於戲！我國家仁恩浩蕩，恭順者無困不援；義武奮揚，跳梁者雖強必戮。茲用布告天下，昭示四夷，明予非得已之心，識予不敢赦之意。毋越厥誌而幹顯罰，各守分義以享太平。凡我文武內外大小臣工，尚宜潔自愛民，奉公體國，以消萌釁，以導禎祥。更念彤力殫財，為日已久，嘉與休息，正惟此時，諸因東征加派錢糧，一切盡令所司除豁，務為存撫，勿事煩苛，谘爾多方，宜悉朕意。
又降旨敕諭朝鮮國王李昖：
比者，倭奴平秀吉，肆為不道，懷狡焉啟疆之心，以兵蹂躪爾邦，蕩無寧宇。朕念王世供職貢，深用門惻，故茲七年之中，日以此賊為事，始行薄伐，繼示兼容，終加靈誅。
蓋不殺乃天之心，而用兵非予得已。安疆靖亂，宜取蕩平，神惡凶盈，陰殲魁首，大師乘之，追奔逐北。鯨鯢盡戮，海隅載清，捷書來聞，憂勞始釋。
今王令陪臣，奉表稱謝，貢獻方物。且悉王懷德之意，特降敕獎勵，仍賜彩幣、表裏，就令陪臣齎去，以答忠誠，隻可收領。先曾陳籲所誣，朕以心體亮，本無疑於王。廷臣雜議，又具言王必無他，已有別旨昭雪，想能知悉。
惟王雖還舊物，實同新造，振凋起敝，為力倍艱。倭雖遁歸，族類尚在，生心再逞，亦未可知。茲命經略尚書邢玠，振旅旋歸，量留經理都禦史萬世德等，分布編師，為王戍守。
王可谘求軍略，共商善後，臥薪嚐膽，無忘前恥，蓽路藍縷，大作永圖。務材訓農，厚樹根本，吊死問孤，以振士卒。尚文雖美事，而專務儒緩，亦非救亂之資。忘戰必危，古之深戒。吾將士思歸，挽輸非便，行當盡撤。爾可亟圖，務令倭，聞聲不敢複來，即來亦無複慮。東海之表，屹如金湯，長垂襟衛之安，永奠藩維之厚。惟忠惟孝，纘紹前休，王其懋之，懋之欽哉！故諭。
五月，邢玠上疏陳奏朝鮮善後十條方針：留戍兵、定月餉、定本色、留中路海防道、裁餉司、重將領、添巡捕、分汛地、議操練、責成本國。
是月，征東軍諸將董一元、麻貴、劉給廷、陳璘、吳廣、曹希彬、陳蠶、司懋官、傅良橋、楊登山、吳惟忠、王之翰、柴登科、許國威、牛伯英、陳寅、季金、梁天胤、王國威、福日昇、薛處臣等，統率本營兵士，全部渡過鴨綠江回國。隻留下經理萬世德及按察副使杜潛。
明神宗又以明軍全部罷歸，朝鮮微弱難以自守，急檄提督李承勳率新兵兩萬五千人，渡江赴朝駐守。
其後不久，經理萬世德也向兵部呈上朝鮮善後之策八條：選將、練兵、守衝要、修險阨、建城池、造器械、訪異材、修內治。
兵部反複商議之後，以為明軍長久留戍外國，糧餉難支。因而，明軍應全部撤回，讓朝鮮自立圖強。
九月，給事中楊應文勘報東征功次，四路擒斬，首推陳璘，次劉給廷，又次麻貴。明神宗頒旨，大賞征東的明軍將士：晉邢玠太子太保，蔭一子錦衣世襲。
萬世德升右副都禦史，蔭一子入監。
陳璘、劉給廷各加都督同知。
麻貴右都督，董一元複職。
賜茅國器、陳寅、彭友德等金。
楊鎬以原官敘用。
禦史陳效病死，蔭一子錦衣。
在東征大軍擺宴慶功，一片歡天喜地的同時，九月初五，前兵部尚書石星孤零零地病死牢房。一年前，石星曾經淒涼地對閣臣趙誌皋說道：“如果皇上能可憐我的妻兒，得以歸鄉耕田，那就是莫大的幸運了。老身體弱年衰，不久即將入土，哪有什麼指望？”
時過境遷，世人對石星的變幻無常感慨萬千。朝鮮招討使李廷馣聽到石星之死，頗有感觸，寫下一首詩，為石星一念之差，遺恨千古而惋惜：
蕞爾東溟一島夷，天生毒種到今滋。
整居王邑誠非料，驚動天朝本不期。
控禦鴨江真得策，馳書日域竟何為？
未成奇計身先死，可惜當初一念差。
二十五日，那位曾經玩弄石星、小西行長，甚至明神宗於股掌之中的奸賊沈惟敬也被斬首，妻子陳淡如被剝奪一切人身自由，入定府為奴。他的罪惡被牢牢地釘在了曆史的恥辱柱上！