《明律》中的許多規定在今天看來確實是十分殘酷的，例如：凡奸邪進讒言使未犯死罪而致死的人，處斬；如有人犯了死罪，有人用巧言進諫，使之免於死罪的，進言者也要被處斬；即使是掌管刑律的官員，如果聽從了上司的主使，減輕或是加重了罪犯的刑罰，也要被處死，並將其妻子充作官奴，家產沒入官府。對於貪汙，朱元璋的認識十分深刻，認為這直接關係到政治風氣乃至國家的生死存亡，他說：“吏治之弊，莫過於貪墨。”認為此弊不除，欲行善政，絕無可能。於是，《明律》規定，官吏必須廉潔奉公，即使因公出差乘坐公車，也不能捎帶私人財物，附載衣服等不得超過十斤，每超過五斤打十鞭，十斤加一等，直至笞至六十鞭。凡貪汙者，至輕之罪也要發配到北方邊地，如果貪汙數額折價超過六十兩銀子以上，處以梟首、剝皮、實草之刑。其具體的做法是把犯官先砍去頭，然後再剝下皮，把頭掛在杆子上，把皮包上草秸，放在衙門口旁邊的土地廟外，或是擺在公座之旁，其用意是警告後來的官吏，不得再行貪汙。朱元璋的這一招雖不太人道，卻十分有效，法令實行不久，吏治果然有所好轉。
但盡管如此，還是有些官吏膽敢以身試法，1385年（洪武十八年），有人告發北平二司官吏李彧、趙全德與戶部侍郎郭桓勾結貪汙，朱元璋迅速查勘，追出贓糧七百萬石。朱元璋大怒，把六部左右侍郎以下的官吏全部處死。經過拷打，又牽連了許多人，最後殺人總數，包括官吏和地主竟達數萬人之多。在這種嚴刑峻法和“運動”打擊結合的綜合治理下，洪武年間的吏治總算呈現出了新的麵貌。
第三，對官吏實行特務統治。
朱元璋設立了巡檢司和錦衣衛，讓巡檢司專門負責盤查全國各地的過往行人，人們被限製在方圓一百裏的活動範圍之內，如有超出，須事先弄得“路引”，這是防止人民串聯造反的重要措施；錦衣衛則是專門負責監視百官的動靜的，就連街衢之上，也滿布錦衣衛。這樣，吏民的一言一行都逃不過皇帝的耳目。一次，博士錢宰罷朝回家，在路上信口吟道：“四鼓咚咚起著衣，午門朝見尚嫌遲。何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時？”第二天上朝，朱元璋對錢宰說：“昨天做得好詩！不過我並未‘嫌’你啊，改作‘憂’字怎麼樣？”錢宰一聽，嚇得出了一身冷汗，連忙跪下叩頭。好在朱元璋並不是要追究他的罪責，而是要顯示自己的無所不知，錢宰才算沒有惹出大禍。吏部尚書吳琳告老還鄉，已是無所作為，但朱元璋還是不放心，常派錦衣衛去監視他。一天，特務向田間插秧的一個老農夫問訊道：“這裏可有個退了休的吳尚書嗎？”那老人拱手答道：“我吳琳便是。”朱元璋得到了這一消息，知道吳琳並無異誌，十分高興，獎賞了吳琳。大學士宋濂是著名的學者，對朱元璋可謂赤膽忠心，但朱元璋還不放心，經常派特務監視。一天，宋濂在家請客，特務竟把赴宴人等乃至菜肴全都列單彙報給了朱元璋。第二天上朝，朱元璋問宋濂請客及菜肴的情況，宋濂把所請客人和菜肴情況一一據實回答，朱元璋聽後十分滿意地說：“宋學士所說皆實，沒有騙我！”國子監祭酒宋訥有一天在家生悶氣，監視他的人認為有可能是對皇上不滿，就偷偷地把他生氣的樣子畫了下來，交給了朱元璋。第二天上朝時，朱元璋問他何故生氣，宋訥做了解釋，朱元璋知道他生悶氣與朝事無關，才不追究。宋訥非常奇怪地問太祖怎麼知道他的家事，太祖就把那張畫像拿出來給他看，結果宋訥幾被驚倒。
就這樣，朱元璋掌握了臣下的一言一行，臣下深恐動輒得咎，真正做到了前人所謂的“慎獨”，哪裏還敢有不臣之心呢？
第四，實行輿論控製，以建立他在人們意識中的崇高地位。
在時人看來，朱元璋的出身十分微賤，祖祖輩輩都是替地主幹活的農夫，而且他本人還做過和尚，因此，朱元璋做皇帝，不僅不符合當時的標準，簡直對民眾是一種汙辱。尤其是許多貴族出身的文人，更是看不起朱元璋，根本不願出來做明朝的官。對於這部分文人，朱元璋毫不留情。
例如貴溪儒士夏伯啟叔侄兩人為了找借口不出來做官，竟致把手指截斷。朱元璋聽說了，就特意把他們招來，當麵質問：“過去世道動亂的時候，你們住在哪裏？”他們回答說：“紅寇竄亂之時，我們住在閩、贛一帶。”朱元璋一聽，勃然大怒，他起自紅巾軍，夏伯啟竟敢把紅巾軍稱為寇，實是膽大包天，當即下令把他們處死，並命令凡是不聽征召、不與政府合作的知識分子，一律殺頭抄家。
無意當中冒犯了他、甚至被人無中生有地構陷的人，朱元璋也橫加殺害。例如，尉氏縣教諭許元為本府作的《萬壽賀表》中有“體乾法坤，藻飾太平”之句。其中“法坤”讀作“發髡”，即剃去頭發，朱元璋懷疑是諷刺自己當過和尚。“藻飾太平”與“早失太平”同音，這位教諭當然也就成了枉死城裏的新鬼。懷慶府學訓導呂睿為本府作《謝賜馬表》中有“送瞻帝扉”，“帝扉”可讀作“帝非”，朱元璋也懷疑這是呂睿暗示他不能當皇帝，也將之殺頭。亳州訓導林雲為本州作《謝東宮賜宴箋》中有“式君父以班爵祿”，其中“式君父”可讀作“失君父”；祥府縣學諭賈翥為本縣作《正旦賀表》中有“取法象魏”，其中“取法”可讀作“去發”。朱元璋認為這些立辭都是對自己不敬，將他們全部處以死刑。逢年過節或是謝恩上表，這些文人總免不了要寫一些歌功頌德的話，誰知卻大遭其殃。最為怪誕的是杭州學府教授徐一夔為本府起草的《賀表》裏有“光天之下，天生聖人，為世作則”之句，這本是極盡頌揚的話，誰知朱元璋見了大發其火，他說：“‘生’者，僧也，這是罵我當過和尚；‘光’則禿也，說我是個禿子；‘則’音近賊，是說我當過盜賊。”這位拍馬屁拍到驢腚上的教授，隻好嗚呼哀哉了。在這種嚴酷的文字獄的統治之下，文人學士隻好縮頭縮腦，別說高談闊論，發表什麼政治見解，就是平時說話作文，也要小心萬分，否則，不知什麼時候，橫禍就會飛到自己的頭上。