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同樣，皇宮已經不再是皇宮，成了一片黑乎乎的焦土，整個宮室除了這位天皇之外，僅剩40餘人得以幸存，其中還有過半以上被大火燒傷。當這位天皇蘇醒的時候，昔日美麗神聖的皇宮已經滿眼都是一片狼藉，刺鼻的煙味和焦臭充斥著他的鼻孔，而撕心裂肺的慘叫聲也一聲聲不絕於耳，狠狠的打擊著他的神經。戰爭已經不再是他所熟悉的那個戰爭！
“難道大神已經不再佑護他的子民了麼？”
這位天皇自蘇醒過後，一臉近乎癡呆狀的一直這麼喃喃自語的說著，完全不再理會他身邊那些剛自火海中逃生，正喋喋不休計劃著進行報複的大臣。此時的他已經對這些曾信誓旦旦保證東京不會遭遇任何危險的家夥，失去了任何信心。
戰爭已經被這些人引到了本土之上，接下來，他可以想像不論這些人展開何種報複，自己的子民和日本本土都將如同中俄兩國一樣，深深陷入殘酷的戰火洗禮之中。因為他們的狂妄，日本已經開始為戰爭付出代價了！
日本軍部直至13日下午才狼狽的從大火中逃生，在東京北郊一處未被焚毀的軍事基地，勉強建立其臨時指揮部。讓這些人尷尬的是，參謀部以及軍部部分校級以上軍官竟然也在大火中被燒死11名，燒傷46名，還有大量的輔助工作人員和圖紙資料也被燒傷燒死，這讓臨時指揮部工作幾乎陷入停頓。
同時。因轟炸機群在清晨撤離時灑下地大量鋁箔、錫箔等箔片，在東京上空以及周圍因強對流到處漂浮，致使其部分幸存的電訊電報機器也發生通訊障礙，東京對外界的聯絡。在短時間內幾乎完全中斷。至傍晚，當空中那些箔片散盡過後，臨時電訊部門終於接通了與各部的聯係，憤怒地日軍大本營立刻要向各軍種下達對中國實施反報複的命令。日軍參謀總長在憤怒之中，亦準備再次動用細菌作戰，對中國大麵積投擲細菌。
此時細菌戰對於日本關東軍來說，已經比較成熟。在對俄作戰中，日軍關東軍部為快速突破伊爾庫茲克，細菌戰部隊石井支隊曾配合北亞日軍對朱可夫集團軍大麵積實施細菌戰。不過首次使用時，因俄衛生設施比較齊備，相反負責進攻的日軍卻不怎麼在意衛生，結果俄方損失不大，其自己卻損失了10000多兵力。,更新最快
隨後經過幾次摸索。日軍也終於能夠避免誤傷自己，但是俄方也在隨後展開細菌反擊，致使雙方最終停止細菌戰。而在日軍的情報中。中國方麵城市衛生狀況極差，且對細菌作戰無有效反擊方式。因此日參謀總長為報複中國，準備再次動用石原支隊。
然而，讓日軍大本營意料不到地是。僅僅一天與外圍失去聯係，此時外界已經發生巨大變化。電訊部門剛接通與各處的聯係，一份份緊急電報立刻蜂擁而來。
“九州航空飛行基地遭遇敵5架轟炸機轟炸，燃油庫被毀，損失飛機7架！”
“四國航空飛行基地被敵5架轟炸機襲擊，庫存燃油、彈藥被引爆，損失12架飛機，跑道在一個星期內不可使用！”
“朝鮮軍3處飛行基地、沈陽、旅順飛行基地被敵轟炸機趁夜偷襲陷入火海，另山海關、錦州、熱河等前線機場也遭遇突襲，共計損失飛機171架，各機場正在緊急搶修中！”
“中國派遣軍佃駿六司令官電，中**隊約100多萬兵力於昨夜突然發起反擊，北平為敵優勢兵力突破，筱塚中將玉碎，所屬軍團一部失去聯係，敵前出兵力沿我熱河-通州鐵路線已經逼近長城防線，特請求大本營準許調動朝鮮軍參戰！”
“北亞派遣軍司令官彬山元大將電，中國北方陰山軍事基地方麵軍，30餘萬機械化集團兵力向東部滿洲地區發起攻擊，俄朱可夫集團自伊爾庫茲克開始實施全線反擊，北亞兵力吃緊，請求大本營補充兵力、以及武器裝備和飛機！”
“俄國方麵正經哈薩克地區向中國大陸轉移飛機，似乎有借中國基地轟炸帝國本土之可能！中國防疫研究部門今日忽然公布其已經掌握的病毒名單！”
最主要的還是來自關東軍部的一份絕密電報，電報稱石井支隊所在之滿洲哈爾濱以南20多公裏的平房地區，在夜色中遭遇敵十幾架重型轟炸機重點轟炸，超過百噸的集束炸彈、汽油彈彈、鑽地彈等混合彈種將此處所有房屋徹底焚毀。
日參謀總長在接到此封電報後，當場一屁股坐倒在椅子上，連發怒都似乎忘記了。石井支隊正是他準備在即將進行的反報複中，寄以厚望並威懾中國的細菌部隊，沒想到竟然伴隨這東京轟炸，在昨夜被中國空軍一舉焚毀。看著東京還在熊熊燃燒的大火，他完全可以想像此時石井支隊和他地細菌工廠已經不複存在了！