1949 年1 月，遼沈、平津、淮海三大戰役結束，蔣介石為逃避責任，宣布引退。接替他的是他的老政敵李宗仁。李宗仁一向與蔣不和，且同為軍人，他非常器重楊虎城。在當上代總統後，他即下令釋放張學良、楊虎城。
一聽李宗仁要真的釋放楊虎城，毛人鳳立刻去向蔣介石彙報。蔣聽完毛的彙報，雷霆大發，“李宗仁競要釋放張、楊。如果張、楊當年聽我的話，不鬧西安事變，那我早就把共產黨消滅了，不會搞到今天這個地步。現在把他們放出去，楊就會去投靠共產黨，於我們不利。不過老把他放在重慶目標太大，馬上將他秘密處決。”
毛人鳳一想起自己好不容易爬到今天這個位置，眼見著就會因共產黨的得勢而失去一切，他不禁從骨子裏恨共產黨及所有跟共產黨有關的人，楊虎城這個“賊子”他怎能放過？
他馬上召集了一批親信開會，宣布了蔣介石的屠殺密令。
聽到毛人鳳的話，周養浩馬上站起來：“局長，楊虎城肯定要幹掉，你一聲令下我們馬上就可以行動。”
毛人鳳搖搖頭說：“雖然楊虎城很可惡，但他的名氣卻很大，一幫被他蒙騙的人一旦知道他被殺了，肯定要鬧起來，那局麵可就不好收拾了。我們現在的處境夠艱難了，不能再添亂子了。”
毛人鳳講完計劃，又說：“大家稍等，因這次行動事關重大，要絕對保守秘密，最好不要用槍，以免有聲音，事成之後，論功行賞。”
一場計劃周密、滅絕人性的謀殺開始啟動，當事人楊虎城卻一無所知。
可等待他的除了死亡還是死亡。
9 月6 日，楊虎城一家和秘書宋綺雲一家被送到歌樂山戴公館。特務們手持尖刀，殺害了包括兩個八九歲的孩子在內的七口人。
參與的特務們並沒有保守住這個殺戮的秘密，人們對毛人鳳和保密局更加痛恨了。可毛人鳳已經顧不上這些了，他已經殺紅了眼，正策劃一場更大的殺人遊戲。
11月，在毛人鳳的陪同下，蔣介石乘飛機到重慶，保密局西南地區區長徐遠舉，為迎接蔣介石，動員了在重慶的大部分特務、國民黨黨政機關的職員以及一些地痞流氓到機場迎接。此時的蔣介石心還沒有安下來，一路上他一直怕他的行動被解放軍發覺，在空中被攔擊或遭炮擊。專機降落後，機艙門剛一打開，舷梯還沒有推到門口，蔣介石已經站在那裏向西邊張望了。一看保密局早以布置好保衛，才放下心來，恢複往日的從容，走下了飛機。
一下飛機，蔣介石顧不上休息，馬上召集在重慶的主要特務頭子開會。
徐遠舉、周養浩、郭旭、毛人鳳等參加了會議，會議廳裏一片寂靜，誰都知道局勢緊張，蔣介石心情不好。可出乎意料的是，首先聽到的竟是老蔣的表揚，蔣介石說：“保密局在上海撤退前的工作做得好，抓了有嫌疑的人犯3000 多人，撤離時，殺了1300 多人。”
下麵響起一陣掌聲。
蔣又問：“聽說這次對楊虎城的工作幹得不錯，具體執行人員有哪幾個。”
楊進興等站了起來。
“好，就應該這樣，”蔣介石一邊表揚，一邊發狠：“過去由於我們殺人太少，對一些反對我們的人沒有殺掉，以致越來越多的人不再害怕我們。
今後隻有多殺掉一些，才能挽回這種不利於我們的局麵。”
這時候毛人鳳站起來，“委座，重慶的工作怎樣安排？”
