在柯南和灰原哀的照料下，赤井秀一逐漸恢複了意識。他虛弱地講述了自己遭到襲擊的經曆。
據赤井秀一描述，他在走廊裏接到了一個匿名電話。電話中的人向他透露了一個重要信息，涉及涼宮綺櫻的研究項目。為了了解更多細節，赤井秀一跟對方來到一個僻靜的地方。
然而，赤井秀一抵達指定地點後，突然感到一陣強烈的眩暈。他意識到自己可能被襲擊了，但為時已晚。在接下來的時間裏，赤井秀一陷入了昏迷，直到柯南和灰原哀找到他。
柯南注意到，這起事件與涼宮綺櫻的研究項目存在某種聯係。他決定深入調查，以保護涼宮綺櫻和她的團隊。
在柯南的建議下，涼宮綺櫻加強了研究機構內部的安保措施。同時，柯南開始調查那個匿名電話的來源。經過一番努力，柯南發現這個電話來自一個隱藏在網絡深處的非法組織。
這個非法組織名為“午夜黑影”，專門針對高科技項目進行攻擊和破壞。他們的目的是阻止新技術的出現，以確保自己在科技領域的優勢地位。
柯南將調查結果告知了涼宮綺櫻和赤井秀一。他們意識到，“午夜黑影”可能已經將目標鎖定在了涼宮綺櫻的研究項目上。為了確保項目的安全，他們決定采取進一步的防範措施。
在柯南的協助下，涼宮綺櫻和赤井秀一製定了一套周密的安全計劃。他們加強了研究機構的安保，並提高了對項目數據的保護級別。此外，柯南還建議涼宮綺櫻暫時停止項目的公開展示，以避免引起“午夜黑影”的注意。
在柯南和他的夥伴們的共同努力下，涼宮綺櫻的研究項目得以順利進行。在接下來的日子裏，柯南將繼續關注項目的進展，並幫助涼宮綺櫻和赤井秀一應對各種可能的威脅。
在前方的道路上，還有許多懸疑案件和驚險刺激的故事等待著柯南和他的夥伴們。
在柯南和涼宮綺櫻、赤井秀一的共同努力下，他們成功地阻止了“午夜黑影”對研究項目的攻擊。研究團隊得以在安全的環境中繼續推進項目。
隨著時間的推移，涼宮綺櫻的研究項目取得了突破性的進展。她的人工智能係統在各個領域都展現出了巨大的潛力，引起了業界的廣泛關注。
一時間，涼宮綺櫻成為了科技界的焦點。她受邀參加各種研討會和演講活動，分享項目的最新成果。在這些活動中，涼宮綺櫻再次見到了柯南，兩人就科技倫理問題進行了更深入的討論。
在涼宮綺櫻和柯南的推動下，科技倫理問題逐漸受到更多人的重視。許多行業領袖開始反思新技術可能帶來的倫理挑戰，並采取措施來確保科技發展與人類價值觀相一致。
另一方麵，赤井秀一的生活也發生了翻天覆地的變化。在與涼宮綺櫻重燃愛火後，他決定離開公共服務領域，加入涼宮綺櫻的研究團隊，與她一起從事科學研究。