這次大會是成功的，效果明顯，影響也大。
但是，這次大會也存在問題。大會開始十多天，基本上是就事論事，不得要領，如討論農村黨員問題，就隻用“到會、交費、模範、公道”四條去套。隻是到了第二階段，毛澤東及時指示主席團要改變方針，要從細微末節的問題轉到黨內存在的根本思想問題上來，如自由主義問題、對黨鬧獨立性等重大問題，大會才走上正軌。雖然如此，西北邊區對黨鬧獨立性的問題和自由主義問題，並沒有解決。會議指出，“邊區當前仍然存在著鬧獨立性和自由主義的傾向”。高崗對這個正確的批評，不僅不予接受，反而以一貫正確自居，繼續同黨鬧獨立性。而且，由於強調西北局要以高崗為首，因而無論是會上發言還是會後報道，都有突出個人，甚至個人崇拜的現象。對這些，高崗當然不能辭其咎。
據熟悉當時情況的老同誌回憶，高崗不僅有同黨中央鬧獨立性的毛病，在部門和部門之間，領導同誌之間，他也是常常鬧矛盾。例如，當時的留守兵團司令員，對西北局尊重不夠。任弼時和林伯渠找這位司令員談話，要他尊重西北局，西北局是中央的代表機關。任弼時認為，我們的軍隊必須和老百姓結合在一起，依靠老百姓才能打勝仗。比如邊區的軍隊，吃飯靠老百姓供給糧食，打仗靠老百姓幫助運輸、抬擔架，有缺額或者擴編時，要靠老百姓來補充。所以說，我們的軍隊和老百姓是互相依存的，是血肉相連的。
這位司令員是個好同誌，接受了任弼時和林伯渠的幫助。
然而，高崗卻不。他的思想，沒有進入應有的境界。他利用自己的某種優勢，向黨中央爭一種東西。他說:
“留守兵團如果仍舊歸中央管，那麼，他們的後勤保障我們西北局就不管了。如果要西北局保障他們的後勤，那就得由西北局來管他們。”
中央有中央的難處，要中央保障留守兵團的後勤供應，這是不可能的。為了顧全大局，留守兵團就隻好讓西北局管。中央讓步了。