更為可怕的是，由於在新帝上的一係列不良的舉動，現在的南明小朝廷也處在分崩瓦解之中。
當北京城被攻陷，崇禎皇帝身死的消息傳到南京以後，作為南京兵部尚書的史可法，當仁不讓地成為了文官之首。而此時的當務之急當然是立新君。
可接下來，清軍和關寧鐵騎奉魯王“清君側”；李自成的大順軍玉田慘敗；汝寧軍北上勤王，收複京城並救出太子；吳世恭黃袍加身。這一連竄眼花繚亂的消息使得南京的大臣們是暈頭轉向，等到一切都塵埃落定，時間也已經過去了一個多月了。
然而在這一個多月的時光中，圍繞著立新君，那些大臣也恢複了大明朝文臣們的“優良傳統”，開始赤膊上陣，進行了一場激烈的黨爭。
按照與崇禎皇帝的血緣疏近，福王朱由崧是新君的當然人選。可是以錢謙益等熱衷於東林門戶之見的官紳卻群起擁潞王。當然，這些東林黨人的真正用意，就是排除福王，以確保崇禎時期東林—複社黨人在政治上的操縱權，特別是如果潞王以較遠的宗支而被迎立，錢謙益等人有“定策”之功肯定可以飛黃騰達。
而作為實權人物的史可法則處於進退兩難的境地，他是東林黨人左光鬥的得意門生，自然對擁戴福藩繼統心存疑慮，但又擔心舍親立疏將引起更大的**。
最後，史可法親自寫信給南京高級官員說明定策意見：“迎桂者何？以福、惠之有遺議也。乃舍而立桂也。其潞藩則仿古兵馬元帥之製暫借統兵馬。”而南京的官紳對於這個折中方案比較滿意，由南京禮部準備乘輿法物前往廣西迎接桂王。
可就在此時，形勢卻急轉直下。南京鎮守太監盧九德暗中勾結總兵高傑、黃得功、劉良佐決定擁立福王朱由崧。
因為盧九德在萬曆末年曾在宮中為老福王朱常洵服役。所以在朱由崧的幕後策劃之後，盧九德就當仁不讓地展開了合縱連橫的遊說。
而高傑、黃得功、劉良佐等人的積極參與擁立顯然是為了攘取“定策之功”，以此來增強自己在政治上的地位。
至於那些原先不讚同立福王的東林黨大臣，他們大多都立刻見風使舵，為了自己的權利，加緊時間向福王朱由崧表示效忠。而史可法卻還蒙在鼓裏，繼續寫信說朱由崧“貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、幹預有司”七不可立之理由。
可是當南京各大臣被盧九德邀請到家中。傳閱高傑、黃得功、劉良佐等人的效忠書信時，雖然不少人感到震驚，但是他們既無兵權。立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了憑借，隻好違心地表示同意。
在此次立新君中，史可法完全是當斷不斷。反受其亂。作為一名親東林黨的文官。他這樣的做法是有些門戶之見的原因。但更主要的原因，是史可法性格上有著致命弱點。他是缺乏雄才大略，總想處處應付，八方妥貼，沒想到最後卻落得個事與願違。