自從初代火影，忍者之神千手柱間死後，忍界爆發了第一次大戰，慘烈程度遠超戰國時代，就連四大忍村的首領也在這次戰爭中犧牲。等到戰爭平息後，忍界迎來了十多年的發展。可是，伴隨著各國國力的恢複，戰爭的陰霾再次籠罩而來。
雨之國，一個長年處於雨季的國家，作為雨忍村的首領，因為自身強大的實力而獲得半神稱號的半藏此時卻正在發愁。
雨之國雖然隻是一個小國，可是，這些年因為有著半神半藏的存在而飛速發展，隱隱甚至有要超越一眾小忍村成為忍界第六國的架勢。就在這一切都向著美好的未來發展下去的時候，忍界的局勢卻一變再變，先是霧隱村進攻渦之國，而後卻被橫空出世的波之國強者佐佐木流雲和栗山雪阻攔，隨後霧隱村開始隔絕對外的交流，閉關鎖國。所幸，這些事影響不到雨之國。
可是接下來，情況卻急轉直下，因為雨之國糟糕的地理位置，正好處在風之國，土之國和火之國的三國交界處。先是風之國和土之國的忍者大軍開始在雨之國附近對峙，隨後，感受到危險的火之國也派出了忍者大軍。
這三個忍界大國都在雨之國附近駐紮了大量的忍者部隊，這給雨之國和雨忍村都帶來了極大的壓力，一開始，半藏聚集了雨隱村的忍者部隊，隻是打算警告風火土三國，不要將戰火燒到雨之國來。可是，這傲慢的三個國家似乎完全沒有將自己和雨之國放在眼中，他們之間的戰鬥，戰場卻越來越深入雨之國，將大半個國家都卷入了戰火，百姓流離失所。現在，半藏覺得自己該做出決定了。
第二天，一則驚人的消息就傳到了岩隱村，砂隱村和木葉村的大營，雨隱村的首領，半神半藏正式對風之國，土之國和火之國三國宣戰!
就在雨忍村的戰爭形勢迅速升級的時候，在雨之國的落難百姓口中，卻越來越多的出現了一個神秘人的消息。很多落難的人在即將遭遇忍者殺害的時候，被神秘人所救，隨後還指引他們到達最近的庇護所。
此時，砂隱村的營地中，千代看著眼前的情報忍者，不悅的問道：“你是說我們已經有十隻搜尋物資的小隊失去了蹤跡？”
見到千代臉上那明顯的憤怒，他有些顫抖著回答：“是的，千代顧問，第一支失蹤的小隊是一周前派出去的，他們的任務是從當地的雨之國人手中搜刮物資，當時失去他們的消息後，因為附近正好有木葉的忍者出沒，所以我們以為他們是被木葉的人消滅，但是之後又陸續有同樣的情況出現，仔細調查後，我們發現，一共有10支小隊在執行搜集物資的任務時失去下落。而且已經排除了是木葉村或者岩隱村所為的可能性。”
千代聽後，臉色稍微好轉了一些，揮揮手讓他退下，自言自語道：“也就是說，這是雨隱村的人做的了？一周前就已經開始行動了嘛？”想到剛剛收到的半藏的宣戰書，千代開始思考半藏的用意。
同一時間，就在岩隱村的大帳中，也上演著相同的一幕，大野木也得知了岩隱村有好幾隻小隊在執行任務的時候失去了下落，而他手下的情報人員也同樣得出了是雨隱村所為的結果。這讓大野木氣憤之下差點閃了腰。“卑鄙的半藏，居然不宣而戰，虧你還有著半神的稱號！”大野木罵罵咧咧。