接連幾天，日本人氣焰高漲，不斷北犯。朝鮮軍勢孤力弱，漸漸吃緊，急忙向李如鬆求援。李如鬆卻很相信沈惟敬的話，倭賊斷斷不會進犯全羅道，哪裏來的敵人？
但是，朝鮮人求援不斷。李如鬆決定先發製人，七月初五，派總兵查大受、都督李平胡、遊擊高升等十四員大將率兵五千人，鎮守全羅道的咽喉鑰地——南原。日本人見明軍大舉來援，全線停止進攻，敵我形成對峙，朝鮮戰局再次僵持不下。
明神宗急了。東征軍曠日持久，“久暴師則國用不足”，國庫裏的白銀漸漸空了。前方將士更是疲憊不堪，無不歸心似箭。
十多萬日軍賴在釜山虎視眈眈，隨時能把重創之後的朝鮮一口吞下。這時，明軍肩負著穩定戰局的重任。如果突然撤退，日本人就會像洪水猛獸，再次蕩滌朝鮮半島。
於是一個大難題擺在明神宗麵前：明軍是留還是撤？
朝廷又掀起爭論波瀾。早在六月初一，兵科給事中侯慶遠就上疏明神宗，建議撤兵。按侯慶遠的說法，如果這時能乘勝抽身，於理於情，明朝都是大贏家。
明神宗便下了一道諭旨：“朝鮮王還都王京，整兵自守。我各鎮兵久疲海外，以次撤歸。”
經略宋應昌以師老無功，也產生厭戰情緒，準備趁著明軍撤退之機，主動卸下經略職務，以求全身而退，保全名節。
但是，宋應昌又懼怕惹得大臣非議，就以進為退，上疏明神宗，詳陳日本人狡詐難防，駐軍不能全撤盡，主張明軍暫且屯駐全羅、慶尚二道，然後見機行事：
全、慶二道……兩道守則朝鮮安而保薊遼。……倭若能乘我罷兵，突入再犯，朝鮮不支，前功且棄。……即議撤宜少需時日，俟倭盡歸，量議防守。
老謀深算的宋應昌隻提防守，不提撤兵。但是，朝廷那些善於咬文嚼字的大臣們一下子就看穿宋應昌的意圖，紛紛上書明神宗，大批宋應昌，竭力諫阻撤軍。先有遼鎮都禦史趙光耀極言不可輕許日本封貢，後有兵科給事中張輔之力主征剿。
宋應昌見大臣發難，連忙又上奏明神宗：“倭奴狡詐，屬國孤弱，不可不留兵。”並建議留下劉給廷一萬六千人，讓他防守全羅、慶尚二道，以拱衛王京，求得朝鮮安、中國安。
朝廷的形勢仍然是文臣主戰，武官主和。針鋒相對，互不相讓。這時，起決定作用的兵部尚書石星站出來說話了。
石星把議和當做自己政治前途的最大賭注，生怕駐軍過多，會觸動日本人的敏感神經，給他們一個屯兵不去的口實。於是，石星借口駐兵一萬六千人，要耗費大量糧草、軍餉，幹脆裁撤吳惟忠等部，隻留下劉給廷三千人，做個協防朝鮮的模樣。又因急於求成，石星令沈惟敬去釜山倭營，讓日本人早早獻上謝和表章。
沈惟敬一入倭營，就向小西行長獻上蟠衣玉帶、花布四十匹以及《大明一統誌》《大明官製》《武經七書》等重要典籍，小西行長則回贈日本旗幟五麵，沈惟敬一概收下。
李如鬆對沈惟敬的奴顏媚骨備感氣憤，幾次想殺掉沈惟敬，但礙於石星的情麵，隱忍未發。
八月，石星責令經略宋應昌撤軍。宋應昌以令箭告知李如鬆，讓他回國。
於是明軍紛紛北撤，離開朝鮮國境。初八，中路大將李如柏撤出王京。兩天後，李如鬆離開王京。二十四日，李如鬆又從平壤西退至肅州。五天後，沈惟敬及內藤如安緊隨明軍，前往北京。
但是，朝中的撤、封爭論並未隨著石星的一紙令下而休止。文臣浙江道禦史楊紹程等極力反對石星的和議，主張堅決斷絕日本的請和，即使撤兵也隻退到邊界地區，以應對不時之虞。
張輔之等人更是群起激昂，上書彈劾石星。石星一氣之下，破罐子破摔，主動請辭。
神宗對這個首倡用兵的尚書還真是百依百順，好言撫慰挽留下來。同時，又按石星的先前部署，詔令李如鬆班師，讓朝鮮王子李琿去全羅、慶尚兩道督師備敵。九月二十三日，在朝鮮王子臨海君、刑曹判書李德馨、鄭琢等人相送下，李如鬆踏上了歸國之程。
到鴨綠江邊，李如鬆憑江北眺大明國土，吊奠陣亡將士。有多少人曾隨著自己東征西討，而如今成為留在異國他鄉的魂靈，從此永別。
李如鬆被石星、宋應昌等人所掣肘，既有無法盡驅強敵入海的遺憾，也有對朝鮮國王及世子寄托的無限期許。他轉頭問身旁的朝鮮人，會寧的亂賊招撫了沒有？
朝鮮翻譯官回答，前年已經伏誅了。
李如鬆深情地教導著，請轉告國王及王子，百姓，愛護他們，他們便會像扶養自己的父母一樣；虐待他們，他們便會如仇敵一樣相害。又問鄭琢，國王臥薪嚐膽了嗎？必須勤練兵，體恤士民，挑選賢才，任用能人，國家上下一心，苦心守護著社稷大業，方能夠確保國家平安無事。