南明隆武二年（公元1646年）二月，清軍大舉南征，兵鋒直指鄭芝龍的勢力範圍福建。清軍南進途中，鄭芝龍就已開始與之密使洽談投降事宜。為了表達自己的誠意，鄭芝龍密令自己的部下放棄天險，自動撤退，並且留下糧草，以備清軍使用。
二十二歲的鄭成功對父親的行為深為不安。他與父親展開了一次長談。
《台灣外紀》中有這樣一段記載：
成功勸曰：“……以兒細度，閩粵之地，不比北方得任意馳驅。若憑高恃險，設伏以禦，雖有百萬，恐一旦亦難飛過。收拾人心，以固其本；大開海道，興販各港，以足其餉。然後選將練兵，號召天下，進取不難矣。”
龍曰：“稚子妄談，不知天時時勢。夫以天塹之隔，四鎮雄兵且不能拒，何況偏安一隅。倘畫虎不成，豈不類狗乎？”
成功曰：“吾父所見者大概，未曾細料機宜，天時地利，有不同耳。清兵馬雖盛，亦不能長驅而進。我朝委係無人，文臣弄權，一旦冰裂瓦解，釀成煤山之慘。故得其天時，排闥直入，剪除凶醜，以承大統。迨至南都，非長江失恃，細察其故，君實非戡亂之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄飲恨，天塹難憑也。吾父若借其崎嶇，扼其險要，則地利尚存，人心可收也。”
龍曰：“識時務為俊傑。今招我重我，就之必禮我。苟與爭鋒，一旦失利，搖尾乞憐，那時追悔莫及。豎子渺視，慎毋多談。”
成功見龍不從，牽其衣跪哭曰：“夫虎不可離山，魚不可脫淵；離山則失其威，脫淵則登時困殺。吾父當三思而行。”
鄭芝龍的選擇，在唐宋之後日益軟熟的絕大多數國人看來，都無可厚非。畢竟，此時清人已經占領了絕大部分中國領土，隻有福建、兩廣、雲南尚未歸附。滿洲人的戰鬥力已經一再得到清晰的展示，以一省抗全局，無異螳臂當車。既然早晚都得投降，那麼，晚降不如早降，被迫不如主動，消極不如積極。既然天下大勢已定，就應該按歸降後的利益最大化來安排現在的對策。
在鄭芝龍看來，現在正是像天才演員那樣表演“誠懇”、“積極”的大好機會。他又把海盜那一套拋膽傾心結交新知的老伎倆使了出來，清人一信相邀，就欲欣然隻身前往。鄭成功的勸說，他根本沒有往心裏去。在他眼裏，二十二歲的鄭成功雖然聰明精幹，然而畢竟不過還是個孩子，黃口小兒，根本沒有和他探討的必要。因此，“龍見成功語繁，厭聽，拂袖而起”，幹脆起身離去。
老謀深算的鄭芝龍無論如何也沒有想到，他這個個性強烈的長子，竟然敢違抗他的命令，不但不隨著自己一道投降，而且後來成為清軍最堅定的敵人，並且最終因此帶累得老父搭上了性命。
中國思想家說，孝的最根本意義在於“無違”，就是無條件地服從父親。按理說，鄭芝龍的考慮無疑比鄭成功更理智，更現實，也更深遠。這個老海盜，憑著他在中國社會和政治風濤中的經驗，已經清楚地判斷出改朝換代的大戲，此時已經是快唱完了。曆史大勢不容更改。降清之後，即使不能如吳三桂、尚可喜、耿精忠那樣封王據土，也一定可以留住自己在福建的廣大財富；穿戴異族服裝，並不妨礙他繼續享盡人間榮華富貴。
所以，不論是從鄭成功自己考慮，還是從整個鄭氏家族的利益考慮，鄭成功聽從父命，安心歸順，都是一個正確的選擇。況且，演變中的中國文化對“忠”的要求，已經不如春秋時代那麼嚴格。
“順天知命”已經不受社會輿論的苛責，甚至能言善辯的降臣們給自己準備的理由十分大義凜然：“誰非忠臣，誰非孝子，識天命之有歸，知大事之已去，投誠歸命，保全億萬生靈，此仁人誌士之所為，為大丈夫可以自決矣！”
然而，鄭成功卻做出了一個讓所有人吃驚的舉動。在鄭芝龍命他跟隨自己一同去見清朝官員時，鄭成功拒不從命，並且回信說：“從來父教子以忠，未聞教子以貳。今吾父不聽兒言，後倘有不測，兒隻有縞素而已。”
這是中國文化史上難得一見的父子決裂書。鄭成功跳出數千年間籠罩在中國人頭上的“孝”的禁錮，成就了自己的特異人格。這封決裂書，鮮明地昭顯了鄭成功激烈慷慨的少年性格。鄭氏父子的差異，不僅僅在於“忠”與“叛”這樣一個簡單的道德標簽，更在於對時勢的看法。
少年人對前途對世界的看法總是更為樂觀，更為理想化。正像鄭成功對父親所說的那樣，天下尚大有可為，“地利尚存，人心可收”。處理得好，“選將練兵，號召天下，進取不難矣”。在鄭成功的眼裏，時勢還大有可為，這個世界上還有許多奇跡等著他去創造。
鄭氏父子的另一個差異是對人生的看法。在鄭芝龍看來，什麼“民族”、“帝國”這些宏大之事，對他來講等同於無。人生在世，就在於要有勢力、有財富、有女人，這就夠了。這個老海盜的人生觀是典型的中國人實用主義的“身體化”人生觀。而少年鄭成功的人生觀無疑是一種英雄主義、理想主義的人生觀。