隨後，熊正恩部開始大發神威，將這一地區的民匪，膠州韓繼本，高密單之賞、張宇，即墨黃宗賢、周六、丘尚佐、王爾璽，平度搭毛、翟五和尚、張廣等部先後一一掃滅。
可是在這年五月，又發生了青州之變。一支原屬大順軍的部隊，在與西撤的大順軍主力失去聯絡後，在旗鼓趙應元和投降了大順政權的原明官員楊王休率領下，輾轉地來到青州。在五月二十九日晨，以入城拜會為名，乘機奪門而入。
接著，趙應元派步卒上城頭擺垛，自己則帶著騎兵直入城中的知府衙門。而由大平朝廷任命的青州知府卻以為趙應元是率部前來歸降，突然看到兵將持刀露刃蜂擁而進，猝不及防之下被斬殺。
而趙應元的收複青州，並不是為了重建大順地方政權。他自己聲稱：隻是要扶立明朝一人。於是他就扶衡王坐殿。而此時的衡王卻是已經歸順大平，所以惟恐趙應元擁戴複明將召來殺僧禍。當衡王被擁立之後，他每日隻知涕哭，眼腫如桃。標準的扶不起的劉阿鬥！
而當熊正恩帶兵趕到時，早已降平的原明青州守備李士元獻計智取，他同青州城內的官紳暗中互通，進入青州城內充當說客。在遊說中，李士元對趙應元威脅利誘，勸他轉投大平朝，並答應趙應元：不誅殺一人，並封給趙應元以爵位。
趙應元果然上當，帶了甲士數百名出城同熊正恩等會麵。雙方鑽刀歃血對天起誓。當天晚上，趙應元在府城北門的瞻辰樓設筵，大張酒樂。大平軍則按李士元等約定的計劃。伏兵城外。席間炮聲突發，李士元、韓昭宣和隨從當場擊殺趙應元、楊王休，趙軍大亂。大平軍擁入城中，格殺衡王全家並招降餘黨，青州之變隨即平定。
而吳世恭得知此消息後，勃然大怒。他下聖旨，怒斥熊正恩等人。並諭令天下大平諸軍：要嚴格執行《大赦令》。竭力維護大平朝廷的信譽，絕不能再搞什麼權宜之計。
之後，吳世恭派人訪尋趙應元所遺妾、子各一人。送至京城，授伯爵，賜府邸重金。以此來彌補熊正恩之過錯。
可是熊正恩此舉也是被逼無奈。他的兵力有限，山東地方的造反也是此起彼伏。而此時北麵岡薩雷斯、黃定的水師陸戰隊。正準備著渡海的朝鮮攻略。而遲明則率領著新軍一鎮和劉澤清遺留的魯軍。也正對南明擺出了一副咄咄逼人的攻勢，以此來掩蓋大平軍對清軍的決戰。再加上熊正恩的部隊也是新編之師，所以直到穹源二年，山東地方才最終被全麵肅清。
而此時南明弘光朝的對外國策就是——借逆平寇。要借助大平朝的力量，抵擋和消滅農民軍和清軍這兩大死敵。並且寄希望於這三者之間來個三敗俱傷，能鷸蚌相爭，保住南明偏安於江南一偶。
為此，弘光朝甚至願意與大平朝和談。提出：稱臣、歲幣、抵質、和親等條件，希望大平朝轉移目光。不要把刀鋒首先指向南明。
為此，弘光朝的文臣們甚至都提出了一個理論基礎，他們甚至以唐朝平定黃巢起義為題目著書立論，用意就是要借曆史經驗來說明：唐朝平定像黃巢造反這樣大規模的農民造反，光靠有郭子儀、李光弼這樣的大將還不夠，還需要借用李克用的沙陀兵，招降像朱溫這類農民軍叛徒，才有中興之望。
由此可見，弘光朝君臣是把大順、大西等農民造反軍作為了首敵。為了消滅他們，弘光君臣甚至都願意與滿清合作，不要說本為明將的吳世恭了。
應該說，這套理論在弘光君臣中是相當統一的。就是“主戰派”領袖——史可法，他也隻是在個人操守上相當高潔，但在基本政策上，卻與其他的文臣並沒有多大分歧，都是“借逆平寇”方針的讚同決策者。
甚至連左都禦史劉宗周等天下文人領袖，也同樣讚同此一國策。他們甚至還認為吳三桂的降清隻是權宜之計，要派人北上與吳三桂取得聯絡，以此來取得尺素勸歸的奇效。
更讓人笑掉大牙的是，竟然還有些官員認為：可以用“明室恩義”來感化吳世恭，讓吳世恭自願稱臣。這種奇思妙想也就不多加評論了。不過這一話題卻在金陵風月界炒得挺紅火，不止一位大家，願意“以身飼虎”，用自己的美貌和智慧來完成這一——不可能完成的任務。為此，甚至有好事者組織了一場“選秀”，為諸位大家以壯聲勢。
當然，是這些大家傻，還是炒作者傻，還是眾人皆傻，或者說都不傻，這也就是仁者見仁、智者見智了。反正這一話題，給當時的金陵城帶來了無限的歡樂。是該說：“商女不知亡國恨”嗎？