“那還用問嗎？在重慶也應該同在上海一樣，凡是有嫌疑的人立即予以逮捕，凡是應槍斃的立即槍斃，絕不姑息。”
毛人鳳又問：“關在白公館與渣滓洞的人犯怎麼辦？”
“這豈不是廢話。我們過去那樣有勢力的時候，這些人都不肯投降，今天我們到處打敗仗，他們還會轉變過來嗎？當然是全都殺掉。”蔣介石惡狠狠地說。
很快，關於白公館、渣滓洞的大屠殺就布置完畢，眾特務領命而下。
白公館看守所、渣滓洞看守所和楊家山、黃家院子、紅爐場秘密囚室組成了龐大的軍統集中營、中美合作所建立後，這裏成為一個與世隔絕的禁區，出入要“特別通行證”，內部使用“代金券”，在區域內的人員一律佩戴特製的藍底紅字鋼質圓型證章。歌樂山下的四平方公裏的範圍，崗哨林立、電網密布，陰森恐怖、與世隔絕！原來的良田村舍變成了特務住房和訓練場所；自然的幽穀山泉、小橋溪澗被插上了鐵絲網，建起了崗樓。
在白公館、渣滓洞中關押的有不少意誌堅定的革命誌士，也有大量“嫌疑犯”，甚至無意中路過這些地方的人，也別想再出這魔窟。1941 年，李仲達、石作聖、馮鴻柵、陳河鎮四名國立六中學生由璧山來渝，打算從三峽去解放區，途中誤入磁器口“特區”而被逮捕，在白公館一關就是8 年，受盡折磨，最後被害。
特務們把這充滿血腥的地方視為寶地，視折磨這些反抗者為賞心悅意的遊戲。可這些都壓不住反抗的火種，現在，當這火種發展成吞噬這些反動派的熊熊烈火時，他們看到了自己的毀滅而變得瘋狂。這一心理過程在毛人鳳身上最為顯著。他親眼看到三大戰役以後，新生的人民政權日益強大，人民解放軍以摧枯拉朽之勢挺進。與此相反，國民黨內部卻分崩離析，蔣介石集團日益陷入四麵楚歌、眾叛親離的絕境。毛人鳳深知“黨國”氣數將盡，可自己又不願就這麼退出中國曆史大舞台，他心有不甘，他心有仇恨，這滿腔的仇恨全都指向共產黨。如果說以前，他折磨犯人，半是為了完成任務獲取情報，半是為了遊戲、快樂的話，現在他對這些人則充滿刻骨仇恨，下定決心要報複，要讓他們不得好死。
渣滓洞的屠殺一直進行到28 日淩晨，共殺害了l40 多人，他們大多是中共幹部、黨團員、戰場上被俘的解放軍官兵以及許多進步人士。
清理完渣滓洞，下一個目標是新世界集中營。重慶新世界的集中營，是國民黨重慶衛戌區總司令部稽查處的看守所，實際上這個單位由毛人鳳的保密局領導。在進行瘋狂屠殺的時候，毛人風是不會忘記這裏的。他找來重慶警察局局長楊森。
“我和老徐研究過，”毛人風指著徐遠舉說，“要把新世界看守所的那些犯人統統殺了！”
“裏麵好像隻有幾個是查明了的中共黨員，”楊森轉頭向徐遠舉，“大多是嫌疑犯，是吧？”
“現在哪有時間去調查誰是誰不是？”毛人風說：“早都說過，寧可錯殺三千，決不放過一個，何況裏麵已經有幾個共產黨了，可以說成統統是共產黨，秘密殺掉就行了！”
隨著一聲令下，罪惡的子彈瘋狂射向人群。鬆林中彈聲如鬼哭、如狼嚎，襯得革命者“中國共產黨萬歲！”“中華人民共和國萬歲”的響亮口號愈發高亢、愈發悲壯。
由毛人鳳親手布置、直接領導的大屠殺至此基本結束。