當襄陽、武昌等地接連失陷和左良玉部作亂的消息相繼傳來以後，崇禎皇帝決定由吳甡以輔臣的身分前往湖廣督師。他在召對廷臣的時候流著淚對吳甡說：“卿多年在匪患猖獗之地任職，有戰守韜略，可去湖廣為朕督師。”
此前，除了崇禎初年的孫承宗和後來的楊嗣昌以外，督師大臣一般頂多掛兵部尚書銜，很少由內閣大學士直接擔任。所以這次任命閣臣督師，可以看出崇禎皇帝是相當鄭重的。
但吳甡對於這個任命卻十分不情願。他知道如今天下大勢已去，官軍很難節製，而“流寇”則根本沒有可能剿滅。既然注定了不可能成功，出去督師就等於出去送死，不是死在農民軍的手裏，就是失敗後被皇帝處死，或是像楊嗣昌那樣死得不明不白，死後還要留下一世的罵名。
但身為大臣，吳甡又不能不為君王效命，強不可為而為之。他在接受任命後提出：一要有精兵三萬由自己親自統轄；二應先沿運河南下到南京，再相機溯江而上，進可討賊，退可保衛南都及江南富饒之區。
應該說，吳甡提出這兩點要求並不過分。畢竟當時清軍還在徐州、大運河地區作戰呢，吳甡南下時很可能遇上北返的清軍大軍。
可是在崇禎皇帝看來，這卻是吳甡有意避重就輕，推諉遷延的借口。他在同閣臣們麵議此事的時候很不高興地說：“京畿正在對韃虜用兵，三萬精兵哪能倉促間集中起來？何況南京遠在下遊，何至於現在就去退守？”
可吳甡卻回答說：“左良玉驕橫跋扈，當年楊嗣昌督師，連下十道號令，他一兵不發。更有吳世恭臥虎在側。臣才能不如楊嗣昌。而左良玉目前勢力又大於當年。臣手中無兵，不能節製，隻會損害朝廷威嚴。由襄陽順流而下，極易攻至南京，因而應該兼顧，並非退守。”
而崇禎皇帝對吳甡所說也無法駁斥，隻得先讓兵部速議發兵，但心中卻對這個吳甡極為不滿。國事危急，竟然連大臣也不用命了，這讓他心裏一陣陣地怒火中燒。
不過說到這裏。就可以看出一點奧妙，崇禎皇帝和朝廷其實已經把侯恂完全給拋棄了。至於為什麼不撤了侯恂的官職，隻是朝廷妄想以他來節製住吳世恭和左良玉罷了。
還好在此時，另一位輔臣表現出了“良好的素質”，這讓崇禎皇帝的心情才好轉了一點。
那就是首席大學士周延儒。按照清軍入關的習慣。隻要等到四月初，清軍在飽掠結束以後。就會回師關外。而在回師途中。清軍將會再一次路經京師附近。盡管崇禎皇帝和朝臣都知道清兵這次抵近京城大概隻是過路，卻還是不免緊張起來。
而一向精明的周延儒深知清兵將會帶著大批俘獲的人口輜重，肯定無心再戰，主持這次京師防衛的軍務決不會吃什麼大虧，而且隻要把清兵安安穩穩地送出長城以外，就可收到驅除敵寇。捍衛朝廷的大功。
周延儒同樣深知，皇帝正為吳甡受命後拖拖拉拉不肯離京而惱怒，很需要在輔臣中有一個勇於任事的榜樣。為此，他在四月初四日自請出京督師禦敵。而在明代曆史上。還從來沒有過首輔親自統兵作戰的先例。