小智三人繼續向前出發，他們乘船來到一個有些破敗的城市-黑雲市，黑雲市是所處在港口邊的一個小城，這邊工業化嚴重，大工廠產生的大量廢氣和汙染物會從大煙囪排放到空中或者水域中，給這裏城市的天空和周邊的環境造成汙染。
就好像這些靠近城鎮邊的河水，水質渾濁，大量的泥沙和汙水遍布其中。海風一吹，岸邊的海浪拍打著水花，一股股臭氣熏天的氣味直擊人心。
路過這裏的旅客和行人看到這破敗不堪的城市，聞著臭泥和工業汙染產生的廢氣，一刻都不想久留。
小智三人此刻就站在黑雲市的碼頭邊，三人看到這殘破的城市和荒無人煙的街頭，三人都感到一陣荒涼，好好的城市被破壞成這樣，令人十分唏噓。
三人中的小霞望著這個敗落的城市，她向兩人解釋,當初的黑雲市並不是這個樣子的，當初的黑雲市被譽為工業重市。
這邊有著大量的工廠，所以當地的經濟一直很好，城市也很繁華，旁邊的小剛也在一旁介紹因為這個原因，大量的工廠產生的廢氣，天空和大海都受到了汙染
小智看到這個場景，遺憾的說著這裏可能不太會有寶可夢的出現了，三人邊說邊走著。突然懷中的皮卡丘發燒了，臉頰上的電流不受控製的外溢
皮卡丘突然發燒當然是因為黑雲市的環境所造成的，一隻未知的寶可夢影響到了皮卡丘的健康，皮卡丘身為電係寶可夢對夠導致它身上電係元素的混亂，肯定是由別的電係寶可夢造成的
小智看到皮卡丘燒的厲害，緊張起來。馬上抱起皮卡丘奔著這附近的寶可夢中心跑去，身後的小霞、小剛在後方跟著，三人都替皮卡丘擔憂。
小智穿著橡膠手套抱著發燒無法控製電流的皮卡丘站在前台邊上，小霞、小剛陪在他身旁，小智朝著櫃台邊大喊
“有沒有人？”他又急躁的按響了櫃台邊上的門鈴
從裏屋走出被吵醒的喬伊小姐，她打著哈欠看著小智抱在懷中的皮卡丘
小智將喬伊小姐吵醒，他向喬伊小姐道歉，同時希望喬伊小姐能夠幫他治療他最重要的夥伴-皮卡丘。
喬伊小姐打著哈欠，漫不經心的對著小智三人說：“皮卡丘可能是感冒了”
小智看到喬伊小姐如此的敷衍了事，生氣的對麵前的喬伊小姐大喊：“拜托你仔細看看，它是我重要的夥伴，拜托你認真一點行不行？”
喬伊小姐並未生氣，看到小智如此在意皮卡丘，告訴他並不要著急
她告訴小智，皮卡丘的雙頰有冒出電流，這是電氣老鼠感冒的初期症狀。喬伊小姐說隻要皮卡丘在這裏待一個晚上，很快就會痊愈的。
另一邊海中的湖麵上冒出了很多紅色的眼睛，那些眼睛像是活物，很快露出身形。原來都是由紫色粘稠液體組成的寶可夢-臭泥
眾多臭泥從海邊往著城市中的下水道鑽去，很快集聚到一起，進入下水道。它們進入其中很快就鑽到了水力發電控製室，控製室控製著整個城市的電力係統
由於它們的進入堵住了水流，導致水力發電控製室癱瘓，無法繼續工作，整個城市變成了漆黑一片。
控製室中的幾人工程師也發現了這糟糕的情況，他們趕忙對著控製室中麵前的操作係統進行係統維護，想辦法修複問題，保證城市的供電正常。
他們檢查了情況，發現海水的柱塞口被堵住了，導致水力發電機缺少了動力，無法正常的工作
在寶可夢中心的治療室中，裏麵病房中躺著眾多的寶可夢，因為電力係統的癱瘓，導致整個城市失去了電力，寶可夢中心當然也不例外。
小智三人和喬伊小姐都看向治療室中漆黑一片，正在治療的寶可夢們因為電力係統的癱瘓，無法給這些受傷的寶可夢們繼續治療。
喬伊小姐看到眼前的場景十分擔憂，對三人說如果不能及時的供電，這些受傷後沒有繼續接受治療的寶可夢可能會有生命危險