早上諾福克海軍基地中，兩名工人正在把幾個桶裝的氫氟酸用叉車裝上車，但是其中一個桶沒放好，倒了下來，裏麵露出了一條手臂，等他們靠近後發現是一具腐蝕的麵目全非的屍體。
NCIS總部收到諾福克海軍基地新來的探員麥基的電話，托尼讓麥基隻要保護好現場等他們到就行。達基醫生和傑克遜已經出發了。出發前凱特不小心打翻了吉布斯的咖啡，托尼對凱特說他從沒對付過早上沒喝咖啡的吉布斯，我們進入未知海域了。
到達現場後，達基醫生講述了氫氟酸在海軍基地裏的多種用途，其中最主要的用途就是用於清理金屬表麵，它腐蝕性很強，可以輕易穿透人的皮膚，破壞軟骨組織並且使骨骼脫鈣。從這個人的樣子來看，他在桶裏待的並不太久，不到24小時。托尼表示這是他見過的最可怕的酸腐蝕案件。托尼要麥基幫他測量，他畫草圖。凱特想通過軍方的DNA數據庫確定身份，吉布斯表示他們的待辦事項堆積如山，至少得48小時。
吉布斯詢問了基地的守衛表示這裏的檢查程序這麼嚴格，死者很可能是在基地裏被殺的。守衛表示他們沒把他裝在車後備箱裏從這運出去，這說明他一定是被某個有出入證的人殺死的。並且也沒有人失蹤，隻有上周發現了一個擅離職守的水兵，但在他家找到他了。門口有一群鯨魚保護者在那舉著牌子喊口號，已經有好幾個禮拜了。托尼把新來的菜鳥探員麥基留在那裏保護現場。
達基醫生通過屍檢後表示死因是鈍器傷，後腦上有一處骨折，並且認為是胎記的那塊皮膚並不是胎記。艾比通過數字技術增強了圖像發現是紋身的一部分，被酸給模糊了，圖像是海豚的尾巴。受害者在潛艇上工作。目前諾福克海軍基地有三艘洛杉磯級攻擊潛艇在港，另外船塢裏還有一艘，本來有五艘的，但是費城號在早上6點出海了。吉布斯要麥基給他所有船上的首發值勤人員名單。
吉布斯認為屍體被放進酸液裏不僅僅是為了拋屍，而是為了確保它無法被識別，也許凶手並不想讓我們知道這個潛艇水兵死了。麥基把首發值勤名單交給吉布斯，發現每個潛艇船員都到崗了，包括外出的費城號。一個潛艇水兵死了，但卻無人失蹤，死人的身份標識還被拿掉了，有人在其中一艘潛艇上頂替了他。
吉布斯他們拜訪了潛艇艦隊司令維奇上校，並告知了有人殺了他手下的一個潛艇水兵，並且取而代之。維奇上校表示會加強港口裏艦船的保衛措施，對照服役記錄核實每一個新船員的身份，但是費城號已經出海一天了。吉布斯想讓上校把費城號召回來，上校回答費城號正在前往參加一次大西洋演習的途中，不能把她召回來。吉布斯讓上校把他和凱特探員送去和她會合，然後盤問新船員。上校表示女人上潛艇極其不便，讓他換一個探員。吉布斯表示非她不可，不會更換。
吉布斯和凱特先乘坐運輸機到企業號航母，然後乘坐企業號的直升機到護衛艦，然後乘坐小艇到潛艇。
吉布斯和凱特與潛艇艦長彼得斯中校到軍官室談話，指揮暫時交由副艦長艾科倫少校。艦長隔離了那五個人，吉布斯告知了具體情況，艦長希望吉布斯他們盡快盤問完，好讓那五個人回到崗位，因為費城號即將開始反潛作戰演習，敵方潛艇由奧古斯塔號扮演。
吉布斯他們在潛水長的陪同下開始了盤問，並且提取了每個人的右手大拇指指紋，其中湯普森中士在年齡上說謊，一等兵瑞格斯在結婚這件事上說謊，德魯中士在上了一年大學這件事上說謊，每個人都說謊了。
吉布斯問艦長怎麼才能從內部破壞這艘潛艇？艦長回答有很多事都能讓我們陷入危險，氯氣進入循環利用的空氣中對全體船員都是致命的，電池艙裏的海水有可能引發爆炸，導彈和魚雷顯然是非常危險的。艦長始終不相信船上有冒名頂替者。
吉布斯發給艾比的五個懷疑對象裏沒有一個和複原模型長得都不像，艾比把照片發給托尼，看看諾福克基地有沒有人能認出來。