剛榮幸之至的和大木博士打招呼。
小智詢問大木博士那邊是否收到妙蛙種子的精靈球，大木博士朝寶可夢精靈傳送裝置上看了看，確實有隻小智的精靈球傳送過來，便將裏麵的精靈釋放出來。
白光顯現，妙蛙種子的身影出現在研究所中，一出來妙蛙種子就好奇的打量了四周的環境和眼前穿著白大褂的老人。它的心中有著疑問？它的主人去哪裏了？
大木博士蹲下身子雙手攤開，做出平易近人的模樣讓妙蛙種子過來，妙蛙種子還是警惕性非常之強，曾被拋棄的它對人類還是帶有偏見，並未上前並朝後挪了挪
它四處看了看都沒有小智的身影，急躁起來種子種子的叫著。小智看到秒娃種子焦急的叫聲，連忙出聲：“秒娃種子，我在這”
妙蛙種子聽到研究所裏電話投影設備中傳來小智的聲音冷靜下來，大木博士告訴它角落旁那台電話投影設備可以看見它主人，帶著它去了。
當秒蛙種子看到小智開心的叫了叫，對大木博士也不再警惕。小智從電話投影設備裏向大木博士解釋了這隻妙蛙種子的情況，拜托大木博士能夠照顧幾天，大木博士對這隻寶可夢的遭遇表示同情
等他到了下個城市的精靈中心便將它交還過來，大木博士小智疼愛有加對此當然沒有問題，小智也將已經獲得兩個徽章的事情告訴了大木博士，大木博士誇獎小智幹的不賴。
既收服了妙蛙種子這樣的稀有寶可夢又獲得了兩個徽章，就是收服寶可夢的速度屬實有些慢了，小茂都收服幾十隻了
得到了大木博士的允諾，小智又安慰妙蛙種子。告知它這位穿著寶大褂的老者是他的爺爺，暫時讓他照顧妙蛙種子幾天，等他到達枯葉市後便將它傳送過來，對此妙蛙種子點頭答應。
最後小智再拜托大木博士幫他鍛煉下妙蛙種子，也告誡妙蛙種子好好訓練，下次見麵希望妙蛙種子變得更強。
大木博士和妙蛙種子都各自點頭答應下來，隨後小智便掛斷了電話，大木博士對著地上的妙蛙種子道：“來吧，小可愛。我帶你到後院裏帶你挑選你最喜歡的新家吧”說著朝著後院走去，妙蛙種子跟在身後
大木博士的後院簡直就是寶可夢的天堂，上萬平方米的麵積為各種寶可夢量身打造適宜自己生存的新家，大木博士帶著妙蛙種子來到了後院茂盛的一片密林區
他摸了摸妙蛙種子的頭“以後你就在這裏居住吧，你在這好好鍛煉，小智過幾天把你傳送過去了，很快你們就能見麵了，你要好好加油啊！”妙蛙種子種子種子的點頭答應，處理好妙蛙種子的新家，大木博士又回到了研究所中進行自己的研究