拓跋嗣雖對崔浩之議表示讚賞，賜崔浩禦酒及水晶鹽等奇物，但他畢竟想從交戰雙方中取利，仍派長孫嵩等將領沿河尾隨晉軍，隨時準備攻擊晉軍。劉裕不堪騷擾，在黃河北岸擺個卻月陣，以兩千七百士兵加上一百張可發尖槊的大弩，大敗魏軍。魏軍三萬騎兵被殺一萬多，狼狽而還。拓跋嗣又慚又悔，忙向崔浩道歉。
劉裕俘獲姚泓後，果然急忙回建康篡位，關中不久就被赫連勃勃奪占，其時為公元418年。留守關中以及繼援的數萬晉軍全部被赫連勃勃的夏軍殺掉。
明元帝泰常五年(南朝宋武帝永初元年，公元420年)，劉裕代晉稱帝。為此，拓跋嗣連稱大臣崔浩有先見之明。
明元帝同其父拓跋矽一樣，嗜服寒石散。帝王為了長壽和壯陽，總是服用今天看來實際上是毒藥的東西，其中有毒的礦物質，不數年就會使一個健壯的正常人瀕於死亡。由於猛藥吃得過多，拓跋嗣一直病魔纏身，加上當時天災人禍不斷，他就又問計於崔浩。
崔浩勸明元帝早立皇長子拓跋燾為太子，以定國本。泰常七年(422)，拓跋燾以太子身份監國，時年僅十二歲。北魏的太子監國絕不是後來明清等朝皇帝出征時的擺設，而是一種實實在在的“代攝”皇統，有自己的一套大臣班子和辦事機構。經過暗中觀察，拓跋嗣發現拓跋燾聰明決斷，見識深遠，幾個輔弼大臣又忠厚賢良，確實能支撐起魏國的大業，為此他心中十分高興。
同年秋，南朝宋武帝劉裕病死，明元帝拓跋嗣就準備攻伐宋國。崔浩表示異議，認為魏、宋兩國幾年來一直禮尚往來，沒有正麵衝突，現在趁喪伐人，不僅理虧，而且不一定成功。
拓跋嗣不理會，說:“劉裕當年就是因姚興剛死而滅其國家，現在趁劉裕死亡我攻伐宋國，也是理所當然。”
崔浩說:“姚興死後，其諸子相爭，劉裕才有機會滅秦。現在，劉裕雖死，其國內軍心民心未變，必死力拒戰。”
拓跋嗣不聽，大舉伐宋。他先派奚斤等將率二萬人渡黃河，自己隨後親率五萬多精騎隨後而行。既然戰事開始，崔浩建議先略地，後攻城。拓跋嗣又不聽，不停派大軍猛攻宋國各個堅城。魏軍最終攻克滑台、虎牢等數座重鎮，但也傷亡慘重，大傷元氣，可謂得不償失。
明元帝拓跋嗣身體本來就不好，又禦駕親征，一路顛簸，病情更轉沉重。公元423年年底，拓跋嗣病死，時年三十二，廟號太宗。其子拓跋燾繼位，是為北魏太武帝。
明元帝為帝十五年，可以說是北魏初期一個重要的過渡性的帝王。