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十五天後。
陳帆獨自一人躺在學院宿舍的床上，閉目沉思。
通過對著十五天的回憶，他發覺，這十五天就仿佛做夢一樣。
十五天前，他與其餘的278人登上了學院的第二層，進入了新的環境，心情也隨之好了一些。
然而，就在抵達第二層的次日，命案再次發生。
死者是擁有世界第一偽娘之稱的烈陽國男子不二千尋。而殺人者，則是同樣來自於烈陽國的暴走族火神龍太。
毋庸置疑，在命案發生後，學級審判再次啟動。
由於當時證據不全，加之判斷失誤，眾人將懷疑的重心放到了世界第一殺手，擁有雙重人格的魔之滅殺者‘翔’的身上。
正當眾人做出最後裁定的時候，工藤新一適時提出疑點，將收集的證據再次進行論證，判斷出火神龍太才是真正的殺人者，這才使大部分人僥幸逃過死亡一劫。
不過，盡管如此，還是有半數人因意誌不堅，沒有相信工藤新一的論證死於非命。
因此，在那次命案之後，279人的總人數極速銳減至137人。
隨後，學院第三層開放。這也意味著，人員的活動範圍變更加的廣。
第三層開放的設施有娛樂室、物理室、美術室。
而同樣是時隔一天，又有人離奇死亡。
這一次死亡的，是擁有世界第一黑客之稱的美利堅男子約翰。而殺人者則是擁有世界第一電腦專家之稱的不列顛男子克斯利。
由於有了之前兩次偵破案例，所以當學級審判開始後，眾人第一次達成共識，同心同思，將抉擇的全力全部交給工藤新一。
最終，工藤新一不負眾望，通過超乎常人的偵破能力，指出殺人者。致使這一次學級審判，全員順利通過。
然而，這次殺人事件，卻並沒有想象中的那麼簡單。
其實，約翰與克斯利在外界的時候，就是關係非常好的朋友，當初抵達第二層的時候，兩人就通過圖書館中的電腦侵入了學院的內部係統，並使用一些非常規的手段植入了病毒，希望通過這種方式來解救學院中幸存下來的所有人。
可是，好景不長，兩人的行動很快就被黑白熊發覺。
為了保證學院係統的正常運行，以及對全員的監管，黑白熊終於違反自己定下的規則，想要置兩人於死地。
眼看著計劃麵臨失敗，約翰向克斯利提出了犧牲自己的想法，希望克斯利將他的思維以編程的方式改造成病毒，植入電腦，侵入學院主機，繼續破解學院的秘密。
開始的時候，克斯利並不讚同。因為他很清楚，學院的主機擁有著人類無法想象的強大防火牆，僅憑約翰一人，很難侵入其中。有可能還沒接觸到學院的內部文件，就被防火牆直接滅殺。所以，他需要找到一個絕對信任的人，將編程方式進行教授，同時，將他的思維也改造成電腦病毒。
以他自己的說法，那就是兩個人，總比一個人的機會要大一些。
最終，在精心挑選之下，克斯利找到了工藤新一。因為他覺得，憑工藤新一的智商，以及敏銳的判斷力，能夠根據他留下的教程，很快掌握製造電腦病毒的技術。