中共南方工委事件始於1940 年冬天。當時中共南昌市委被破獲，狡猾的敵人以此為契機，設計了一個巨大的陷阱。
徐恩曾授意手下，在江西組織了多次秘密大搜捕，以切斷中共江西地下黨與其上級中共南方工委的所有聯係。與此同時，江西的特務利用他們已掌握的密碼同南方工委重新取得了聯係。
江西台的特務們為了騙得南方工委的信任，故意編造了一些假情報作搪塞。南方工委的負責人對這些情報進行了分析，未找到什麼破綻。
可正在形勢對特務們非常有利時，江西的特務頭子之間為如何展開下一步工作出現了重大分歧。以中統新任贛室主任章誌仁（原主任馮琦已改任特工委主任）為一派，認為現在掌握的南方工委情報已不算少，在南方工委將信將疑之際應立即摧毀南方工委，否則夜長夢多，一旦南方工委發現事情有詐，到手的魚必會脫鉤而去。與此意見截然相左的，是以馮琦為首的“特工委”，這一派則認為現在對南方工委下手為時尚早，應該繼續深入獲得更有價值的情報。兩派是公說公理、婆說婆理，互不相認，官司最後打到徐恩曾那裏。
重慶國府路78號，中統局本部。
蔣介石在大會上講話
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時間已是晚上10 點左右，中統局本部的二樓會議室內仍是燈光通明。
徐恩曾此時正和自己的謀士們討論針對中共南方工委的下一步計劃。
隻聽一個聲音講到：“生米既已做成熟飯，幹嘛不掀鍋，遲了可就是前功盡棄。現在了解的情況已差不多，該出手就得出手，至少先抓出南方工委的電台再說！”講話調門很高的是徐恩曾的心腹幹將、局本部第三組組長謝永存。
聽了謝水存的發言，王思誠站了起來，依舊是那副文縐縐的知識分子樣，他向上推了推眼鏡，講起話來有條不紊：“永存兄的意思我有些不敢苟同，如果依永存兄所言現在下手，當然會小有斬獲，可我們要是暫時忍耐一下，爭取獲得更大的情報，那時再下手恐怕就不是一兩部電台的事了，說不定還會抓到共產黨的大頭目。這前後相比，可是小巫見大巫了。以我之見，目前尚不宜打草驚蛇，提早壞了好事，看準形勢相機而動也未嚐不可。”
今晚參加徐恩曾謀士大聚會的全部是中統的最核心骨幹，討論的結果竟然和江西方麵十分相似，也是兩派意見相持不下，王思誠、張國棟明確表示同意馮琦的意見，暫緩對南方工委下手，而謝永存、張思茂則明確表示支持章誌仁的建議，看來最後的結果還要徐恩曾拍板。
徐恩曾邊聽手下的意見，心裏也在邊琢磨著。兩派意見可說是各有利弊，不好用誰對誰錯來下結論。從他本心講，他當然希望抓住的共產黨越多越好，可這又得冒一定風險，萬一偷雞不成反蝕把米，就太不劃算了，他也一時沒了主意，低頭沉思起來。
眾特務們見局座搜腸刮肚、凝思苦想的痛苦樣，就都停止了議論，會場上一時靜了下來。
大約過了幾分鍾，徐恩曾抬起頭來，看了看在座的幾個人，開口說道：“諸位最近聽到過別人怎麼議論我們嗎？”
王思誠、謝永存等人麵麵相覷，搖了搖頭，他們一時猜不透徐恩曾究竟要想說什麼。
“現在有人背後議論我們中統局全是一群光拿錢不幹事的笨蛋，還說什麼老將廉頗，該讓賢了。恨不得把我們一腳踢開，讓他們來管中統。不是我徐恩曾今天說大話，中統雖小五髒俱全，哪一個零件壞了都別想運轉得靈，誰要是想管，就讓他來試試！”
特務們一聽，敢情局座這些日子在外麵受了些閑氣，心裏窩了火沒處發泄。小個子張國棟十分機靈，一聽徐恩曾話裏有話，趕快接口說道：“國棟前些日子也曾聽得些閑言碎語，很是難聽，所以我剛才同意思誠的意見，就是想把事情做得大些，休讓別人小瞧了咱們。”
徐恩曾看了看張國棟，點點頭以示同意，“人活一口氣，樹爭一張皮，恒心常在，機會難得，現在大魚還未上鉤，貿然動手還覺早了一些，我的意見是再等等看，可以讓江西方麵繼續與中共南方工委聯係，有情報再向我彙報。”徐恩曾仍堅持了他最初的意見。
眾人見老板已拍板定案，誰也沒再做爭論。會後徐恩曾還擬訂了一個周密的行動計劃，一是電告江西務必嚴密封鎖消息，做到動手前滴水不漏；二是要統一江西的意見，任命莊祖方暫負全責，以免章、馮二人發生齬齪。
在徐恩曾的授意下，莊祖方作出了一個頗陰險而又大膽的決定，他通過江西台向南方工委發去訊號，希望南方工委派幹部到江西“視察工作”。
莊祖方認為此舉可以讓南方工委消除對江西方麵的懷疑，進一步接近南方工委的中心組織。
南方工委領導人方方正準備派人去江西探個究竟，所以他接到電報未及多想，就決定委派南方工委組織部長郭潛親赴江西。按照地下工作慣例，郭潛先給省委書記謝育才發出一封帶暗語的信件，定於5月份在曲江與他見麵。
信到了特務手裏，莊祖方一時搞不懂信的含義，隻得把謝育才夫婦和未滿月的小孩從監獄裏放出來，軟禁在一處逼問信的暗語。
謝育才見信後大驚，知道郭潛要來事態嚴重。他和妻子趁看守疏忽拋下自己的孩子逃了出來，萬分火急地迅速通知南方工委領導。可是為時已晚，南方工委遭到嚴重破壞。
5 月30 日，八路軍駐香港辦事處主任、中共廣東省委委員廖承誌在廣東、湖南交界的樂昌縣被捕。
麵對形勢的繼續惡化，周恩來又致電廣東軍政委員會書記尹林平，指示南方工委所屬地區，除日占區、遊擊區黨組織照常活動外，國統區黨組織的活動一律暫停，已暴露身份的黨員幹部要全部轉移，其餘幹部也應暫時隱蔽，一切以安全為第一，堅持“長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的方針，同時命令方方迅速撤回重慶。
此後，南方局作出“南委領導取消，工作停止”的決定，中共南方工作委員會工作至此全部結束。
徐恩曾在破壞中共南方工委後，得到蔣介石的讚揚，蔣並頒發大筆獎金以示鼓勵。徐恩曾後來在中統內部的慶功會上自吹自擂，說中共南方工委事件是他繼顧順章案之後反共生涯中的又一大“傑作”。