朱由檢在寵幸皇後周氏後起身上朝進殿，開完會經兵部書暑事左侍郎呂純急奏後朱由檢獲知豫西民變的過程勃然大怒又震驚於豫西民變的賊首高文通，林雲竟然如此起事預知大明將亡於農民起義。
很快林雲指示魏烏鴉著令圍剿豫西賊寇，另外關於饑荒一事又下詔戶部督辦河南開倉放糧 。
朱由檢心驚肉跳之餘竟然穿越者不止他一個隨後打算寄希望於袁崇煥又加緊下旨升袁崇煥為兵部尚書、右都禦史、督師薊遼兼督登萊天津軍務，把遼東軍事全權委托給他。
兵科給事中許譽卿聽聞兩件事後，上書朱由檢
要求以法治邊臣，顯然是有所指的。他說：“可以拔除向來積弊病根，鼓舞今日更新風氣的，隻有法律。
”他在援引楊鎬、熊廷弼、王化貞喪師的先例之後，指出：“近來用人過濫，封疆大臣久已不知法律。請皇上重申法律，明示邊臣：今後如敵軍入境不能堵截，攻城不能入保，殺傷人口隱匿不如實上報，在外的巡按禦史可據實揭發，在內的科臣可參駁彈劾，按律逮治。
”這話是絕對不錯的，隻有以法治軍，以法治邊臣，才能確保不再出現楊鎬、熊廷弼、王化貞之類的事。如果敵軍入境不能堵截、攻城不能入保，便要按律逮問。朱由檢毫不猶豫地批示同意了。
那時節確是一個多事之秋。袁崇煥還未出山海關，遼東巡撫畢自肅傳來了寧遠兵變的消息。冰凍三尺非一日之寒，這是長期以來積累的矛盾的一次小小的爆發。前不久，畢自肅就看出征兆，向皇上報告：遼事之結局無期，而給養裝備不足，哪裏還談得上“養分外之精神，致敵愾之果敢！”駐守寧遠的四川、湖廣兵因欠餉四個月，向巡撫衙門請願，畢自肅向戶部請餉，戶部拒發，士兵因而嘩亂，其餘十三營也起而響應，抓住畢自肅及總兵朱梅、推官蘇涵淳等人，在譙樓上拷打。畢自肅血流滿麵，幸虧兵備道郭廣新趕到，以身體掩護畢自肅，謀求和解，千方百計搜求得二萬兩銀子，又開小票向商民借得五萬兩銀子，補發部分欠餉，才算緩解了危機。
畢自肅自知治軍無方，上疏引罪之後，逃往中左所（塔山堡）上吊自殺了。
袁崇煥獲悉寧遠兵變的消息，立即報告朝廷。兵部把欠餉導致兵變的責任推得一幹二淨，反而指責遼東士兵素質低劣——“援遼之兵皆烏合之眾，原無急公效死之心，一有警報，借口缺餉以掩奔潰之實”。這顯然是無稽之談。
朱由檢似乎並不同意兵部的看法，現在不急於追究責任，而應迅速平定兵變，不過他還是拿出了20萬兩白銀交付袁崇煥先期支付軍餉。
八月初七日，袁崇煥奉命單騎出山海關趕往寧遠，未及入督師行轅，徑直前往兵營，宣諭皇上德意，嘩變士兵陸續返回營伍。他與兵備道郭廣新密謀，召見為首的楊某、張某，傳達皇上關於“同黨能縛戎首，即宥前罪”的諭旨，幾天後，抓獲十幾名兵變首領，梟首示眾，一場風波才算平息。
袁崇煥抵達寧遠平息兵變之後，立即著手辦兩件事。一是調兵遣將，按自己的意圖重新部署將領。他向皇上報告：全遼昔日隻有總兵一員，自發難以後更設不定，崔呈秀掌管兵部時，為安插親信，在山海關外添設總兵三四員，導致權力傾軋，互相掣肘。有鑒於此，他主張山海關內外各設一名總兵為妥。至於人選，現任關內總兵麻登雲雖起身行伍慣曆戰陣，但不如現任薊鎮總兵趙率教熟習遼事，兩人可對調，加趙率教官一級、掛平遼將軍印。
關外總兵朱梅與祖大壽二人各轄寧遠、錦州，可以合並，由祖大壽任總兵，解除抱病的朱梅之職，由何可綱以都督僉事代朱梅駐寧遠。他向皇上表態：“此三人當與臣始而終之，若屆期無效，臣手戮三人，而以身請死於皇上。”
朱由檢批準了不過他打算把朱梅調出來此人猛將也，既然抱病那就讓他去河南魏烏鴉處負責圍剿義軍。
很快旨意傳達，朱梅被調任豫西總兵受魏烏鴉節製率本部三千精銳前往開封。
幾天後又下旨：趙率教掛平遼將軍印，調任關內：麻登雲以原官調任薊鎮：祖大壽加都督同知，掛征遼前鋒將軍印，轄鎮諸路：何可綱以都督僉事仍署中軍事。
為了統一指揮權，以免重蹈先前經撫不和的覆轍，袁崇煥請求皇上趁遼東巡撫畢自肅自殺之機取消遼東巡撫的建製，之後又請皇上在登萊巡撫孫國楨免職後取消登萊巡撫建製，皇上都一一照準。至此，在袁崇煥的督師轄區——遼東、薊州、登萊山東登州府、萊州府，與遼東隔海犄角相望，再無一人可與他的權力相抗衡。