受“5·12”地震影響，東城實驗學校兩座教學樓成為D級危房，很多教學設備嚴重毀損，無法使用。在震後廢墟上，臨時教室就成了最早建起來的建築。開始一段時間，全校師生在帳篷教室裏堅持上課。“這天是他們複課的第一天，老師正在對他們進行災後的心理幹預。兩頂帳篷一個班級，雖然條件比較艱苦，但老師和學生們的精神狀態都很好，帳篷教室裏不時爆發出掌聲和笑聲。”2008年6月2日《讓我們共同麵對——浙江省教育廳救災工作組深入四川廣元地震災區紀實》記下了東城實驗學校師生在積極行動。
2008年6月，由中關村企業發起的“中關村抗震教育基金”為東城實驗學校捐建了“抗震希望學校”，在危樓拆除的廢墟邊搭建32套1800平方米的活動板房教室，保證了7月3日廣元延期普通高考的順利進行。8月1日,東城實驗學校師生分別在原教學樓部分教室和板房教室內全麵複課。
板房教室全部建在學校運動場上。夏天，一進教室就是一股熱浪，老師們每天上課都要換兩套衣服。下雨天，屋裏淌水，地上彙成流，雨點打在板房頂棚上，發出啪啪聲響，讓人難以忍受。運動場搭建板房教室後，體育體操、文藝文化等室外教育教學活動無法正常開展。每周一早上的升旗儀式，幾千學生隻能站在板房教室之間的小空地上。雄壯激越的國歌奏響，但大多數學生在國旗升頂時才能看到飄揚的五星紅旗。
校長廖鴻濱經常輕輕從各間板房教室前走過，老師們洪亮的講課聲和學生響亮的誦讀聲音，使他更加堅定盡快啟動重建，讓師生早日進入永久性教室上課的決心。得知澳門援助重建教學樓和購買部分設施的當天晚上，他在地震後才第一次睡了一個香甜的覺。
在這樣艱苦的環境裏，全校師生一直保持著樂觀積極的精神狀態。七年級9班學生鄭雲霞在《那副用愛凝成的羽毛球拍》一文中，記錄下了當時生活學習的片段：
正當這個時間，你們放下柔軟的枕頭、清涼的空調、寶貴的親情，帶著愛來了，帶來了希望。你們來了，使我們精神上有了支柱，再也不怕那黑夜的降臨。
我們相識，是偶然的，當你們來我家查看災情時，我就跟你們熟了。其實，說起打羽毛球，我們有的就隻是一副球拍，它看上去似乎已過了齡。另外還有兩個羽毛球，但是它們也老了——羽毛都不翼而飛。而網更是沒有，我竟是異想天開用了一根繩綁在兩棵樹上。就這所謂的網，在什麼地方呢？就在學校操場上，雖然那裏已成了板房的世界，但我們利用板房間的空隙，創造了那樣的羽毛球場地。即使是這樣，我們仍能玩得愉快。每天風兒與我們相伴，陽光與我們嬉戲；在綠蔭下，我們爽朗的笑聲傳向遠方，傳得很遠，很遠。在這裏沒有杭州廣元之分，也沒有成人小孩之分，沒有陌生，在一起像老朋友一樣。總之，因為有了你們，我不再恐懼，在你們身上，我看見了生命應有的活力。
2009年5月8日，東城實驗學校教學大樓破土動工。
“讓學校成為家長最放心、老師最放心、社會最放心的地方。”東城實驗學校采用的是全現澆鋼筋混凝土框架結構，這也是震後災區學校重建普遍采用的結構。地基最深的有18米，這是震前的好幾倍。為了保證學校建設質量，用於東城實驗學校建設的所有建材，包括鋼材、水泥、沙石等，進場時必須符合國家現行的標準和要求。進場後，每一批次都要由學校、公司、監理等幾方人員一起抽檢，再送到檢測單位進行檢測。
“質量，是援建工作的生命線，也是援建項目經受曆史檢驗的標尺。”負責該工程的四川錦德建設工程有限公司項目經理劉國軍說：要確保每一根鋼筋、每一包水泥、每一批砂石都是合格的。他親曆每一批次建材的檢驗。四川廣元鑫森建設工程監理有限公司負責該項目的總監李靖是親眼看著大樓一層一層修起的，甚至每個鋼筋接頭處他都會反複檢查。
“多幹一會，娃兒就早一天進教室。”為了讓孩子們早一天坐進新教室，從2009年7月10日基礎施工後，施工方投入了大量的建築周轉材料，幾乎是8天修一層，從一樓到主體封頂僅用了55天。
重建工地與板房教室相隔僅10餘米，為了不影響師生正常上課，施工方盡量在白天安排響動不大的工序；晚上，他們加班加點搶進度。不管是烈日暴曬，還是暴雨傾盆，工人們從早上7點過到將近晚上9點，除了吃飯時間，沒有一個人提出休息。