在此以前，馬克思、恩格斯曾經謝絕了邀請他們入盟的建議。因為他們不同意在同盟中流行的平均共產主義理論和密謀活動的方式。這次經過莫爾的說明，使他們確信同盟領導人的思想觀點已經發生重大轉變，用科學社會主義改組同盟的條件已經成熟。在這種情況下，他們接受了入盟的邀請。
正義者同盟中央得到馬克思、恩格斯的支持後，於1847年6月2日至9日在倫敦召開同盟第一次代表大會。恩格斯代表巴黎組織，威·沃爾夫代表布魯塞爾組織出席大會，馬克思則因經濟困難未能參加。他在大會開幕前不久寫信對恩格斯說：“我不能去倫敦了。經濟情況不允許我去。有你們兩個人在那裏，也就夠了。”大會期間，恩格斯多次發言闡述科學社會主義原理，主持許多重要文獻的起草和審定工作，起了極其重大的作用。
代表大會的一項成果，是把正義者同盟改名為共產主義者同盟。這一意義重大的決定，鮮明地反映了這個組織的無產階級性質。我們知道，當時社會主義是指那些信奉各種空想學說的分子和各種各樣的社會庸醫，他們都站在工人運動以外，是資產階級的運動。而共產主義則是工人階級的運動。同盟在發給各地支部關於第一次代表大會的報告書中詳細說明更改名稱的意義，指出：“舊的名稱是在特殊的情況下，並考慮到一些特殊的事件才采用的，這些事件與同盟的當前目的不再有任何關係。因此這個名稱已不合時宜，絲毫不能表達我們的意願。許多人要正義，即要他們稱為正義的東西，但他們並不因此就是共產主義者。而我們的特點不在於我們一般地要正義——每個人都能宣稱自己要正義——而在於我們向現存的社會製度和私有製進攻，在於我們要財產公有，在於我們是共產主義者。因此，對我們同盟來說，要有一個合適的名稱。共產主義者同盟這個名稱，對我們來說是最合適的，因為它‘能表明我們實際是什麼人’。”[115]
大會根據恩格斯的提議，用“全世界無產者，聯合起來”的新口號，代替原來階級觀點模糊的“人人皆兄弟”的舊口號。這是代表大會另一個重要成果。新口號充分體現了無產階級共同的世界觀、共同的階級利益、共同的奮鬥目標和無產階級革命的國際性。從此，這個響徹雲霄的口號成了全世界無產階級團結戰鬥的誓言。1890年5月1日第一次集會慶祝國際勞動節的時候，恩格斯在回憶國際共產主義運動的光輝曆程時十分自豪地寫道：“‘全世界無產者，聯合起來！’——當四十二年前我們在巴黎革命即無產階級帶著本身要求參加的第一次革命的前夜向世界上發出這個號召時，響應者還寥寥無幾，可是，1864年9月28日，大多數西歐國家中的無產者已經聯合成為流芳百世的國際工人協會了。固然，國際本身隻存在了九年，但它所創立的全世界無產者永久的聯合依然存在，並且比先前任何時候更加強固……今天的情景定會使全世界的資本家和地主知道，全世界的無產者現在已經真正聯合起來了。”[116]
大會通過由恩格斯參加起草的《共產主義者同盟章程》（草案）。其中第一條指出：“同盟的目的：通過傳播財產公有的理論並盡快地求其實現，使人類得到解放。”[117]這一條雖然帶有空想共產主義的思想痕跡，但它表明了無產階級消滅私有製，建立公有製，實現共產主義——人類徹底解放的要求。
新章程以民主集中製代替原來宗派的密謀的組織原則。章程規定，同盟分為支部、區部、中央委員會。代表大會是同盟的立法機關。兩次代表大會之間，由代表大會選出的中央委員會領導同盟工作。各級委員會由選舉產生。如果選舉人認為擔任公職的人員執行職務的情況不能令人滿意，可隨時撤換。這就使各級領導人員置於盟員的監督之下，堵塞了任何人淩駕於盟員和組織之上實行獨裁的道路。新章程刪去了接受盟員的複雜的、神秘主義的儀式，要求入盟的人必須履行以下諾言：相信財產公有是真理；自願加入為實現財產公有而建立的強有力的同盟；始終不渝地用言語和行動來傳播財產公有的原則並促其實現；對同盟的存在及其一切事情保守機密；服從同盟的決議。章程還規定了必要的紀律，對於行為不端或違反同盟原則的人，視情節輕重令其離盟或開除出盟。