張耀樞在父親去世的當年底，突遭牢獄之災。在被關押的一年多時間裏，他的思想發生了很深刻的變化，其修學境界亦非昨日。他的經曆應了印光大師的教誨：“萬境本閑，唯心自鬧，心若不生，鏡自如如。”
讓我們一起回到1955年下半年。肅反運動。
一天晚上。住在成都柿子巷的張耀樞，突然被一陣急促的敲門聲驚醒。
他起身開門，見學校出版科科長帶來五六個人，一進門就有人用手槍抵住他的腰，喝道：“把電台（過去收發報用的工具。——筆者注）、槍械交出來！”然後進屋開始搜查，並用手銬銬住了他的雙手，推上停在屋外的一輛吉普車，很快就開車走了。
不知所措的張耀樞透過車窗，往外看，發現是朝城裏開去。途經祠堂街，經過普欽法師住處時，他不由得抬頭，看見師父的窗戶還亮著燈，心想要是能聽到師父幾句指點就好了。
巧合的是，後來他聽妻子講，被抓的第二天，妻子就和二姐毓如急忙去找普欽師父，師父說：“不要緊，關個一年多就會出來的。”當時她們認為一定是師父安慰她們，後來果然在一年多後，張耀樞被放了回來。
車將張耀樞帶到了文廟西街省公安廳一個關押人員的地方。
第一次是一個年輕人審訊他。當時張耀樞情緒很壞，滿腔怨氣，就說：“你們說話失信於民！不講信用，不講政策。你們說起義既往不咎的，我是起義的，為啥要抓我？”
那個年輕人被說得開不了口，一下就發了怒，一拍桌子，厲聲喝道：“閉嘴！不要臭表功，今天就是要抓你，要追究你，老實交代你的一切”。
怨恨使張耀樞的情緒低落到了極點。
後來，他才知道這是他在做縣長時的兩個下屬檢舉揭發他的。
在關押期間，他每天通宵達旦地睡不著覺，也吃不下飯。
這種在驚恐抱怨下的日子過了一段時間，張耀樞開始反思：成天驚恐抱怨，這樣下去不行。
他突然想起小時就熟悉的《普門品》中的“妙音觀世音，梵音海潮音，勝彼世間音，是故須常念，念念無生疑，觀世音淨聖，於苦惱死厄，能為作依怙”，頓時覺得唯有求觀世音菩薩加持，別無其他任何辦法，於是一心念觀世音菩薩聖號。
他一邊誠心地稱念觀世音菩薩聖號，一邊冷靜地整理自己的思維，在這個過程中情緒逐漸平靜了下來。
他記起了普欽師父的教誨：“處逆境正好用功，消業障，增福慧。”這一句話，猶如醍醐灌頂，記起了師父教自己如何在起心動念處下工夫的方法，不管在任何環境下，都不要受影響。
經過仔細地反複思量後，張耀樞的觀念開始改變。
他開始認識到：這個完全是自種因自受果。認識到外緣不重要，關鍵是自己內心種的因，自己種的惡因才是根本的。緣是隨時可能發生和出現，因才是主要的，是自己種下的。如果不從自己內心去挖根子，如果不反省自己，不消除這個因，反而去怨恨所遇的緣，那是永遠都消不了的。譬如自己被抓，當官是自己要去的，自己種下了這個因，肅反擴大化隻是外緣而已，你種下了惡因，就要遭到惡緣，被人揭發自己也是外緣，怪不得誰。
想清楚了這件事情的來龍去脈後，他想到要把這個因去掉，隻有一個方法即從懺悔下手。於是心裏默默地觀想到觀世音菩薩，懇切地懺悔自己所種下的因，逐漸心裏就生起強烈的慚愧心。他每天都作這樣的觀想和誠懇的懺悔，這樣一來與佛菩薩靠近了，思想也豁然開朗。
由於觀念改變，一切都放下了。對於肅反擴大化和檢舉人完全沒有了怨恨，心裏開始輕鬆起來。他開始能吃能睡，雖然那個米飯很難吃，是糠加菜做的。並且還參加了監獄裏唱京戲、猜謎等活動。