自下午4時發起總攻至午夜時分，日軍被分割完全陷入各自為戰境地。第2天中午，雖然戰場區域還有零星的槍聲，但那是士兵們在清除依然在抵抗的小股日軍。大批日軍俘虜出現在視野裏。此番日軍成建製的被俘，說明日軍士兵抵抗意誌已經發生極大變化，活著也許比死亡更重要。時下日軍士兵整體玉碎的作戰勇氣，已經出現較大變數。首次在對日作戰中抓獲如此眾多的俘虜，其意義不可估量。
此番忙壞了隨軍記者，其中不乏高鼻梁、藍眼睛的美軍記者。麵對日軍一隊隊戰俘，鎂光燈不時閃爍，日軍士兵一張張茫然的麵孔被記錄下來，成為活生生的見證。戰場上是這番情景，日軍台北司令部的情景更是不堪目睹。此時，失敗的氣氛籠罩，司令官山下奉文麵色蒼白、雙眼通紅，坐在椅子上一言不發，不知道在想什麼。
“將軍，根據崗村司令官命令，責令25師團、101師團、47師團撤往中央山脈，從新構築防線。第45師團就地在竹東構築防線。第52師團正在向新竹開拔！”日軍參謀長小心翼翼稟報，山下奉文似乎無動於衷。然而他哪裏想到，更大的打擊接踵而來，出乎所有的預料，敵軍居然打出組合拳，第2兵團宋任窮，在肖峰所部圍殲日軍第18師團8個小時後，突然在新竹發動了登陸作戰。
為了滿足作戰之需，台海戰役期間，總部在廣州沿海又征調了大約200艘各種船隻，其中不乏商船、貨輪。福州聯合司令部內，參謀長白崇禧麵色嚴峻道：“歐陽司令，宋任窮的主力兵團已經到達新竹海麵。根據作戰部署，一支登陸突擊隊，將在西北側的南寮登陸並迅速搶占南寮漁港，保證宋任窮主力兵團在南寮登陸。根據敵情通報，日軍45師團主力拉到竹東後，新竹兵力空虛，估計防守南寮不會超過一個大隊士兵。”
白崇禧接道：“根據空軍偵查，一支日軍師團主力由桃園出動目標是新竹。現在可以證實這支日軍師團是駐守桃園的第52師團，同時證實我們的判斷，日軍第18師團被圍殲後，日軍新的部署為：以新竹、石門及中央山脈為主形成新的防線。在日軍新的防線沒有形成之前，趁著日軍混亂迅速搶占新竹粉碎日軍的企圖，時機恰到好處。”“告訴宋任窮，午夜時分務必攻占南寮漁港。命令肖峰發揚連續作戰精神，出動一個師前出寶山，堵死日軍45師團西逃之路。”
歐陽劍選擇在新竹開辟第2登陸點，就是看到了日軍第45師團主力已經成為一支孤軍，歐陽劍決定在竹東和寶山一帶，趁機圍殲日軍第45師團主力。當晚8時，第7軍軍長宋任窮在海上下達攻擊命令，向南寮漁港發動進攻。果然不出所料，防守南寮漁港的隻有45師團一支大隊和200人的海岸警備部隊，但是南寮漁港有12座日軍炮台。大部隊在海上發動佯攻後，一支突擊部隊趁著夜色乘坐橡皮船進入頭前溪河入海口。
南寮位於頭前溪入海口南側U型港灣內，是一處淺水灣不適合大型船舶靠岸，坦率說就是一處漁港。大部隊發動攻擊無非就是造聲勢，吸引日軍矚目並掩護突擊部隊進入頭前溪內河搶灘登陸。日軍依仗海岸炮台的遠程打擊，並不擔心敵軍發動登陸作戰，因此日軍在頭前溪內河入海口沿岸，沒有構築防禦工事。日軍第45師團主力前出竹東救援第18師團後，新竹地區兵力空虛。山下奉文正是看到新竹兵力空虛，才責令日軍第52師團前往新竹加強防禦。
日軍的海岸炮火打的異常猛烈，海麵上的攻擊部隊似乎難以招架、被迫撤退。此時，頭前溪入海口的江麵上，出現大批橡皮艇。突擊部隊大約有一個團兵力，很快日軍巡邏部隊發現了他們。日軍巡邏部隊一邊實施阻擊一邊向上峰報告。黑暗中士兵迅速登岸，日軍巡邏部隊寡不敵眾、難以招架。上岸的士兵首選是日軍位於海岸上的炮台，日軍大隊長聞聽敵軍一支突擊部隊偷偷在頭前溪入海口上岸大急，立即命令防守部隊出動，消滅敵軍偷襲部隊。
一場混戰在所難免，上岸的士兵一麵對付日軍炮台，一麵於日軍混戰。岸上爆發出激烈的槍聲和爆炸聲，預示著偷襲部隊成功過登陸，海上的進攻部隊趁機再次發動攻擊。伴隨日軍炮台逐個啞火，登陸部隊的船隻靠近岸邊。南寮是一處U型港灣，適合上岸的地點眾多。士兵們乘坐木船自由選擇登陸地點，上岸的士兵快速向日軍衝擊，戰鬥混亂不堪，但是日軍依然頑強防守、拚死一搏。
位於竹東日軍第45師團師團長高島有武獲悉敵軍在海上進攻的報告大急，立即命令師團主力回援新竹。竹東距離新竹大約50公裏，工兵聯隊駐紮新竹。高島有武命令工兵聯隊火速出動增援南寮漁港。就在日軍工兵聯隊到達南寮漁港後，發現敵軍已經登陸便立即投入作戰。此時，漁港內的戰鬥越加激烈和混亂。海麵上，宋任窮的指揮船鶴立雞群，甲板上宋任窮向漁港內張望。