這個世界的邪惡組織的前身是寶可夢Freedom（自由）聯盟，簡稱F聯盟，不過大家更喜歡叫他們黑暗聯盟。
與精靈寶可夢聯盟，精靈寶可夢家族和 精靈寶可夢王國 同為精靈寶可夢世界的主要勢力。
有位冠軍魯大師說過，世上本沒有路，走得多了，便成了走路草。
寶可夢Freedom聯盟也是如此，叫著叫著甚至他們自己也叫成了“我們黑暗聯盟”。
F聯盟致力於科技的研究和寶可夢的捕捉，他們中一部分人認為寶可夢是不能被相信，是純“工具人”。
於是大肆捕捉寶可夢，並進行強行控製，還開發出了黑暗球這種反阿爾宙斯的產品。
當然，副作用就是被黑暗球強行收服的寶可夢雖然實力短時間內大幅度增長，但是性格會變得殘暴，一旦脫離了精靈球的控製，第一件事就是幹掉強行收服自己的小婊砸！
在不斷的發展壯大之後，隱隱的能與精靈寶可夢聯盟正麵對抗。
當然，他們發展壯大的原因少不了其它三方中有心人的支持，特別是一大部分寶可夢王國。
何曾想交鋒幾次之後吃了不少虧，然後抓住了事情的關鍵，神獸。
寶可夢王國也是有神獸支持的，但是他們不會傻到把壓箱底的東西交給黑暗聯盟——吧？
嗯，還真有。
當然，神獸一般情況下是不會幹預世界的自由發展，他們隻會為自己順眼的人調動大自然的力量進行賜福。
或者與人類達成相輔相成的合作關係，因此形成了一些超能力者和波導的勇者等超越極限的人類。
當F聯盟盯上神獸的時候，就是他們覆滅的開始，不作死就不會死，他們盯上誰不好，竟然盯上了超夢。
你說以你們的實力，你整隻沒牌麵獸，或者集幾套沒牌麵鳥，再不濟挖一套馬桶什麼的，甚至你薅幾根攝像雞的毛，也沒什麼大不了的，你惹這位大佬作甚。
要不咋說他們黑暗聯盟總被壓在塔下爆錘呢？果然腦回路清奇，吃臭臭泥就吃最臭的阿羅拉臭泥是吧？
超夢在寶可夢世界因為其誕生原因，本來非常厭惡對寶可夢的不尊重和強行操控，一覺醒來發現自己又雙叒被泡在了滿是液體的罐子裏。
自小有幽閉恐懼症的超夢哪能受這個委屈，然後結果可想而知。
別看超夢性格高冷，甚至有些惡劣，但是還是有一些一級神朋友的。
一夜之間，F聯盟總部被毀，多處重要分部被襲擊，所有研究資料被超夢和他的小弟蓋諾薩克特們打包帶走，就此F聯盟沒有了對抗寶可夢聯盟的實力。
在有心人挑唆下，在危機之前，本該團結一致的F聯盟開始了內訌，F聯盟就此瓦解，形成了一個又一個的邪惡組織。
隨著精靈寶可夢聯盟積極與各個寶可夢家族的合作，在某位強大神獸的“建議”下，許多寶可夢家族紛紛加入寶可夢聯盟。
然後這些邪惡組織剛做了件大事，是的，腦回路清奇他們不但不去對抗寶可夢聯盟，而是選擇痛擊我方隊友，反戈一擊，突襲了一向支持他們的那些精靈寶可夢王國。
然後就是喜聞樂見的兩敗俱傷，大部分精靈寶可夢王國湮滅在曆史之中，邪惡組織也遁入地下。
滄海桑田，時間就這麼慢慢過去，原本強橫的精靈寶可夢王國也選擇了妥協，與精靈寶可夢聯盟聯係並合作，寶可夢世界正式進入了精靈寶可夢聯盟時代。
此時，梗著脖走了不少彎路的各個邪惡組織終於出現了天選之人，他聯合了所有邪惡組織，開始對寶可夢聯盟進行反擊。
利用自身靈活的方法，在世界各地進行恐怖活動，效果頗豐。
無心插柳柳成行，雖然被各地聯盟到處追殺，但是加入邪惡組織的人也越來越多，俗話說得好，敵人的敵人就是我的老表！試問哪個地方沒有一些屑人呢？