朱大典、左良玉部在一接到汝寧軍的通報後，除了全軍立刻向鳳陽急行軍去支援以外，還派出快馬向京城上奏了這一驚天消息。
那信使隻用了三天就趕到了京城，在正月十九日，朝廷便首先從朱大典、左良玉這裏得知了這一噩耗。朝中頓時出現了一種詭異般的寂靜，崇禎皇帝和朝中大臣們都盼望著奇跡的發生，甚至盼望著朱大典、左良玉傳來的是個假消息。
可接下來這幾天，從各個地方分別傳來了農民造反軍大軍逼近鳳陽的消息，這使得朱大典、左良玉的消息得到了證實。可是崇禎皇帝和大臣們還是帶著僥幸，他們希望農民造反軍攻不下鳳陽，希望朱大典、左良玉等明軍救援及時，不要讓那不可收拾的事情發生。
可是生活中往往證明了，最糟糕的消息往往就是最真實的消息！在正月二十一日，還是離鳳陽最近的朱大典、左良玉部打探到了鳳陽失守，他們再次派出信使，於正月二十四日把這一消息上奏到了朝廷。
皇陵被焚，這**也就大到了天上了。按照慣例，崇禎皇帝就認為這是自己失德，上天才會降下災禍，因此他就要進行深刻地反思，檢討自己的失德之處。
於是在悲憤之餘，崇禎皇帝先做形式主義的那一套吧。先是穿上素服，去太廟向列祖列宗哭告，後來又下《罪己詔》，自我檢討，承認各種錯誤“責實在朕”。
而在詔書中，崇禎皇帝還表示要與將士同甘共苦，宣稱在生活上減少開支，吃飯穿衣之類都簡單從事。以此來激烈將士為國效命。
當然，自我檢討以後，該對那些失責的大臣開始算帳了。崇禎皇帝認為：國家出現問題，與大臣們無能，不盡心盡力有密切的關係，因此他讓朝臣們也都穿上素服，進行反省。
在反省以後還要問責，作為事件的責任人，鳳陽巡撫楊一鵬被處死、巡按吳振纓被遣戍，鎮守太監楊澤畏罪自殺。不過這楊澤的行為也確實可笑。既然他知道沒有好結果選擇了自殺，可當時他又為什麼逃出鳳陽呢？還不如選擇和鳳陽共存亡，至少名聲上也好聽許多吧！
兵部尚書張鳳翼也是“驚怖欲仆”，事後崇禎皇帝雖然沒有怪罪於他，可其領導責任也遭受了大批官員彈劾。使得崇禎皇帝不得不對其處了個“留堪”的處罰。可是張鳳翼這個小老頭的心髒明顯承受不了這樣的刺激了。沒過多久，他就身患重病去世了。
而其餘的官員。也將在戰後分辯清各自罪責以後分別論處。不過這也給予了他們一個戴罪立功的機會，這其中包括洪承疇、玄默等河南官員，還有一位不是官員的白丁——吳世恭。
而這種公開挑戰皇權的行為，當然也給農民造反軍帶來了瘋狂的報複。明朝朝廷完全就把全部戰略重點完全地指向了農民造反軍。
首先就是“諭中外刷國恥，盡心殺賊”，調洪承疇所統陝西兵出關。同中原各省官軍夾剿。經過一番緊張的調兵遣將，明朝朝廷終於拚湊了邊、腹官兵七萬有奇。連在遼東的三千關寧鐵騎也在祖寬的率領下，入關加入到剿匪。