說來也是恰逢良機，軍統局遷到重慶後，人員機構迅速膨脹，與此同時工作秩序也有些混亂，嚴重影響了工作效率。在老頭子那裏不斷失分，急得戴笠破口大罵。毛人鳳鑒於這種情況，提出了重整秩序的口號。來個新官上任三把火，製定了一係列的“新家法”。
“新家法”包括三個方麵：第一是關於文件處理的程序和要求。當時軍統局本部設四處五室，其中主管軍事情報的第一處和主管政治鬥爭的第二處最為重要。毛人鳳為這兩個處的工作運行方式製定了十分詳細的新規定。凡是由各區、站、辦事處等軍統外勤單位呈送上來的情報，一律先集中到收發股。收發股作過登記後，再根據情報性質，按黨政、社會、國際、經濟動態等類別進行區分，隨收隨發，再分送各主管科室的有關人員。卷宗分四種顏色，白色的是一般件；黃色的為快件；紅色的為急件；紫色的是絕密件。這些不同的顏色表示著不同的處理方法，如果處理有誤就要追究責任。毛人鳳這樣做的目的是為了把全部的權力掌握控製在自己手裏。因為全部情報的分類和簽發都必須經過秘書處，這樣秘書處的位置就居於軍統的核心，代理主任秘書的職務就高了起來。
對於毛人鳳的攬權，一批老牌特務十分不滿，他們習慣於特立獨行，常常炫耀自己能當機決斷，現在事事都要請示彙報，行動受到限製，因此非常不滿。他們不敢到戴笠那裏告狀，於是幾個湖南派的特務張嚴佛、沈醉等到唐縱那裏告狀，唐縱不知情況，跑來和毛人鳳交換意見，毛人鳳不敢得罪他，靜靜地聽唐縱把話說完，也不爭辯，搪塞一番，“新家法”仍然進行。
幾次過後，唐縱也感到沒有什麼意思，就不再理會。這個製度就固定下來。
第二是建立特務內部的監察製度，用特務監視特務。早在毛人鳳負責西北情報工作時期，他就不斷向戴笠彙報周偉龍和馬誌超的行動，使戴笠對他們的一言一行都有了解。特務處升格為軍統局後，機構擴大了幾十倍，人員青年時期毛人鳳
上升到1000 多人，要監察的對象急劇增多。特別在抗戰時期，各特務站的特務分開工作，在淪陷區的老牌特務往往不聽指揮，自做主張，甚至暗中和日本人勾結。如何加強對這批殺人魔王的控製，戴笠是煞費苦心，可是收效不大。毛人鳳針對這種情況，發明了秘密督察製度。
秘密督察分為內外兩種：對外的辦法是安排江山籍的特務，分插到各外勤單位，掛一個職務不大的官。讓他們在暗中監視本單位的特務工作，一旦發現有人搞越軌活動，直接向老板報告。為了讓這種監視行之有效，他又派江山籍的特務擔任譯電部門的工作。這樣一來，軍統局本部給所有外勤單位的指示，以及從重慶外各外勤單位的情報，基本上都從江山人的手上過，一旦發現有舉報的內容，戴笠就能迅速知道，采取行動。
對內的督察製度叫“周督察製度”，即在軍統局本部機關內，以科室為單位，每個人輪流擔任一周的秘密督察，以監視和舉報本單位的“違法”行為，附帶著也關照其他部門，隨時密報督察室。“秘密督察”的項目五花八門，小到遲到早退，大到失職泄密，“反動言行”等。
通過內外兩種督察製度的實施，軍統局內部人人自危，氣氛緊張起來，誰都害怕自己被檢舉，又都不敢不檢舉別人。
第三個方麵是從“關心職員生活”著手，建立良好的“家風”。如果說前兩個是一明一暗，透著肅殺之氣的硬手段的話，那麼這個方麵卻是和風細雨的軟招數。毛人鳳覺得“治家”之法，應該恩威並施。
軍統局成立以來，正是抗戰進入相持階段，陪都重慶物質匱乏，物價高昂，軍統局的經費本來就非常緊張，加上戴笠大手大腳的花錢，特務們的生活非常辛苦，經常是工資都發不下來。特務們為養家糊口，真是無惡不作，有的特務為妓院作後台，自己嫖女人不給錢，每月還收保護費；有的特務搞敲詐、綁票，總之是八仙過海，各顯神通，把陪都重慶弄得沸沸揚揚，烏煙瘴氣。不斷有人打報告給蔣介石，戴笠的臉上挨了幾次耳光。戴笠感到如果不對這幫特務加以約束，軍統局的名聲太壞，會影響自己的政治前途，可是怎樣約束也得解決特務們的嘴巴問題。為此，戴笠召開幾次會議討論，戴笠在會上說：“外邊的人罵我們是土匪強盜，是殺人放火的胡子，這太丟臉了，軍統局為國家和民族的抗戰事業做了那麼多的事情，就為幾件小事壞了名聲，太不劃算了。”可是說歸說，戴笠一直拿不出一個有效的解決措施，因為任何解決都要錢，而在抗戰的大背景下，要拿出一大筆錢來，談何容易。為改善軍統在公眾麵前的形象，毛人鳳製定了公關措施，努力宣傳軍統的新形象。
首先從關心特務的生活著手，比如本部的夥食搞得豐盛一點，大小特務的家庭成員可以就業的，盡量安排就業，實在沒有辦法安排的由軍統內部給一些錢，維持生活。在緝私活動中搞出一些黑錢，拿出一些救濟窮困的特務。物質條件的改善，使一些特務的心思安定下來，把腦筋用到工作上，在一定程度上減少了特務們作惡的行徑，也增加了團體的凝聚力。
同時，毛人鳳還著意把軍統包裝起來，在局本部的院子裏種上花草，粉刷得頗有詩情畫意。無論什麼人來訪，衛兵和接待人員都竭力擺出一副恭敬有禮的樣子，使人暫時忘記這裏是殺人魔王的領地。經過一番改造，軍統的外部形象大為改觀，罵聲自然少了很多。
毛人鳳的“理家”才能在這裏能有效發揮，當然是戴笠給的權力，兩人的配合可謂互為表裏，天衣無縫。毛人鳳因此提高了威信，當初別人眼裏小夥計的形象改變了，而戴笠得以從容地在外麵周旋，實施自己的政治野心。
3援費心拉攏其他上級
這天毛人鳳正在為例會做準備，突然有人叫他去戴笠的辦公室。他以為自己最近的成績被戴笠看到，又要受到表揚，便興致滿滿地前去。不料戴笠卻一把關上門，陰沉沉地沒有好臉色，開口就是：“毛主任啊毛主任，你這個位置坐得很舒服啊。”
毛人鳳心裏一驚，不知道戴笠葫蘆裏賣什麼藥。他按照自己慣常的一套，低頭答應道：“齊五隻是努力工作，並不考慮職位高低。”
戴笠哼了一聲說：“你別以為鄭介民不來上班，主任秘書這個位置就是你的了。不要忘了，你的位子前麵永遠戴著一個‘代理’！”
毛人鳳很長一段時間以來，都很少見戴笠對他發脾氣。今天這一頓無名火更不知道是從哪裏燒起來的。他除了一直點頭稱是，不知道該說什麼。
戴笠更生氣了，說：“是是是，除了是你就不會說點別的了？真是個廢物。”
等到戴笠好好的罵了一頓，出夠了氣之後，毛人鳳才大著膽子問：“是不是鄭介民又在蔣委員長麵前搗鬼，讓戴先生下不了台了？”
戴笠歎了口氣，毛人鳳知道自己又猜對了。