在一天上午，“末日”組織開始對生化病毒活性進行加速測試，成功創找除了第一批“生化幽靈”，這些生化幽靈與常人不同：血紅色的身軀，身體上關節都如同燈泡一樣發著生化病毒幽藍色的光，血液由於含有生化病毒變成了墨綠色……它們還擁有獅子一般的力氣和熊一般的龐大身軀，能夠完成常人不可能完成的任務，最值得一提的是經過計算它們的生命力是常人的60倍左右，再加上金屬骨骼和用鈦合金製作的利爪手套，它們幾乎是刀槍不入……“末日”組織卻認為已經控製了生化病毒，統治世界近在咫尺……
可是，“末日”低估了生化病毒的力量，當他們把試驗體裏的生化病毒活性調到最高時，第一批生化幽靈們瞬間失去了意識，它們隻認為跟自己一樣體內充滿生化病毒的才是它們的同類，它們腦袋裏除了對出自己同類其他任何人施以嗜血般的殺戮和能思考的意識再沒有其他東西了。它們瘋狂地向研究人員發起攻擊，它們的利爪上沾滿了自己的鮮血和生化病毒，再加上生化病毒的活性已經調到最高被抓傷的研究員們幾乎是在被抓的一瞬間就被感染成像生化幽靈一樣的怪物。雖然救援部隊在接到通知之後第一時間趕到現場，但已經晚了。這生化幽靈已經脫離了控製，它們毫無顧忌的侵蝕著周圍的生物，並且感染他們，讓他們成為自己的同類，剛感染的人也生出了肉質的利爪，雖然之後感染的生化幽靈在全方麵都不如製造出來的生化幽靈強大，但也足夠抵抗槍林彈雨，在生化幽靈脫離控製後40分鍾，“末日”的生化幽靈研究基地已經被生化幽靈占領。
生化幽靈由於太過強大，一般的潛伏者傭兵根本無法對抗，於是與生化幽靈的對抗人類節節敗退。為了人類的生存，潛伏者和保衛者拋開矛盾，達成首次聯合合作。終於，在“末日”八席分隊長和“末日”總隊長的協助下，生化幽靈絕大部分終於被消滅，剩餘的被活捉，第一波生化狂潮終於被平息。
“末日”組織吸取了上次的教訓，把生化病毒的活性大量減小，繼續用活體實驗，失敗品拿來克隆生化武器，成功的試驗體被編製進生化小隊，由於保證試驗體的安全性和可靠性，每個試驗用的人都會切除很多神經，可是剛開始一直都是失敗品，於是“末日”決定先培養生化武器並且用少量來訓練自己的傭兵，在1年後重新開始對生化病毒強化人類的方式做實驗……
第二次生化大戰，即將爆發！
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