進化而來的生物與人類出現矛盾，媧卻沒有辦法手心手背都是肉，不管是爬行類生物還是正在進化的人類，都是不舍，為保爬行類生物不被人類滅絕，媧傳授爬行類生物進行基因工程的建設，有些生物很快的適應了此等能力，便擴充爬行類生物自稱“妖族”
當妖獸擁有智慧便是人類的災難，妖獸一族自此變得強大，壯碩的體型，強大的破壞力，昔日的境地便反過來了，人類成為了妖獸的食物，看人類開始不斷的減少，媧始終不忍，開始教導人類認識自身，開發自身的能力，其中選定十二人類尤為突出，便著重培養這十二人，而這十二人也是後世稱十二祖巫，十二祖巫得媧祖教導實力與日俱增與妖獸展開大戰，後世稱“巫妖大劫”
後人類與妖獸大量傷亡，十二祖巫之一的後土，不忍就此消亡，懇求媧祖拯救，媧祖點化後土，後土利用自身的基因生物引擎化身六道輪回，以身化六道輪回被天道降下功德成聖。 接引亡者入輪回。據說由於成聖，天道賜予她元神，形成平心，稱平心娘娘（也有人說，她化為了孟婆，不知道是真是假）。
至此巫妖量劫，大量妖獸，人類消亡，幸得後土庇護利用六道重新轉生，所幸還有保留下了火種，妖獸和人類簽訂合約，和平共存，不再幹涉人類的進化，但與之發生衝突讓其自生解決，妖輸則成為人類的伴獸或是勝利品，人輸則成為妖獸的食物，自此合約一直延傳後世。
經巫妖大劫之後，妖因改造過多，擁有強大力量卻子嗣稀少，而人類沒有強大力量卻擁有大量的子嗣，通力合作之下可獵虎殺狼，但在合約剛成立時大量妖獸與人類合作成為人類的伴獸，至此衍生出犬類與貓類，為解決人類糧食問題，妖獸與人類共同研發可食用生物，人類得以延續。
但天下必是合久必分，分久必合的態勢，人類之間出現矛盾，開始大規模的爭搶土地和糧食，妖獸從中調解，不得而終，終妖獸之王白澤利用基因生物引擎開辟異空間給予妖獸生存之地“山海之地”，遠離人類的紛爭。
人類的戰爭一直持續，蚩尤勇武，率領九黎族可對抗炎帝與黃帝二者的族群，炎帝被蚩尤驅趕的潰不成軍，與黃帝聯手，終在距今約5000年前的史前戰爭，炎黃聯盟與九黎部落之間展開的一場大戰，因戰爭地點位於古涿鹿，因此史稱涿鹿之戰。炎黃聯盟奪取戰爭勝利，而媧祖在此次事件中不得而知，因與星域幾位一同抗敵時受傷陷入沉睡，再次蘇醒卻在封神大劫之時。
炎黃聯盟勝出後建立三皇五帝時代在此時代，伏羲建立洪荒學院，開發人類智慧，提高人類的生產能力，發明易經八卦，變革婚俗，始造文字，發明樂器，創造歌曲。提高人類的一切智慧。
一日伏羲算出後世大劫，便在洪荒學院中建立一所專職戰鬥，傳承上古強者的基因工程，培養基因生物引擎的院係，以備不時之需此為“大道學院”