而朱大典在得知汝寧軍的淮南大捷以後，立刻也清點大軍奔赴淮河淮南段。當他們趕到之後，立刻被滿河、滿地的屍體給震驚了。這要多麼強悍的軍隊才能夠獲得這樣的戰果啊？
不過震驚以後就是大喜，這屍體雖然被河流衝掉了一部分，但遺留下的也有近三萬，這些可都是被他們認為吹牛的吳世恭送給他們的啊！
於是馬上開始了割取首級、掩埋屍體的工作，接著一篇洋洋灑灑的淮南大捷奏章，也在朱大典親自主筆下炮製完成了。
而朱大典部的行動，也給廬州城下的農民造反軍帶來了極大的恐慌。他們認為朱大典是帶著重兵來援了。所以此時的形勢對農民造反軍有著極大的不利，迫於無奈，農民造反軍也隻能夠放棄攻打廬州，遂於二月初三晨，張獻忠命令部隊撤圍，轉攻巢縣。
此時連連戰敗的張獻忠部士氣有些低落。可張獻忠由廬州退走，轉向江北一帶，卻一舉攻克了巢縣。
巢縣位於安徽北部，遠離鳳陽。張獻忠不動聲色，出其不意地到達，這時在此任知縣的是嚴寬，有人向他報告說有賊兵來到，他不假思索喝令左右對報信人進行鞭笞。不久，他再次得知義軍已到城下是實情，嚇得是魂不附體，坐著轎子就倉皇出逃，可剛至城北門，正好遇到農民造反軍，頓時成為俘虜。
而農民造反軍進入城內，殺了知縣嚴寬，奪取了知縣的大印，打開監獄，放出關押在牢裏的二百餘人，凡是願意參加農民造反軍的。都發給他們衣服、武器。
進而農民造反軍出戰舒城、無為、**、潛山、太湖、宿鬆等地，連連告捷。張獻忠部也獲得大量的給養，並擴充了大量的兵源，整支隊伍又象吹氣球般的擴充到了十萬出頭。這支農民造反軍又完全活了過來了。
而此時朝廷的諭令也到達了明軍的朱大典部。朱大典被調任鳳陽巡撫。於是他率領著燕定山等漕兵部隊返回了鳳陽上任。
而駱公公則被免去了南京鎮守太監的差事，他麵臨著將是冷宮生涯了，南京京營也將返回南京城。至於左良玉等明軍，他們將加入到五省總督洪承疇的圍剿大軍中。
不過這一切都暫時影響不到吳世恭了，因為現在的戰區也遠離了汝寧軍的控製區。而回到汝寧軍本部的吳世恭，他要做的首要工作就是理順汝寧軍的指揮係統。
在這次征戰的自我總結中，吳世恭認為汝寧軍無論是把握戰機、臨場指揮；還是選擇戰術、士兵戰技運用等方麵都做的不錯。就是風紀、風貌和勇敢程度等方麵也都是值得誇獎的。甚至有些方麵做的是相當出色。
唯一出現的問題就是汝寧軍的最高指揮係統有些缺憾。也就是說，吳世恭發現了現在的汝寧軍有些四肢發達、頭腦簡單。
為什麼表現如此出色的汝寧軍，非但沒有在與農民造反軍的作戰中取得決定性的勝果，反而是被農民造反軍調動得疲於奔命，甚至自己的汝南和歸德都受到了殘害。最後都導致了中都鳳陽陷落了呢？
有著農民造反軍確實勢大，汝寧軍兵力不足的原因；也有著情報閉塞、友軍無作為的原因。可是吳世恭不是一個喜歡推卸責任的人。他就是要從自身找出缺點並予以彌補。
追述到源頭。吳世恭發現此次征戰的被動，就是因為自己判斷錯誤了農民造反軍的進攻路線。雖然這種自責有些苛刻了，因為神仙也想不到農民造反軍竟然會采取三路齊攻的戰略。可是吳世恭還是認為自己的汝寧軍有著很大的不足。
如果汝寧軍在戰前製定好了所有可能發生情況的作戰計劃，就算是吳世恭判斷有誤，那些地方部隊也能夠及時按照作戰計劃來應變，至少沒有現在這麼大的損失。甚至能夠把危險的苗頭扼殺在萌芽狀態。
所以此次吳世恭歸來的首要事務就是成立一個類似於後世的總參謀部的機構，把汝寧軍的一切作戰事務都歸於這個機構來處理。不要再讓吳世恭單獨承擔最高的指揮任務了，而且要群策群力，在一大幫參謀的獻策下。完善所有的作戰計劃。
值得肯定的是，吳世恭確實是位學習能力相當強的人，他確實能夠從每次經曆中獲取經驗並且迅速地成長。
吳世恭算是摸到了現代戰爭的門檻。因為做為現代戰爭始作俑者的德國，他的成立標誌恰恰就是建立了赫赫有名的德軍總參謀部。
而德軍的總參謀部除了負責軍中一切事務以外，他最大的作用就是兩點：