在結束了與小茂的對戰，小智接下來便為大會做著準備，而媽媽、小霞、小剛則去參加社區旅行，他們要來一場三天四夜說走就走的旅行了，隻留下小智和皮卡丘留在真新鎮的家中。
閑來無事的小智和皮卡丘便到處晃悠，他們來到大木博士家中，小智看到大木博士坐在電腦桌前苦思冥想，急的抓耳撓腮，對著某件事煩心和一籌莫展
小智知道可能是大木博士研究遇到了問題，他知道博士正在探索呆呆獸進化成呆河馬的秘密，小智也收服了一隻呆呆獸，正好回來了，他可以幫助那隻還在博士院子中的呆呆獸進化。
小智裝作不知道走進屋內，關切大木博士，問他是頭疼嗎？大木博士回答並不是，而是有一個研究問題一直沒有突破，讓他費解，想了半天都沒有任何進展
小智問他是什麼問題呢？大木博士便展示給小智看電腦係統上的呆呆獸，一旁是一隻大舌貝，大木博士告訴小智，大舌貝附著到呆呆獸的身上，就變成了呆河馬了
小智也看向電腦係統中的進化展示步驟，呆呆獸和大舌貝合體後便進化成了呆河馬，大木博士無法理解兩者進化的過程，不明白為啥會不明不白的進化，一想到這個難題，他就無法入睡，滿腦子想的都是如何破解這個問題
小智順嘴跟大木博士說：“不然，我們就去觀看呆呆獸進化的過程，從中找到答案不就行了嗎？我正好有呆呆獸和大舌貝，讓它們合體進化看看不就好了嗎？
大木博士聽到後，立馬精神起來，是啊，檢驗是實踐真理的唯一標準，去親自觀看它們的進化過程，不就從中找出真相的答案了嗎？
“真有你的，小智，多虧了你，要不然我想破腦袋都不知道該怎麼辦呢”大木博士誇獎了小智一番，然後火急火燎的拉著小智來到寄養寶可夢的後院，那裏生活著各式各樣的寶可夢，小智的寶可夢也在其中。
上次在大木博士的後院中，他就和那些寄養在這的寶可夢打招呼了，剛來到後院，他正好想到了一個學者-西野森教授，野森教授是和大木博士都是齊名的人物，寶可夢圖鑒的創建者之一，他可能知道呆呆獸進化的秘密。
大木博士打算先去拜訪他，有了他的幫助，進行的試驗才能更具備權威性。小智便被大木博士派出，去拜訪在比奴的西野森教授
小智就準備前往比奴了，小智看到比奴第一個去的地方就是比奴的度假沙灘，那裏有著日光浴和大海，小霞、小剛兩人正在那裏度假，小智來到沙灘發現了正在衝浪的兩人，對他們大喊
小霞、小剛聽到小智的呼喚，都看到了沙灘邊的小智，小智不是在特訓嗎？怎麼跑到這裏來了呢？兩人遊回岸邊，小智告訴他們來此的目的，他受大木博士所托來拜訪西野森教授
小霞、小剛也想和小智一起前往，三人便來到西野森教授住的研究所這，進入研究所後他們被西野森教授邀請進來了
在來之前，大木博士已經給西野森教授打過電話了，小智三人報上家門後便被西野森教授請進屋內，小智說明來意，西野森教授點點頭。
他目前也在研究呆呆獸進化成呆河馬的過程呢，他現在也正是一頭霧水，如果他的這一研究成果能夠實行突破的話，那麼這將震動整個寶可夢學術圈。