作為宇宙傳說中的超人，諾亞奧特曼在各個宇宙的星球上都曾留有自己的傳說和遺跡，
在奈克斯特奧特曼消滅了異生獸母體THEONE的大概五年後，THE ONE的碎片散落到世界各地，
感染了各種各樣的生靈，化成了不同的異生獸，這時，人類所了解的世界表麵，看上去並未發生太大變化，
但是，世界各地不斷傳來了那些“異生獸”攻擊和吞食人類，致使人員不斷傷亡的報告，
為了暗中解決這個問題，人類政府秘密聯合成立了世界性防衛組織“Terrestrial Liberation Trust”，
總部位於北美，簡稱“TLT”，其下日本支部則被稱為“TLT-J”，而“TLT-J”的直屬特種機動作戰部隊，
就是“夜襲隊（Night Raider）”，他們的任務就是秘密消滅所有出現的各種各樣的異生獸，
而這個組織都會消除所有的那些目擊了異生獸的幸存者的記憶，在黑暗中維護著人類社會秩序，
孤門一輝是TLT的新成員，正當孤門前往TLT的基地時，他遇上了異生獸襲擊，幸得奈克賽斯奧特曼相救，
這便是孤門與奈克賽斯奧特曼的初次邂逅，當孤門正式上陣的時候，再次遇上奈克賽斯奧特曼，
但是，西條凪副隊長卻認為奈克賽斯奧特曼也是異生獸，並對其展開了攻擊，
而且她的這種做法，還得到了說明者CIC的認同，孤門對於此舉大感不解，對工作感到了迷失，
但隨著那些異生獸的不斷學習和進化，導致擁有驕人戰績的夜襲隊，不得不陷入了苦戰，
此時，光之巨人奈克賽斯奧特曼的突然登場並打破了這種僵局，隨後，那些異生獸進化開始變得相當巨大，
奈克賽斯奧特曼便變成紅色的青年形態，而戰地記者姬矢準，作為奈克賽斯奧特曼的適能者，
出現在這場人類與異生獸的戰鬥之中，他利用相位的褶曲，製造出屬於自己的戰鬥空間“美塔領域”，
在變身成為巨大化後的奈克賽斯奧特曼，將異生獸拉入這個與世隔絕的異空間內進行戰鬥，
這個空間就連夜襲隊的“鉻金切斯特”戰機也沒有辦法闖進入，在麵對新型的戰場環境下，
後來的TLT才研發出了一種特殊科技戰機合體後，才可以進入這個異空間內進行並肩作戰，
就在世人一無所知的情況下，奈克賽斯奧特曼將那些遇到的異生獸都消滅掉了，
在一次戰鬥中，奈克賽斯奧特曼腿部受傷，變回了適能者姬矢準後，更是受到西條和孤門的追捕，
孤門見姬矢傷勢便知道他就是奈克賽斯奧特曼，這時，姬矢隻好召喚適能者專用的飛行物體逃走，
孤門在觸碰飛行物體時，便感到了姬矢準的過去充滿了悲傷，兩人的命運開始糾纏在一起了……
TLT-J第三基地夜襲隊的新隊員孤門一輝與和倉隊長及其他隊員一起處理著繁忙作戰任務，
可自從他遇到姬矢準後，便對自己任務及周圍環境產生疑問：
組織內究竟隱藏著怎樣的秘密？