自陳摶提出煉精化炁、煉炁化神、煉神還虛的基本步驟，內丹學諸派沿襲至今，此步驟源自於《無極圖》，其形式是：
為環者四，位五行其中。自下而上：初一日玄牝之門；次二日煉精化氣，煉氣化神；次三五行定位，曰五氣朝元；次四陰陽配合，日取坎填離；最上日煉神還虛，複歸無極。故謂之無極圖，乃方士修煉之術爾。
內丹家一般將內丹修煉分為四個階段。第一階段為築基人手功夫，稱為道術。此時玄關一竅未見，主要為修補身體虧損，或鑄劍補精，為煉丹作準備。後麵三個階段通稱仙術，此時玄關初開，藥物、鼎爐、火候始見。這三段仙術又分初、中、上三關。初關亦稱百日關，為煉精化炁階段，屬小周天功夫。中關稱十月關，為煉炁化神階段，屬大周天功夫。上關仙術稱九年關，為煉神還虛階段。其中百日、十月、九年皆是比喻，丹功每步所需時日因法因人而異，不可拘執。其中“十月”乃比喻十月懷胎而來，“九年”來自達摩老祖九年麵璧的故事。
另外，上陽子陳致虛以《參同契》每日兩卦，每爻三符，兩卦十二爻，相當12個時辰，共36符，每符二候，每日夜72候。每時辰相當現在兩小時，計120分鍾。一符40分鍾，一候20分鍾。一晝夜12時辰，共24小時，計13500息。一呼一吸為一息，一時辰1125息，一符375息，一候187息零一吸。內丹家（清修派）還依《參同契》關於用十二辟卦描述煉丹火候的框架，將丹田內真氣初動的景象定為人身中的“活子時”，活子時到來後立即調整呼吸和意念，行小周天轉河車運藥。在子、醜、寅、辰、巳五個陽時行“進陽火”功法，即吸氣著意而長，呼氣自然而短。從複卦、臨卦、泰卦、央卦到乾卦，每卦用三十六爻，即以36次呼吸為一卦，從尾閶運藥直到乾頂泥丸富，共180次呼吸。後在午、未、申、戌、亥五陰時行“退陰符”功法，即呼氣著意而長，吸氣自然而短。從娠卦，循卦、否卦、剝卦到坤卦，每卦用二十四爻，即以24次呼吸為一卦，將藥從泥丸富再降到腹部下丹田，在120次呼吸之後將小藥由河車搬運一周，行煉精化氣的功夫。在卯時藥物運行到大壯卦的夾脊關處，以自然呼吸36次進行溫養；酉時藥物降到觀卦中丹田附近，同樣以不加意念的輕微自然呼吸24次進行溫養。進陽火和退陰符過程中間的卯酉二時，丹功中稱為沐浴功法。如此360次呼吸為一周天，小藥轉河車搬運一周。因之丹家有記述火候的口訣雲：
子午兩時是火候，兩時活取無昏晝。
一陽複卦子時生，午時一陰生於骺。
三十六又二十四，周天度數同相似。
卯時沐浴酉時同，火候足時休恣意。
以上以卦爻、銖兩（計算藥物則將384爻用384銖表示，而成16兩，謂一斤之數，斤足卦滿則知藥火之輕重而丹成）、符候計算呼吸描述火候的辦法，亦是學者應該掌握的知識。
丹家之秘，不過火候、藥物。實則元神發真火，真火隨真息，真息隨真氣，真氣化真精，真精結成丹。玄關一見即為真，自有陰陽應候回，即為火候全部秘密。藥物有內藥、外藥之分，外藥是抽坎中之陽，內藥為補離中之陰。訣雲：“前弦短兮後弦長，機關切莫向人揚，射入龍官為鬥柄，元陽初動運神光”，此為外藥之作用。訣雲：“真土擒真鉛，真鉛製真汞”，此為內藥之作用。神非思慮神，息非呼吸氣，元神是火，真息是藥，調和神息為火候。以神馭氣而成道，即以火煉藥而成丹。學者參透“心息相依”四字，即參透丹道大半。