到1988年底，南方藥廠的產值達到了18億元，實現利稅４億元，居全國500家最大工業企業第82位，成為當時國內知名度最高、盈利最好的中藥企業。借著這個好勢頭，1989年前後，趙新先一口氣推出壯骨關節丸、正天丸、皮炎平等係列中藥產品。它們的銷售額都在1年內就分別超過了1億元。南方藥廠在中藥開發和市場運作上的能力，在國內已無人可及。從某種意義上來講，在整個20世紀80年代，它是最成功的市場化企業之一。
南方藥廠的快速崛起，使趙新先成為中國企業界一顆耀眼的新星。1989年4月，解放軍總後勤部為南方藥廠記集體二等功，授予他“優秀軍隊企業家”稱號，頒發二級英雄模範獎章一枚，還向全軍作出了《關於向趙新先同誌學習的決定》。9月，他被國務院授予“全國勞動模範”的稱號。
如果說趙新先的經營才略讓人驚歎的話，那麼，他以強人姿態形成的“三九機製”則在當年更具轟動性。在南方藥廠奇跡般的崛起中，他的才幹無疑是最具決定性的。漸漸的，他在企業內部形成了不可替代的絕對權威。1991年10月，解放軍總後勤部出資1億元從廣州第一軍醫大學手中買下南方藥廠，第二年將其更名為三九集團。解放軍總後勤部對三九的管理實行的是最為寬鬆的法人代表個人負責製。其做法是，解放軍總後勤部給他充分放權，在組建企業集團的文件中明文確定隻管他一人，由他對企業全部資產的增值和安全負有全權和責任。在三九內，他是總經理兼黨委書記，下麵不設副總經理。集團總部隻設黨務部、財務部和人事部3個機構，甚至連總裁辦公室都沒有。他之下設5個秘書，分別處理相關具體事務。他將這種管理設置，得意地稱之為“一人機製”。
三九的管理模式，在當時國內的所有國有企業中絕無僅有，甚至是不可想象的，帶來的結果是真正的政企分開，從而解決了國有企業10多年來始終難解的老大難問題。趙新先憑借“一人機製”合理合法地掙脫在繩索之外，使企業的成長始終牢牢地控製在自己手中。在相當長的時間裏，三九一方麵享受著國有企業的種種製度優勢，另一方麵又靠“三九機製”保持著自由成長的空間。
關於“一人機製”最戲劇性的一幕出現在1992年9月。時任國務院副總理的朱鎔基到三九視察，十分滿意，臨走時提出要跟藥廠的領導合影留念，對趙新先說：“老趙，把你的那些副廠長叫來一起照。”他說：“副總理，我這兒沒有副廠長，領導就我一個人。我是廠長、書記、總工程師一身兼。”這個細節被記者寫進了報道中。他的“一人機製”頓時在國內傳為美談。1993年，中央電視台編輯播出了一套介紹國有企業改革經驗的電視專題片，第一篇是“海爾經驗”，第二篇就是“三九機製”。1994年8月，《人民日報》在頭版頭條的重要位置，連續發表了關於三九速度、三九機製和三九精神的長篇通訊，全麵地肯定了他的改革成果。