在涼宮綺櫻和蘇格蘭的婚禮之後，生活似乎恢複了平靜。然而，一股新的黑暗勢力正在暗中湧動，一股名為“黑貓”的組織逐漸浮出水麵。這個神秘的組織似乎與烏鴉軍團有著某種聯係，這讓工藤新一和柯南產生了深深的擔憂。
在對黑貓組織進行初步調查後，工藤新一和柯南發現，這個組織不僅從事非法交易，還涉嫌多起綁架和謀殺事件。黑貓組織的首領是一位神秘人物，被稱為“貓伯爵”。沒有人知道貓伯爵的真實身份，這使得追蹤這個組織變得更加困難。
一天，工藤新一和柯南收到了一封匿名郵件，郵件中提到了一個關於黑貓組織的重要線索。他們決定立即展開行動，試圖揭露黑貓組織的陰謀。
在一處廢棄倉庫，工藤新一和柯南與黑貓組織的成員展開了激戰。在戰鬥中，他們救出了一名被綁架的年輕女孩，女孩名叫淺井未來。淺井未來告訴工藤新一和柯南，她是為了調查黑貓組織的罪行而被捕的。
在淺井未來的協助下，工藤新一和柯南成功地追蹤到了黑貓組織的秘密基地。在秘密基地裏，他們發現了一個神秘的祭壇，祭壇上擺放著一塊刻有古老符號的石板。據淺井未來解釋，這些符號與烏鴉軍團的信仰有關，這意味著黑貓組織和烏鴉軍團之間確實存在某種聯係。
在調查過程中，貓伯爵突然出現，展開了一場激烈的對決。貓伯爵展現出了強大的戰鬥力，讓工藤新一和柯南陷入了苦戰。在危急關頭，柯南利用麻醉手表射中了貓伯爵，暫時阻止了他的攻勢。
貓伯爵見勢不妙，趁機逃脫。工藤新一、柯南和淺井未來沒有繼續追擊，而是選擇離開秘密基地，以便重新製定策略。在這次行動中，他們成功地找到了黑貓組織和烏鴉軍團之間的聯係，這為後續調查提供了關鍵信息。
在接下來的日子裏，工藤新一、柯南和淺井未來將繼續深入調查黑貓組織。在與邪惡勢力的鬥爭中，他們將麵臨無數挑戰，但也將收獲成長與友誼。
在貓伯爵逃脫之後，工藤新一、柯南和淺井未來開始了更深入的調查。他們發現，黑貓組織在暗中收集各種神秘物品，似乎在籌劃一個險惡的陰謀。
在調查過程中，柯南收到了另一封匿名郵件，郵件透露了黑貓組織即將進行的一次地下拍賣會。拍賣會上將出現一件名為“月影之石”的神秘寶物，據說它擁有穿越時空的力量。
工藤新一、柯南和淺井未來認為，月影之石可能與貓伯爵的陰謀有關。於是，他們決定混進拍賣會，設法獲取月影之石，阻止黑貓組織的計劃。
在地下拍賣會上，工藤新一和柯南化身為富裕的收藏家，淺井未來則扮演他們的助手。在拍賣過程中，他們成功地拍下了月影之石。然而，就在他們準備離開時，貓伯爵突然現身，阻止了他們。
貓伯爵露出真容，原來是一個美麗而邪氣的女子。她告訴工藤新一和柯南，她真正的名字是葉宮美紗，是烏鴉軍團的殘餘勢力之一。她發誓要為烏鴉軍團複仇，恢複組織的輝煌。
葉宮美紗向工藤新一和柯南發起了猛烈的攻擊，但柯南靈機一動，利用月影之石的力量，將葉宮美紗困在了一個時空旋渦之中。葉宮美紗驚恐地消失，黑貓組織就此瓦解。
雖然成功阻止了葉宮美紗的陰謀，但工藤新一和柯南知道，黑暗勢力並未完全消失。他們將繼續保持警惕，防範任何可能的威脅。
在與黑貓組織的戰鬥中，淺井未來展現出了非凡的勇氣和智慧。工藤新一和柯南決定邀請她加入他們的團隊，共同對抗邪惡勢力。淺井未來欣然答應，成為了團隊中的一員。
在未來的日子裏，工藤新一、柯南、淺井未來和阿笠博士將繼續合作，守護正義與和平。在前方的道路上，還有許多未知的挑戰在等待著他們。
在瓦解黑貓組織之後，工藤新一、柯南、淺井未來和阿笠博士意識到，黑暗中仍有許多邪惡勢力在窺視著他們。為了更好地應對未來的挑戰，他們決定成立一個名為“守護者”的小隊，專門應對各種犯罪案件和神秘事件。