成為護國公之後，克倫威爾在英國實行了赤裸裸的軍事統治。他把全國分成11個區，每個區派一名將軍做行政長官，實行軍管。行政長官直接向護國公負責，他的意誌在區域內不可違背。軍政府還製定了嚴格的清教戒律，要求英國人必須按照清教規定行事，人們不僅不能喝酒，不能賭博，在安息日還不能出門，店鋪也不能營業，誰要在這個日子在街上閑逛就會受到嚴厲的懲罰。
相對於對內的高壓統治，克倫威爾還把海外擴張的“事業”做得風生水起。他通過議會頒布《航海條例》，規定外國商人不得與英屬殖民地通商，進入英國的商品必須由英國船隻或者生產國的船隻運入英國港口，否則就會被沒收全部貨物。這個規定讓熱衷海上中轉貿易的荷蘭收入銳減，而英國商人則賺得盆滿缽滿。為了這個規定，英國和荷蘭還爆發了一次大規模的海戰。最終，荷蘭因為實力不濟，被迫同意了這個《航海條例》。接著，英國又憑借著自己無堅不摧的新式炮艦挨家挨戶地找人“做生意”，先後取得了與西班牙殖民地通商的特權和自由進出波羅的海的權力。在法國的支持下，英國還通過對西班牙的戰爭，奪取了加勒比海上奴隸貿易的中心——牙買加和有“歐洲大陸金鑰匙”之稱的敦刻爾克。英國的商人在這波擴張浪潮之中嚐盡了甜頭，滾滾的金銀不斷從美洲、歐洲和亞洲向英國流去。
晚年的克倫威爾失去了昔日的驍勇和威風，他精神極度緊張，常常疑心別人要暗殺自己。1658年，重病纏身的克倫威爾在病榻上輾轉反側，他仿佛看到了那些鋪墊在自己成功之路上的鮮血和屍骨，害怕自己的所作所為得不到上帝的寬恕。當聽到牧師說“上帝會寬恕所有人”之後，克倫威爾鬆了一口氣，他顫抖著說出“我得救了！”9月3日，克倫威爾指定兒子理查·克倫威爾為護國公的繼承人。下午3時，克倫威爾與世長辭，他的部下將他安葬在了威斯敏斯特大教堂。
給克倫威爾一個絕對公正的評價是件困難的事情，英國的曆史學家一般認為克倫威爾是一位獨裁者，但他在特定曆史時期鞏固了清教的地位，並最終實現了英倫三島的統一，開始了英國海外擴張之路，算得上一位有貢獻的無冕之王。
克倫威爾死後，擔任護國公的是他的兒子理查·克倫威爾。和平環境中長大的理查能力遠不及他的父親，懦弱的性格讓他根本無法駕馭父親軍隊中的驕兵悍將。很快，理查成了軍官們操縱政局的一個傀儡。理查即位後不到8個月，就被迫辭職，英國進入了權力真空狀態。
原來執掌大權的軍隊一下子群龍無首，這就為議會重新取得最高權力創造了機會。英國現在隻有兩條路可走，要麼再經曆一場內戰，產生新的王者；要麼退回到斯圖亞特王朝，恢複到英國原有的君主政體。當時的倫敦一片混亂，外地又爆發了農民運動，這使得倫敦的資產階級和各地的鄉紳地主惶恐不安。對他們來說，革命早就該結束了，他們最需要的是能保障他們人身和財產安全的強有力的政權。如果議會和軍隊不能為他們提供這種保障，那麼不如另尋出路。於是，一部分大資產階級和貴族便積極策劃斯圖亞特王朝複辟。