同為齊國宗室的近衛軍首領蕭諶、蕭坦之見小皇帝日益狂縱，心中驚懼日後事發受禍，就都暗中依附西昌侯蕭鸞，準備行廢立之事。
494年，蕭鸞引兵入宮，當時蕭昭業正光著身子和寵姬霍氏飲酒，聞知消息後馬上命令關閉宮門。遠遠看見蕭諶領兵持劍奔來，小皇帝知道近侍謀叛，自知無望之下，用刀自刺脖頸，因酒喝多了加上膽力不夠，手哆嗦著未能自盡。
蕭諶派人用帛粗略地給蕭昭業包紮了一下，以肩輿把他抬出延德殿。蕭諶初闖宮時，衛士們見有兵人進入都持盾挺劍要迎鬥，蕭諶大呼:“所取自有人，卿等不須動。”衛士們以為蕭諶身為禁衛首長，是奉皇帝手令入宮抓人，都放下兵器原地待命。不久，皇宮衛士們看見皇帝受傷被人扶出，都欲挺身上前救護。如果皇帝喊一聲，鹿死誰手還不一定。奇怪的是，蕭昭業悶聲不言，耷拉著腦袋坐在肩輿上，大家隻得眼看他被扛出殿門。從衛士們的視野中一消失，蕭鸞的兵士就在西弄裏麵一刀結果了這位淫樂天子，時年二十二。
蕭鸞以太後的名義廢蕭昭業為鬱林王，迎立其弟新安王蕭昭文。不到四個月，蕭鸞廢蕭昭文為海陵王，自立為帝，是為齊明帝。很快，明帝就暗中派人殺掉時年十五歲的海陵王。
齊明帝蕭鸞是齊高帝蕭道成的哥哥蕭道望的兒子，其父早亡，由蕭道成撫養成人，恩養之情過於己子。
蕭鸞即位後，自認為帝係旁枝，得位不正，加之自己親子皆幼小，宋高帝、宋武帝子孫都日漸成年，於是借故大殺兩帝子孫。
高帝蕭道成有十九個兒子，其中七個兒子於蕭鸞稱帝前病死，四個早殤，其餘八個鄱陽王蕭鏗、桂陽王蕭鑠等都被明帝親口下令殺掉;齊武帝蕭賾二十三個兒子，隻有文惠太子和蕭子良是因病善終，魚複侯蕭子響在武帝時因造反被殺，四人早殤，其餘十六個兒子，廬陵王蕭子卿、安陸王蕭子敬等，皆被明帝殺戮無遺。文惠太子的兩個獨生子，即廢帝蕭昭業和海陵王蕭昭文被殺後，明帝又殺了文惠太子的另外兩個兒子巴陵王蕭昭秀和桂陽王蕭昭粲。
王朝興迭之時，殺戮前氏皇族都很慘烈，但自家骨肉相殘之酷，是以齊明帝為最。齊武帝第十三子巴陵王蕭子倫英果剛毅，被殺前正值守衛琅琊，兵精城堅。明帝派茹法亮持毒酒與他，蕭子倫正衣冠受詔，對茹法亮說:“積不善之家，必有餘殃。從前高皇帝(蕭道成)殘滅劉氏(言其盡殺宋宗室子弟)，今日之事，理固宜然。”又端起毒酒對茹法亮說:“您是我們蕭家的老臣，今日獲此差遣，肯定不是本意。這杯酒我就不讓您了。”言畢，飲鴆而死，時年十六。
宋國王室互相殘殺之時，和北魏接壤的鎮將紛紛向敵國投降，致使淮河以北的廣大地區，全部被北魏所占。這樣一來，淮南立刻成為抵擋北魏的前線，當地人民天天提心吊膽，烽火陣陣。本來富庶的淮南地區，成為準戰場。後來，北魏軍隊進攻青州、齊州地區，就把這些地區的人民劫掠一空，掠做奴婢，押送魏國後，當作賞賜品賜給王公大臣以及軍將，稱為“平齊戶”。可見，南朝自己內部的紛爭，最終承受深重災難的，還是其國內的人民。