1943 年，徐恩曾又惦記起這筆巨款來，便讓中統湖北省調查室的特務秘密押送至重慶。當車走到重慶三鬥坪檢查站時，被軍統的檢查人員攔下來。他們一看車上滿載鈔票，就起了懷疑，嚴加檢查、盤問，並向負責押送的特務索要手續單。中統特務支支吾吾，神情緊張。軍統人員便將人車一起扣留，稟報上級處理。
戴笠得到報告後，精神也為之一振。他立即派人將鈔票送中國銀行檢驗。中國銀行很快得出結論：這批巨額鈔票確係中國銀行發行，不是偽造，但這批鈔票的票號，早在抗戰初期就已全部注銷作廢，從而鑒定這批鈔票為假鈔。聽到這個結論，戴笠欣喜若狂，當即以“中統局偷運假鈔案”為題親自向蔣介石遞交了一份報告。報告中統特務私運假鈔、擾亂國家金融秩序、破壞抗戰大局、影響很壞等等。蔣介石閱罷報告，一看人贓俱獲，又有中國銀行的旁證材料，怒火中燒，當即批轉憲兵司令部軍法處，將押運人員判處死刑，以正法紀。
徐恩曾隻好請陳果夫、陳立夫兄弟出麵從中斡旋，“二陳”在中央黨部召開的由蔣介石親自主持的總理紀念周活動結束後，硬著頭皮向蔣介石陳述了假鈔案的具體經過與事實真相。蔣介石同意從輕處分，並由軍法處緊急通知刑場，暫停實行腰斬。沒過多久，那個押鈔員被減了刑，後來又被保釋出獄。
本來假鈔案已經弄得徐恩曾十分尷尬被動，孰料一波未平，一波又起，一起偽鈔案再次將徐恩曾逼入絕境。如果說假鈔案的性質隻是徐個人斂財、在一定程度上破壞金融的話，那麼偽鈔案則是坑害國家、戕害人民、傷天害理的無恥勾當。
抗戰中期以後，大後方經濟凋敝，日用品奇缺，造成物價飛漲，嚴重影響了社會穩定。但在東南沿海各省，特別是國統區與淪陷區接壤的皖南、浙西一帶，通過蔣、日、偽之間進行物資交換活動，形成了一種畸形“繁榮”景象。在這種情況下，為進一步緩解大後方日用品奇缺狀況，經國民黨行政院國家總動員會議通過，並經蔣介石允許，決定借助中軍統的特務力量，直接運往大後方銷售。由於這項活動有巨額利潤可圖，中軍統都非常積極。軍統在浙江淳安成立了通濟公司，中統則在安徽屯溪場口成立了利通公司。從重慶運出桐油、水銀等物資，到東南沿海換回棉紗、布匹、文具、紙張、五金交電等日用品。
為了便於在上海地區開展業務，中統利通公司便又在上海成立了一個安源公司，任務主要是替利通公司在上海組織搶購敵偽物資。無論利通公司的中統特務怎樣使勁，生意也做不過軍統的通濟公司。但是窮極思變，在上海的安源公司老板程士範無意中也找到了一條“生財之道”。
原來，抗戰爆發後，在國民黨中央銀行撤離上海時，將印刷10 元法幣的銅版運到香港中華書局保存。香港淪陷後，銅板被日本特務機關得到，再次運到上海，大量仿製十元麵值的法幣。因程土範與上海日本特務機關的淵上等人素有來往，於是淵上主動找上門來，提出以1 元偽儲幣兌40 元贗品新法幣的優惠比價，請程幫助推銷。程士範看到有如此大的賺頭，也沒有多想，便以安源辦事處的名義，拿出5 萬元偽儲幣，一下子購買了200 萬元贗品新法幣。可是等到他拿到這批偽鈔後，才發現這種鈔票在上海不能流通。
為了能將這筆錢盡快出手並獲取利潤，程隻好通過安源辦事處主任高子文密電重慶朱家驊，請示能否將這批偽幣運回重慶，用以收購老百姓的桐油和水銀等。他認為這樣做一樣可以“一本萬利”。電報發回重慶局本部後，被徐恩曾搶先拿到。他覺得這樣一筆賺錢的買賣，與其讓朱過問，還不如自己直接做了。於是，他直接密電上海安源辦事處高子文，指定了運鈔時間、路線、地點，讓高子文密運重慶交徐恩曾處理。本來，這件事徐做得十分機密，除了幾個直接參與辦理此事的特務外，在中統局中也隻有顧建中、郭紫峻等核心人物才了解一些情況。
但郭紫峻為了搞垮徐恩曾，把持中統局的大權，竟然不惜向軍統出賣這樣的絕密情報。一天，他在軍統電訊處長魏大銘家閑談時，故意將此事泄露出去。戴笠怎麼會善罷甘休？他派人在浙江設點守候，待偷運贗品新法幣的商船一到就拿獲，共計截獲了新法幣193 萬元。
此事在中軍統之間掀起了軒然大波。徐恩曾懇請陳果夫出麵，找到蔣介石並沒有直接談“偽鈔案”一事，而是提出了從根本上解決“兩統”內訌的問題，其意圖是使蔣以為偽鈔案是兩統內訌的結果。在各個黨國高級幹部懷著自身難保的擔憂四處奔忙下，蔣介石批示將程士範、高子文等四人判處死刑，而對徐恩曾額外開恩“應加處分一節，不交軍法之行總監部裁處”，對他算是相當照顧了。
戴笠看到總監部出的結果後大為不滿，認為如此判刑是蒙蔽領袖。他窮追不舍，想要借此機會把徐恩曾徹底打翻在地。於是戴笠又弄出了一個“王書青走私案”。這個走私案是長期以來戴笠備下的一個殺手鐧，將已經被逼到懸崖邊上的徐恩曾狠狠又踹了一腳。到了這一步，蔣介石即使有利用徐恩曾抑製戴笠的心理，也被徐恩曾的爛泥扶不上牆弄得失去了興趣和信心。這也就注定了徐恩曾被黜下台的命運。