玲子和海盜團的眾人敲定了針對克裏西亞海盜團的計劃。因為現在是白天，天上沒有星星，所以他們並不清楚現在境況如何。
還活在遊戲當中的，隻有玲子和萬事屋三人，以及‘十九世紀末的倫敦’這一遊戲舞台的柯南一行人。
玲子端坐在椅子上，總覺得內心不安。
不會是江戶川柯南那邊出事了吧？
——
玲子的預感成了真。
此時的柯南，正為了尋找‘開膛手傑克’而努力。
在遊戲開始之前，發布會會場發生了一起殺人案件。受害者是‘繭’的研發負責人堅村忠彬，被人一刀刺死在工作室裏。
而他麵前的鍵盤上，沾著血的三個字母，成了破案的關鍵。
“JTR”，Jack the Ripper，開膛手傑克。
隻要在遊戲裏偵破一百年前的倫敦連環殺人案，就能知道現實中殺害堅村忠彬的凶手是誰。柯南是這樣認為的。
所以他才會一個人戴著胸針去參加遊戲，卻沒想到進去之後會看到少年偵探團的幾個孩子，以及小蘭。
更讓他沒想到的是，一個名為諾亞方舟的人工智能會將他們當做人質，完成一場以性命為賭注的遊戲。而從它的言語之中透露的意思來看，似乎是為了幫一個叫澤田弘樹的孩子報仇。
澤田弘樹，和現實中發生的那起案子，會有關聯嗎？柯南摸著下巴深思。
少年偵探團一行人和小蘭跟著他一起選擇了十九世紀末的倫敦舞台，同行的還有剛才在會場和他們發生過衝突的那四個孩子，分別是瘦高個男孩菊川清一郎；平頭男孩諸星秀樹；胖男孩江守晃；以及吊梢眼瀧澤進也。而鈴木玲子和她的三個助手，選擇了一開始的海盜世界。
剛進入遊戲，他們就撞上了開膛手傑克的作案現場，可惜阿笠博士給柯南的發明在遊戲裏起不了作用，讓他逃走了。
雖然阿笠博士很快在外界找到方法連接遊戲，給予他們聲音提示，但這一舉動惹惱了諾亞方舟，它不僅切斷了聯係，還令大橋崩塌以此作為警告。站在橋上的柯南一行人差一點就掉下去了，柯南還伸手幫了菊川清一郎一把。
緊接著，同行的諸星秀樹發現了大鍾的古怪：分針竟然是倒著走的？！
從50分到49分，再到48分，柯南判斷出，分針指向的數字，代表遊戲中的剩餘人數。
而在前往貝克街尋找福爾摩斯的路上，他們遇上了一個拉著手風琴的流浪漢，他念念有詞的說著奇怪的話，從柯南一行人身邊走過。
既然是遊戲，當然沒有預想中那麼簡單。
柯南他們原本是想尋找福爾摩斯，向他尋求幫助，解開開膛手傑克的真正身份的。隻可惜這時候的福爾摩斯正巧因為巴斯克維爾的獵犬事件，離開倫敦前往達特摩爾了。
但柯南並沒有就此放棄。就算福爾摩斯不在，他們也可以憑借自己的努力解開謎團。很快，他們就發現了開膛手傑克與莫利亞提教授的關聯。
被稱為‘犯罪界的拿破侖’的莫利亞提教授，雖然在黑暗勢力中極具影響力，但並不常出現於人前。柯南立即想到解決方法：既然找不到莫利亞提，那麼就去尋找和他有所關聯的角色。