當時，三九品牌響徹天下。因此，趙新先每到一個省，書記、省長必出麵接待。到了市裏，更是驚動五大班子集體迎送，各地媒體更是追蹤報道，熱烈捧場。一些偏僻地方的企業聽說三九開始大並購，便千裏迢迢地跑到深圳三九總部要求兼並。
趙新先並購企業主要有3種方式。第一種是“承債式”，三九把企業的資產和債務全部打包吃下來；第二種是“控股式”，三九出一部分資金成為企業的控股方；第三種是“托管式”，三九隻管經營，不擔債務，從增長的效益中分成。總體而言，三九的並購成本非常之低。他倡導的並購理念是“輸出機製不投錢”。也就是說，當地政府把企業送給三九來管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是“三件寶”，即機製、品牌和渠道。湖南的郴州藥廠是婦科中藥生產基地，多年來獲得的藥品批號有50多個，可是經營卻一塌糊塗，年年虧損，資產負債率高達99％。他兼並該廠後做的第一件事情就是給每個職工分送一本他主編的《論三九機製》。班組學習討論兩個星期，然後在企業內推行“幹部能上能下、職工能進能出、工資能高能低”的市場化管理。藥廠的產品也貼上三九的商標，進入三九的銷售渠道。1年後，藥廠實現產值2200萬元，創造利稅300多萬元。
在外人看來，三九的一次次攻城略地無疑是輝煌而炫目的。通過並購式的擴張，三九的產品從衝劑向針劑延伸，從消化類中藥擴充到抗癌類、婦科類等多個門類，儼然已構成了一個中藥帝國的雛形。1999年9月，躊躇滿誌的趙新先出席《財富》全球論壇上海年會並發表演講，暢談中醫、中藥是中華民族參與世界競爭非常有潛力的資源和最優秀的文化品牌，並提出將用5年時間把三九建成世界上最先進、最大的植物藥生產企業，用10年時間把三九建成亞洲最大、最強的綜合性製藥企業，用15年的時間使三九進入世界500強的行列。在那次論壇上，他見到了自己的偶像——GE的傑克·韋爾奇。後者在回到美國後評論見到過的中國企業家時說：“他們好像是在演戲。”
從1996年到2001年，三九出手並購了140多家地方企業，平均每個月並購2家。其中，承債式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在這種跑馬圈地式的瘋狂並購中，三九迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元，所屬企業遍及全國，形成了醫藥、汽車、食品、製酒、旅遊飯店、商業、農業和房地產八大行業，旗下甚至包括一家華南地區最大的夜總會。
2002年，三九廠慶，趙新先吩咐重新裝修廠史陳列室。設計人員在陳列室的入門處放置了一艘航空母艦的模型，軍艦的甲板上放了56架飛機，分別代表了三九直屬的56家二級子公司，而在它們旗下還有上百家三級、四級公司。他對這個創意十分滿意，每有貴客來，必在軍艦前一一介紹。到他退休之前，飛機最多的時候為98架。