骨由骨礦物質和有機骨基質兩部分組成的。由於骨細胞的活動，新骨不斷形成，舊骨不斷破壞，同時骨細胞代謝產物從骨中釋放到血液中去，所以檢測血、尿、便中這些物質的含量，可以間接地了解骨代謝的情況。生化檢查測定的項目有：
（1）血鈣和磷：根據骨質疏鬆發病過程中的變化，血鈣和血磷可以偏高，有時血鈣低而血磷高。一般情況下，均在正常範圍，不是診斷骨質疏鬆的特別指標；（2）血清堿性磷酸酶（ALP）：是反映骨形成和轉化的指標。在骨質疏鬆發病活動期，血清堿性磷酸酶活性增高；（3）尿羥脯氨酸（HOP）：反映骨基質的代謝情況，它與骨質吸收有關；（4）其他：反映骨代謝調節的化驗檢查有許多，如甲狀旁腺素（PTH）、降鈣素（CT）、雌激素（E.2）等。
生化檢查隻反映體內骨代謝情況，說明骨質疏鬆的病理變化，可作為骨質疏鬆診斷參考，不是特異性指標。
骨質疏鬆並非是一種單純純的疾病，很多疾病可以引起骨質疏鬆，而骨質疏鬆又可導致其他疾病，互為因果，這就要求要從多方麵去考慮骨質疏鬆的防治。