小蘭順手想把剛洗好的碗筷放到一旁，結果手一不小心沒拿穩，啪的一聲急速的摔到了地上，等掃完打碎的碗，抬頭望向窗外的夕陽景色，內心有種忐忑不安，默默念叨“千萬不要有事啊，新一（柯南）”。
與此同時，鏡頭快速轉換到與黑衣組織決戰的前一年，柯南邀請毛利蘭到剛剛認識的地方見麵,“呐，小蘭姐姐，我我我”柯南很緊張，搓了搓小手，“明天，就要跟爸爸媽媽回美國了，可能以後，也不經常會回這邊了。”話還沒說完，就被小蘭抱住了“我知道，你的爸爸媽媽也一直很想你也很愛你，所以一直想找機會帶你回去，一家人團聚，真好呢”“蘭”柯南內心很緊張的想“等打敗黑暗組織之後，我一定找機會變回原來的樣子，然後再來見你順便再表個白”“也好，你好好的跟父母團聚，我也就放心啦，至於我爸爸，我回頭會好好跟他說的~”蘭摸了摸柯南的頭對他說，“那好吧，毛利叔叔那邊那就拜托小蘭姐姐了！”柯南做出了可愛的拜托姿勢。
時光飛逝，在這一年期間，柯南就住在阿笠博士家邊上的工藤宅裏，天天與帶著貓皮的，通過假死方式活下來的赤井秀一商量討論盤算如何消滅黑暗組織，時不時的去毛利偵探事務所底下的咖啡廳與安室透交換情報。就這樣慢慢的在這棟別墅周圍聚集了不少潛伏狙擊黑暗組織的組織。
來到了決戰前的那一日，柯南把各組織人馬組織起來，開了個會，\"那麼，FBI的同事前往該處，同時，CIA的同事前往另外一處，M16的同事前往更遠的一處，日本公安盯著各個方麵的行動，剩餘的聽從柯南的指揮，大家齊頭並進，打他個措手不及。”說完，各個組織迅速散開，開始行動起來。
與此同時，會議室已經隻剩下柯南一個人轉著筆在沉思，是不是還有更好的解決辦法。突然間隻見一個穿著魔術師服飾的男人出現在了這間會議室裏，“hi~名偵探，還在想什麼呢？方案不是已經定下來了嗎？”“不，那個隻是給他們製定的計劃，我總覺還缺少了什麼？，我在想第四套方案，你幫我看看？”“好啊，我榮幸之至。”說完，那人拿起了柯南在會議後重新製定的計劃看了看，“不錯嘛，還留有一手計劃，這是要你自己去完成的吧，嗯？”那人頗有興致的對柯南說，“沒錯，這是我繞開那些組織的人，所做的計劃。”柯南自信滿滿的說道。
決戰當日，晴空高照，各個組織的計劃完成的異常順利，直到各個組織在清點人數時，安室透和赤井秀一各自在問：柯南呢，不是說好在這集合的呢？”“我看，不會跑到最深處去了吧？”雙方對視了一眼，瞬間想到一處去了，轉身立馬向深的地方奔赴過去。怪盜基德看著他們的行動方向，心裏捏起了一把汗，拜托，大偵探，別暴露了，我這邊可攔不住他們。
深處，”小鬼，算你厲害，竟然能找到這個地方，不愧是世界著名小說家工藤優作和著名女演員工藤有希子的孩子”烏丸蓮耶大boss笑眯眯的看著他，“你竟然能在那種藥的作用下存活那麼久，是不是可以說明世界上還是有長生不老的藥物存在並且可以逆轉時光？你知道嗎這個藥物一旦開發出來，那豈不是又可以大賺一筆，你願不願意同我合作，一起長生不老，一起大賺一筆？”“你在做夢”柯南表情嚴肅，但眼神卻很堅定，“逆轉時光終究是違背科學常識，違背人倫和社會共識的。”“好好好”烏丸蓮耶氣笑，“那你終究是不願意，那麼，我就是實話跟你說，我在另外幾處基地和你們的重要場合放置了大量的炸彈，而且隻要組織裏的炸彈被移動過的話，也是會啟動連接所有的炸彈，而且還是雙向定時的炸彈哦。在這裏麵也裝有一個，這些炸彈都是連接在一起的，隻要我，輕輕地，輕輕的，一嗯，所有人都會死哦，小偵探，你想好了怎麼選擇了嗎？”大boss陰森森的笑著說，並把玩著關於炸彈的遙控器“其實如果是我的話，會放棄他們哦，畢竟，是他們的大意才讓我們小偵探身陷到這種環境中的。”