石敬亭兼任西北陸軍幹部學校校長期間，致力於軍事教育，每天都親自到操場和講堂檢查，夜晚還要到各隊點名，並和學生談話。早操時集合學生，親自點評訓練情況，甚至親作示範。此公經驗豐富，講解生動，所以深受學生歡迎。他有些言論，寓意深刻。如他講到忍耐的重要性，說：“軍人須有忍人之所不能忍，耐人之所不能耐的精神。在大風大雨大雪中能站穩的人，才是真能救國的人。在被人打掉了牙時，要連血吞下去。”他舉例說，當初他辭掉在綏遠的上校職務，來第十六混成旅投效，馮玉祥隻給他一個額外差遣的名義，每月發給生活費十五元，如果他不能忍耐，哪裏會有今天。又一次他講到“好整以暇”，他發揮說，作為一個軍官，應在“好整以暇”上下工夫，所謂好整以暇，就是人亂我整，才能人忙我暇。平時用功，到有事時就顯得很閑暇，可以不慌不忙。
北伐戰爭之後，馮玉祥到南京任職，離豫前，把石敬亭調回第二集團軍總司令部，讓他以總參謀長身份主持第二集團軍的日常工作，以秦德純副之。過了不久，南京政府召開編遣會議，將第二集團軍列為第二編遣區，石敬亭主持編遣工作。該集團軍當時有四十萬人左右，需要遣散一半以上，相當棘手。尤其是高階將領，留誰去誰，煞費斟酌。進行編遣時，韓複榘部改編為第二十師，馮便想以這一師為突破口，遂把韓升為河南省政府主席，第二十師師長一職由保定軍校出身的李興中接任。這一措施，不僅韓複榘個人不滿，認為是削去他的兵權；其他行伍出身的將領，也都對石敬亭表示不滿，認為是他在馮玉祥麵前獻計進言，企圖奪取軍隊的控製權。因此，後來韓複榘、石友三等叛馮投蔣時，都把反對石敬亭作為一個借口。平心而論，石敬亭的主張，不失為改造馮玉祥部隊的一種方法，可惜為時太晚了。韓、石叛變之後，馮玉祥軍中有些人也認為石敬亭對馮部的團結起了破壞作用，石敬亭有口難辯，以後他辭去了總參謀長職務，不再多提意見了。
1930年，閻、馮聯合反蔣，發生了中原大戰，石敬亭曾任隴海鐵路督辦。結果蔣介石勝利，閻、馮失敗。晉軍失敗後，大部分撤回山西，仍然保有一定的實力，而且內部相當團結，為閻錫山再起奠定了基礎。而馮玉祥所部失敗後，繳械的繳械，投降的投降，竟然土崩瓦解，一敗塗地，其失敗之慘，大大出人意料。最主要的原因，筆者以為還是高級將領的素質問題。晉軍的高級將領多是軍事學校畢業的，而馮部的高級將領多是行伍出身，由於知識高低、素質優劣的差別，其結果竟大大不同，這對馮玉祥的教訓實在太大了。1928年何基灃在陸軍大學特別班第一期學習。有一次閑談，何基灃很有感慨地說：“馮先生淨用兔子來駕轅，早晚非倒黴不可。”北方農民有句諺語說：“兔子若能駕轅，誰還花幾百塊錢買騾子！”何基灃這個預言，竟不幸而中了。
1945年上半年，胡宗南向蔣介石推薦石敬亭為第一戰區副司令長官，這是因為石在馮玉祥舊部中有一定的威望，胡宗南想通過他把這些部隊吸引到自己麾下，以壯大實力。實際上石敬亭僅居於一種名義上的高參了。
內戰末期，石敬亭退居台灣，掛一些空頭職銜，無聊時就和原來馮部的老朋友孫連仲、馮治安、劉汝明等走動往還一下。1969年病逝時，他已是84歲高齡。
據《石敬亭將軍口述年譜》，他將馮玉祥部基本派係概括為：
第十六混成旅為馮玉祥肇興之基礎；該旅此期人事關係後之馮記西北軍影響甚大，欲論馮玉祥部則不可不知此期馮部之人事淵源。